问题标签 [survival]

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r - 给定survreg模型预测事件概率(预付事件)

我想预测 2016 年第一季度数据的预付款累积风险,其中贷款等级为 A。我的数据最多为 MOB(账面月数)27,但想预测最多为第 36 个月。

这个预测输出我相信风险比,但我想要每个月的预付款概率。我怎样才能找到这个?

谢谢

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r - 在 R 中创建 Weibull 概率纸图

我正在尝试为威布尔概率图创建一个基础图。我一直在探索survivalR 中的包,但还没有找到我需要的确切工具。到目前为止,我已经能够手动重新创建我需要的情节(这很糟糕 - 大量的硬编码,它根本不灵活而且看起来很糟糕)。

我的猜测是有一个包可以用网格线创建这个基本图,我只是还没有发现它。

这张图片是我需要绘制的,它被称为“威布尔概率绘图纸”

威布尔纸

ggplot2包内或survival包内(或其他任何基本 R 图形)是否有方法来创建此图?从那里,我可以覆盖这些点。

请记住,我最终创建的图形需要与Shiny. 谢谢你。

作为参考,这是我ggplot2手动创建的丑陋情节。

current_plot

另外,请注意我无法提供可重现的代码示例,因为这是一个非常复杂的问题,我正在寻找一个基本的可重现基础图。

更新

我正在寻找制作这个情节的内容,这里有一些我如何手工创建我的例子,请注意它不是完全可重现的。

以下是我设置 y 轴刻度线的方法:

以下是 y 标签:

以下是创建次要网格线的方法:

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r - 在 R 中查找 Weibull 拟合(生存模型)的 R 平方值

我有一个生存对象(S),我正在使用 R 中的 survreg 函数和 weibull 分布对其进行 weibull 拟合。

如何提取本质上是一条线性线的 Weibull 拟合的 R 平方值?或者有没有计算相关系数值Rho的函数?

基本上,我想计算拟合优度。

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r - 生存::survreg 用户定义的 Beta 分布

我有一个数据集,其中包含一个分布在 Beta 分布上的相关右删失变量。请不要提供flexsurv软件包。有必要描述我在 AFT 回归生存模型survreg中使用的 Beta 分布的函数。M. Zhu 一书中的一个例子,我替换了我知道的函数,但我无法描述 Beta 分布的密度函数的一阶和二阶导数的比率:

我相信这是由于基础包rbeta中的函数、gamma函数digamma和函数的导数,但我的数学水平不允许应用它们。trigamma

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r - 创建一个将其参数传递给 Surv 函数(或任何其他函数)的函数

请考虑以下几点:

要创建生存曲线,可以利用包的survfit功能survival

我的目标是编写一个(除其他外)创建这样一条曲线的函数,但该函数应该与data.frames列名也不同的不同函数一起使用。此外,分组变量将取决于各自的数据集。

我设法将不同的名称传递给函数,但为and函数data.frame提供列名对我不起作用。survfitSurv

任何帮助是极大的赞赏。

在我看来,这与简单地将列名传递给data.frame此处讨论的函数是不同的问题:Pass a data.frame column name to a function

reprex 包(v0.2.0)于 2018 年 7 月 5 日创建。

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r - R - 计算 flexsurvreg 或 aftreg 对象的残差

我正在估计具有时变协变量的加速失效时间生存模型,并希望计算我估计模型的偏差残差。

对于固定时间协变量,这很容易通过survival::survreg和实现stats::residuals。这是从这个网页中获取的一个例子(数据是包ovarian中包含的数据集survival):

survregLogLogistic <- survreg(Surv(futime, fustat) ~ ecog.ps + rx, data=ovarian, dist = "loglogistic") devRes <- residuals(survregLogLogistic, type="deviance")

但是,survival::survreg无法处理随时间变化的协变量(有关如何格式化此类数据以在 R 中进行生存分析的示例,请参见此处)。因此,我需要使用flexsurv::flexsurvregor eha::aftreg,如下所示(没有随时间变化的协变量,但这足以重现问题):

flexsurvregLogLogistic <- flexsurvreg(Surv(futime, fustat) ~ ecog.ps + rx, data=ovarian, dist = "llogis")

估计工作正常,但residuals命令不起作用(survival::residuals使用 one 仔细查看函数可以看到函数或methods(residuals)函数都没有子函数)。这是残差函数的输出:flexsurv::flexsurvregeha::aftreg

> 残差(flexsurvregLogLogistic,type="deviance")

无效的

现在为eha::aftreg

aftregLogLogistic <- aftreg(Surv(futime, fustat) ~ ecog.ps + rx, data=ovarian, dist = "loglogistic")

> 残差(aftregLogLogistic, type="deviance")

无效的

如何计算任一对象的偏差(或潜在的鞅)flexsurv::flexsurvreg残差eha::aftreg

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r - 结合 survfit 和 ggplot 对象的生存分析

一些可能有用的背景。我的位置是我有两个需要合并的地块。

  1. 我使用“生存”包从一组数据中生成 Kaplan-Meier 曲线。
  2. 我还创建并使用了一个自定义函数来生成生存曲线(来自相同的数据,由 WinBUGS 处理后)

我通过以下方式生成我的 KM 曲线。

当我现在调用 KM.plot 时,会生成我想要的图。我还可以通过 KM.plot$plot 仅提取绘图,检查后具有以下类:

https://i.stack.imgur.com/RnSIz.png

现在考虑我的自定义函数,(注意:nma 是来自 winbugs 的自定义对象)

它还输出必要的情节,与

https://i.stack.imgur.com/yASja.png

我现在的问题是,是否可以将 surv.plot 和 KM.plot 组合在一个图中?

很难重新创建整个项目,因为您将需要 WinBUGS 模型和多个专有功能,但我认为如果您能建议一种将这些对象组合在一起的方法,那么我可以重新创建它。请注意,可以通过提到的包和我在下面提供的简短数据片段来复制 KM 对象。

感谢您的时间!

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r - 覆盖不同的 ggplot2 对象

我之前曾尝试寻求帮助,但实际上并没有解决我的问题。更多信息可以在这里找到:(你可以在这里找到数据集)https://stackoverflow.com/questions/51442502/survival-analysis-combining-survfit-and-ggplot-objects

不幸的是,我无法提供一个可靠的示例来发布,因为我的代码很大程度上基于外部程序。我很肯定,尽管无论如何我的问题都可以得到回答。

我达到了创建 2 个 ggplot2 对象的地步,这些对象需要组合成一个图形,一个重叠在另一个上面。

即,一个 km.plot 属于:

类(km.plot$plot)
1 “gg”“ggplot”

和两个:

类(surv.plot)
1 “gg”“ggplot”

两者共享相同的属性

km.plot$地块 在此处输入图像描述

生存图 在此处输入图像描述

我的问题是如何将结果图合并到一个图中?也就是说,让 surv.plot 和 km.plot$plot 相互重叠。

按照另一个用户的建议执行以下操作会导致错误:

我认为这个错误与以下几行有关

但我还补充说,inherit.aes = FALSE 但没有解决我的问题。

我还检查了:

我很困惑。我几乎可以肯定这是可以做到的,因为这两个对象在结构上基本相同,所以我看不出为什么不能这样做。但是我花了很长时间没有希望。我真的希望有人可以指导我!

感谢您花时间阅读这篇文章

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r - Proc Phreg Baseline 语句等效于 R

有没有办法生成一个类似于 SAS 的 proc phreg 中的基线语句的输出的表。具体来说,我想要协变量集的所有组合在几个时间点的基线风险和生存概率。

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survival - Stata:如何从内存中清除 sts 图?

我有以下代码:

我想添加一条线来清除内存中的上一个图表或重写它。

我试过了:graph drop _all。这行不通。图表未清除。我还尝试在上面的代码之后放置一个替换命令,如下所示:

但是 sts 不适用于替换。

还有其他建议吗?