问题标签 [scanpy]

我可以使用scanpy将表格数据加载到 DataFrame 中，但我缺少如何迭代它以访问选定的行/列。

这是单细胞基因组学数据，其中每一行是一个基因，每一列是特定细胞的表达值。行和列都有标签。表格原始数据如下所示：

这很容易像这样转换为 h5ad：

我可以加载它，但无法再次访问它的所有部分。例如，我如何选择两个基因行并获取所有列及其对应的值？如果我只想要某些列怎么办？

我的代码中的注释尝试输出如下：

如果有帮助，这里是fig1.h5 文件的 Dropbox 链接

我尝试使用 scanpy 库在下面运行代码，但由于某种原因它报告错误

嗨，我无法使用 pip 安装 scanpy 库。这是我运行的命令

在安装过程中，它报告以下错误消息：

嗨，我是新来的，很抱歉我的语言可能会导致不准确。我正在使用安装 scanpy 的 conda 环境。但是，当我导入模块 scanpy._compat 时，它会返回导入错误：

from scanpy._compat import Literal

ModuleNotFoundError: No module named 'scanpy._compat'

我尝试升级scanpy： pip install --upgrade scanpy并且我还按照scanpy github（https://github.com/theislab/scanpy/blob/master/docs/installation.rst）上的安装步骤创建了另一个conda环境。在最后两种情况下，除了导入 scanpy._compat 模块外，一切都运行良好。

有人知道我在这里做错了吗？

我正在尝试通过 conda 安装软件包。但是，它一直说错误消息（如下）。如果有人知道如何解决这个问题，请告诉我！

Python 的教条是 virtualenv 应该用于将相同包的不同版本分开。在大多数其他编程环境中，这不是问题。例如，在 linux 中，各种不同版本的动态库都可以放在 /usr/lib64 中，加载器可以毫无问题地为二进制文件选择正确的库。

Python 确实提供了一种仅获取所需版本的机制。所以我一直试图将多个 python 包版本保存在一个地方。这意味着需要像这样打包包以加载正确的版本：

到目前为止，一切都很好。但是，如果 requires 行更改为：

然后一切都完全崩溃了。运行的开始变为：

这很奇怪，因为当没有为 scanpy 设置限制时，加载了所需的版本，但是当设置了一个限制时，它在 1.5.1 上被阻塞了。

为什么额外的约束会破坏一切？？？

这些软件包的版本是

这实际上是在 CentOS 上，而不是在 Red Hat 上，但这可能无关紧要。

谢谢。

我有一个串联的单细胞 RNAseq anndata

我想'Sex'为不同的“样本”创建另一个 obs

我知道我可以用

但是对于特定的样本类别而不是整个集合，我该如何做呢？

谢谢！

直到几天前，我使用 scanpy 库的代码运行良好，但昨晚它坏了并给我带来了一个新错误

我将scanpy导入为

每次运行代码时，我都会更新到最新版本的 scanpy（如果有）。我错过的最后几天有变化吗？帮助表示赞赏！

我想根据集群对 anndata 进行子集化，但我无法理解如何去做。

我正在运行 scVelo 管道，并且我在tl.louvainlouvain 的基础上运行了集群单元的功能。我得到了大约 32 个集群，其中集群 2 和 4 是我感兴趣的，我只需要在这些集群上进一步运行管道。（最初我有我在 scVelo 中读取的 loom 文件，所以我现在有 anndata。）

我尝试使用adata.obs["louvain"]which 给了我集群信息，但我需要编写一个只有 2 个集群的新 anndata 并进一步处理。

请帮助如何对 anndata 进行子集化。非常感谢任何帮助。（对它很陌生，我发现很难获得）

我正在使用但scanpy无法更改字体大小生成点图。有没有办法这样做？

例如，我将如何编辑这行代码？

sc.pl.dotplot(df, ["gene"], 'CellType', dendrogram=True, save = name)