问题标签 [scanpy]

我正在使用 scanpy，他在后台使用 matplotlib。我基本上是用这个包创建一个点图。我想更改 y 轴标签大小，我该怎么做？

正如预期的那样，使用它可以放大整个绘图的所有字体大小：

但是，如果我尝试仅对 y 轴执行此操作，则它不起作用：

我也试过plt.rcParams.update({'ytick.labelsize': 50})，但也没有用。任何帮助表示赞赏！

我的目标和问题的描述：

我目前正在使用 python（版本 3.6.12）中的scanpy和annadata包。如果你不熟悉这些包，只知道在属性中anndata.AnnData存储了一个数据矩阵（numpy.ndarray）X。的列在属性中X描述，行在属性中描述。有关更多信息，请参阅此链接panda.DataFramevarobs

我的目标是拥有一个从该类继承的类（例如 A 类）anndata.AnnData。在这个子类中，我想实现一些处理方法来过滤掉某些行或列。更重要的是，我还希望这些方法以“就地”方式修改属性，而不需要返回副本（即没有return self）。但是，当我删除return self方法中的 时，不会修改类的实例。更准确地说，在self函数内部修改了，但类的实例保持不变。

代码示例：

想象以下示例，其中 A 类继承自anndata.AnnData. 类 A 有一个称为remove_last_row()删除类 A 实例的最后一行（即 obs）的方法。

使用该remove_last_row()方法时的问题是实例（self）的行在函数内部被删除但它没有修改类的实例。请参见下面的示例：

结果是：

--> 在 A.remove_last_row() 方法中：
过滤前：number rows = 3
过滤后：number rows = 2
<-- 退出 A.remove_last_row() 方法。

obj_A.X 属性 =
[[0. 0. 0.]
[1. 1. 1.]
[2. 2. 2.]]

我们看到在remove_last_row()方法中，最后一行self在函数内部被删除。但是，obj_A（A 类的实例）没有被此方法修改。如何在不添加return self.

附加信息：

• Python版本=3.6.12
• numpy 版本=1.19.1
• 数据版本=0.7.4
• 扫描版本=1.6.0

我还测试了一个我调用的方法，addition()它为数组的每个元素添加了一个特定的值X。使用这种方法，我不会遇到这个问题。

如果方法addition()在 A 类中：

我们可以测试：

结果是：

添加之前
obj_A.X 属性 =
[[0. 0. 0.]
[1. 1. 1.]
[2. 2. 2.]]

添加
obj_A.X 属性后 =
[[1. 1. 1.]
[2. 2. 2.]
[3. 3. 3.]]

如您所见，该addition()方法有效。它能够修改类的实例。

我正在使用 scanpy 分析一些数据，我正在尝试将 3 个小提琴图并排绘制，但我似乎无法让它工作。我尝试了几种不同的方式使用子图，但他们不断得到空白图表，它们之间有小提琴图。我尝试了几种不同的策略，但我似乎无法让它们在 1x3 网格中彼此相邻。下面是我的最新尝试以及部分情节，其中显示了一个堆叠在小提琴情节之上的空情节。

样本

我正在尝试使用 Scanpy Python 包来分析一些单细胞数据。我在 Pandas 数据框中读取了一个计数矩阵（一个 .tsv 文件），其中基因作为列，行作为不同的单元格。每行包含单个细胞的不同基因的计数。我想从 Pandas 数据框中创建一个 AnnData 对象...有人知道我该怎么做吗？不幸的是，我无法提供数据集。

我正在关注 Jupyter notebook 上 theislab 的单细胞测序分析教程，链接如下

https://github.com/theislab/single-cell-tutorial/blob/master/latest_notebook/Case-study_Mouse-intestinal-epithelium_1906.ipynb

我可以在我的计算机上本地查看该文件，但我不断收到以下错误

知道我做错了什么吗？谢谢！

我一直在尝试使用在 anaconda 中安装 scanpy 包

它不适用于一些无法满足的错误。然后我尝试使用

它给了我一个错误，涉及llvmlite 我也安装了 llvmlite，但它仍然无法正常工作。它向我显示以下错误。

我尝试使用“pip install Scanpy”在 Jupyter 上安装 Scanpy 包，但出现以下错误；

错误：pynnescent 0.5.2 要求 numba>=0.51.2，但您将拥有不兼容的 numba 0.48.0。错误：umap-learn 0.5.1 要求 numba>=0.49，但您将拥有不兼容的 numba 0.48.0

当我尝试单独安装升级版 numba 时，出现以下错误；

错误：无法卸载“llvmlite”。这是一个 distutils 安装的项目，因此我们无法准确确定哪些文件属于它，这只会导致部分卸载。

我正在努力在 seaborn 小提琴情节中修复这些未来警告：

FutureWarning：将以下变量作为关键字 arg 传递：x。从 0.12 版本开始，唯一有效的位置参数将是data，并且在没有显式关键字的情况下传递其他参数将导致错误或误解。

由于小提琴情节被定义为

scanpy.pl.violin(adata, keys, groupby=None, log=False, use_raw=None, stripplot=True, jitter=True, size=1, layer=None, scale='width', order=None, multi_panel=None, xlabel='', ylabel=None, rotation=None, show=None, save=None, ax=None, **kwds)

并且没有 x, y 作为输入中的参数，我找不到将这些参数正确定义为“数据”的地方，从而避免警告。

有什么帮助吗？

谢谢！

我已经在我的 linux 环境中安装了 ScanPy 和 AnnData，但是我得到以下 ImportError: cannot import name 'PathLike' from 'anndata.compat'

我安装了以下软件包： conda install seaborn scikit-learn statsmodels numba pytables conda install -c conda-forge python-igraph leidenalg pip install scanpy conda install -c bioconda anndata

这些是版本： pytables 3.6.1 igraph 0.9.2 scanpy 1.7.2 Anndata 0.7.6 Python 3.7.10

当我这样做时，import anndata我收到以下错误：

我已经在 PyCharm 中安装了 scanpy 和所有必要的相关包（表、numpy 等），但是当我尝试导入 scanpy 时，我收到以下错误：

当我尝试导入表时会出现相同的错误，因此这似乎是导入该包（scanpy 依赖于该包）更根本的问题。我已经尝试卸载并重新安装 scanpy 和表，以及 PyCharm 本身，但我继续收到此错误。

我是新手，老实说，我什至不知道如何解释上面的错误消息或解决这个问题。libhdf5.103.dylib 是否应该存储在其他地方？看起来 libhdf5.103.dylib 当前存在于我计算机上的 usr > opt > anaconda3 > lib 下。还有别的问题吗？