问题标签 [scanpy]

我不确定标题是否选对了，抱歉。如果这已经涵盖，请让我知道我在哪里找不到它。对于我正在做的分析，我在 JupyterLab 工作，主要是 scanpy。我想查看在莱顿聚类中共表达某些基因的细胞数量。到目前为止，我正在尝试使用 pandas 交叉表功能，并获得了每个集群的编号。但是，我有两个条件，我正在努力分离样本以分别获得细胞计数。

我用来获取总细胞数的代码可以正常工作。

我正在努力获取样本数字的代码。我知道这aggfunc = ','.join不是正确的方法，但这是为了解释问题所在。

我可以在表格中列出条件的名称，但我不想要这个。我想要两个条件的数字。这怎么可能？也许有办法在一个单独的函数中做到这一点？

我在将名为“scanpy”的 python 包导入 Jupyter Notebook 时遇到问题。在此处遵循@ecjb 的建议（Python - 虽然已安装但未找到包），这基本上是为了指定我在安装“joblib”时想要使用的 python/pip 安装，我尝试指定 pip 和 python 并安装 joblib但我似乎无法让它工作。

我也尝试过删除我的虚拟环境并重新创建它，以及其他一些事情。如果有人可以提供一些帮助，我将不胜感激。

编辑：

在我看来，这似乎是最奇怪的错误：

通过从源代码安装它，我可以导入“joblib”，但现在它不会安装 joblib 的模块。有没有人碰巧知道这其中的原因？

我在 Python 中导入一个名为“scanpy”的包时遇到了很多麻烦 - 我一直在尝试在此处遵循本教程（https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/pbmc3k.html）但 Python 似乎将“scanpy”视为包的模块而不是包本身：

其他人似乎也无法安装“scanpy”，所以我在这个 GitHub 线程 ( https://github.com/theislab/scanpy/issues/990 ) 上按照 kleurless 的安装说明进行操作。这是那些安装说明的结果。（另外，我还遵循了“scanpy”网站上的安装说明，但这些说明似乎不起作用。）如果这很重要，我还在 Jupyter Notebook 中运行上述代码行。我在加载 Jupyter Notebook 之前忘记加载虚拟环境，所以我在第一行之前添加了“！source activate scanpy_environment”，但这没有帮助。如果有人可以帮助我，我将非常感激。

我正在尝试使用 n_obs × n_vars = 3376 × 35734 检索存储在 AnnData 对象中的一些元数据，但此数据存储在 AnnData.uns

The data is a 16636x16636 sparse matrix of type '<class 'numpy.float64'>, something like this: (3, 13318) 0.33747427696581794 (3, 15569) 0.7014777159560439 (5​​, 13115) 0.35284827003367597 (5, 16352) 0.41595330565128846 (8, 12877) 0.34260475477312113 (14, 12899) 0.07206417480323779

“行”和“列”名称存储在另一个数组中的有序字典中，也在 annadata.uns 中，如下所示：array(['mo_Xkr4', 'mo_Gm38717', 'mo_Rp1', ..., ' ga_PFKFB4', 'ga_OPN1LW', 'ga_YF5'], dtype=object)

如何有效地将这两种数据类型转换并合并到一个数据帧中，以便我能够或多或少地获得这样的数据帧？

谢谢

在过去的一天里，我一直在尝试阅读本教程（https://bedapub.github.io/besca/tutorials/scRNAseq_tutorial.html），并在运行此部分后不断出错：

bc.pl.kp_genes(adata, min_genes=min_genes, ax = ax1)

错误如下：

有人有什么想法吗？我已经卸载并安装了 matplotlib 以确保它已更新，但这似乎也没有做任何事情。

将不胜感激任何帮助！提前谢谢你，我是初学者！