问题标签 [scanpy]

任何人都可以帮助我并告诉我：如何添加一个颜色条来标记图中的样本annadata.obs['samples']中的单元格scanpy.pl.heatmap（https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/generated/scanpy.pl.heatmap.html） ?

非常感谢。

加载文件：

然后我得到这个错误：

我可以清楚地看到文件。就我的眼睛所见，我没有错过任何东西。我尝试了不同的斜杠、r'等。有什么想法我在这里做错了吗？毫无问题地完成了我的 2017 MBA 课程。全新（漂亮）的 M1 iMac。来自 Anaconda 的正确软件包，除非我在这里遗漏了一步。但是，我按照往常尝试做的所有其他事情都奏效了。

我对 Python 和 Scanpy 比较陌生，最近我通过使用

sc.tl.rank_genes_groups

scanpy 中的函数。然后我可以通过执行此命令集将这些基因列在控制台中

但是，我希望可以通过 csv 文件访问它，因为这个列表没有显示所有基因......任何帮助将不胜感激！提前致谢

我试图用我的基因表达数据集运行 scanpy 的邻居函数：

import scanpy as sc

sc.pp.pca(adata)

sc.pp.neighbors(adata)

并得到这个错误：

C:\Users\User\anaconda3\lib\site-packages\numba\core\cpu.py:77: UserWarning: Numba 扩展模块 'sparse._numba_extension' 由于 'ContextualVersionConflict((llvmlite 0.33.0+1 .g022ab0f (c:\users\User\anaconda3\lib\site-packages), Requirement.parse('llvmlite<0.38,>=0.37.0rc1'), {'numba'}))'。numba.core.entrypoints.init_all()

llvmlite==0.33然后，由于此错误 ，我尝试更新我的版本，但又pip install llvmlite --upgrade 遇到了另一个错误：

错误：-umba 0.50.1 要求 llvmlite<0.34,>=0.33.0.dev0，但您将拥有不兼容的 llvmlite 0.37.0。错误：无法卸载“llvmlite”。这是一个 distutils 安装的项目，因此我们无法准确确定哪些文件属于它，这只会导致部分卸载。

Python 不允许我升级llvmlite到较新的版本，因此我不能使用 scanpy 的函数。我尝试更新numba，尝试重新安装所有内容，但没有任何效果。

为了解决这个问题应该怎么做？

每当我使用时sc.pp.neighbors(adata)，我都会收到此消息（没有任何错误）：

我有：

scanpy==1.8.1

pynndescent==0.5.4

numba==0.54.0

umap-learn==0.5.1

anndata==0.7.6

我的数据集仅包含约 20,000 个单元格，因此使用这个相对较小的数据集我的内核死亡是很奇怪的。

我什至尝试使用 scanpy 的bbknn功能作为替代，我的内核也死了。

我也遇到了与 github 上的问题相同的问题：https ://github.com/theislab/scanpy/issues/1567但它还没有解决方案。

我试图在 cmd 而不是 jupyter-notebook 上运行代码并得到下一个错误：

LLVM ERROR: Symbol not found: __svml_sqrtf8

我应该怎么做才能正确运行此功能？

我正在使用 scanpy/p​​ython 分析一些单细胞 RNA-seq 数据。我想用sc.pl.umap(show= False)它来制作斧头对象，编辑它们，并相应地组合它们。我可以让一个 umap 工作，但我不能让多个 umap 在子图中组合在一起作为一个对象。有人可以帮我解决这个问题吗？

例如，我有两个数据集，我想将它们的 umap 组合成一个对象，而不必事后在 powerpoint 中手动对齐它们。

谢谢

尝试安装scanpy时，出现以下错误

从这个意义上说，我尝试将包装从版本 21.2 降级到 20.9 或 20.8，使用

或与

但我仍然得到那个错误，好像包装版本没有改变。

这是完整的块

和完整的输出

我尝试使用我使用 Kivy/KivyMD 编写的代码制作一个 exe 文件。我能够成功生成exe文件。但是在我单击列表项之一后，应用程序崩溃并引发错误：

要重现错误，请使用此处的代码：

根据错误，这是因为这里的代码：https ://github.com/theislab/scanpy/blob/16e62d1336a95966238113cdb5ab50f7d9f880ce/scanpy/_metadata.py#L28

Scany 是我的应用程序所依赖的包。它尝试在此处读取文件：https ://github.com/theislab/scanpy/blob/master/pyproject.toml 但是当我运行 exe 文件时该文件不可用。

如果我在 venv 环境中运行该应用程序，它运行良好。任何帮助将不胜感激！

我正在尝试将文件保存为 h5ad 格式，它给出了这个值错误；ValueError: '_index' 是数据框列的保留名称。

我已经安装了scanpy，当我检查pip show它时：

但是当我尝试将其导入 Jupyter Notebook 时，我收到一条错误消息：

有人知道为什么吗？

谢谢你的帮助！