python - 基于 louvain 集群的 Anndata 子集

Question

我想根据集群对 anndata 进行子集化，但我无法理解如何去做。

我正在运行 scVelo 管道，并且我在tl.louvainlouvain 的基础上运行了集群单元的功能。我得到了大约 32 个集群，其中集群 2 和 4 是我感兴趣的，我只需要在这些集群上进一步运行管道。（最初我有我在 scVelo 中读取的 loom 文件，所以我现在有 anndata。）

我尝试使用adata.obs["louvain"]which 给了我集群信息，但我需要编写一个只有 2 个集群的新 anndata 并进一步处理。

请帮助如何对 anndata 进行子集化。非常感谢任何帮助。（对它很陌生，我发现很难获得）

Answer 1

如果您的 adata.obs 在运行后有一个我期望的“louvain”列tl.louvain，您可以像 adata[adata.obs["louvain"] == "2"] 要获得一个集群并 adata[adata.obs['louvain'].isin(['2', '4'])] 获得集群 2 和 4 一样进行子集设置。