问题标签 [rstan]

我正在使用 openCPU 创建一个 API 来估计 rstan 中非常基本的模型。

我已经验证，当从普通的 R 控制台会话调用时，我的函数在我的环境中工作，而不是从 openCPU 调用。

但是通过openCPU调用时，响应如下：

通过在 rstan 的源代码中插入检查点，我将其追溯到 R/cxxfunplus.R 中的一个调用（此处链接到 github 上的行）：

此调用中的什么试图读取可能失败的连接？

我的数据 (m) 的似然函数如下所示：

我在我的 STAN 代码中编写的用户定义的对数似然函数如下：

. 我想知道我做得对吗？我可以在用户定义的函数中使用“exponential_log”和“normal_cdf_log”等STAN函数吗？

rstanarm - 在没有任何事件的情况下使用二进制数据更新先验

嗨，我在上第一门概率课程时开始探索 rstanarm 包。我的问题不是作业，而是在我阅读https://cran.r-project.org/web/packages/rstanarm/vignettes/binomial.html后出于好奇

想象一下，在这个小插图中提供的示例（参见下面的代码）中，开关变量只有前 10 个观察值，没有事件（即所有值都为零）。尝试在没有任何事件的情况下运行此模型会产生错误，但据我所知，即使没有实例，也应该有一种更新先验的方法。

我的问题：是否可以使用 rstanarm 来模拟一个有 10 个没有事件的观察的案例（所有行都用于零值的开关）？

我开始探索这个rstanarm包，并对这个包如何潜在地用于自适应试验场景感到好奇。小插图中给出的示例场景提供了 -0.622 的后验，可信区间为 -0.69 到 -0.56。

当我有来自自适应试验的额外数据时，如果我想将此后验用作下一个模型的先验，我的脚本会是什么样子？

我一直在尝试使用来自 github.com/stan-dev/example-models 的版本让旧 BUGS 示例“leuk”的 Stan 版本正常工作。那里的 leuk.stan 版本运行良好，但警告说“<-”、“increment_log_prob”和“poisson_log”都已弃用。我已将所有“<-”编辑为“=”，将“increment_log_prob”编辑为“target +=”，但我无法弄清楚“poisson_log”的正确替换是什么。我检查了 Stan Reference 2.14.0，发现第 490 页上的建议是“poisson_log”的新等效项是“poisson_log_lpmf”（将“，”更改为“|”）。这在语法上是正确的并且可以运行，但给出了错误的答案。有人能告诉我“poisson_log”的正确替换吗？提前谢谢了。

我是 Stan 和概率编程的新手。我正在尝试构建一个非线性增长模型。我已经能够在NLS

我使用的 NLS 公式是：Trump_Pct ~ alpha - beta * lambda^Population

我的 NLS 总结是：

换句话说，基本的指数衰减曲线。我正在尝试与 Stan 进行复制。

我的数据如下：

我N在数据集中观察到：预测变量是一个县的人口（“人口”），预测的 Y 是对特朗普“Trump_Pct”的投票百分比。

我尝试了两种构建此模型的方法。

1. 一方面，我将每个组件的数据作为向量传递给模型。

2. 另一方面，我将每个数据组件保留为一个列表并尝试使用每个数据点。

在任何一种情况下，我都无法让模型成功运行。

这是我的模型：

情况1：

这是对该模型的改编。

在这里，我创建了 Trump_Pct 和 Population 列的矢量化版本。

由于以下原因，该模型未能与指数一致：

`语法错误，来自解析器的消息：

^ 的参数必须是原始的（实数或整数）；不能通过块 = 本地中的向量对实数求幂

我试过使用pow()，但找不到前进的方向。有小费吗？

案例二：

在情况 2 中，我无法将参数估计值保持在范围内：

"Informational Message: The current Metropolis proposal is about to be rejected because of the following issue:"
[2] "Exception thrown at line 21: normal_log: Location parameter[2873] is -inf, but must be finite!"

任何人都可以为我的公式提供一个简单的非线性模型的建议吗？

我想ordered_logistic()在 RStan 中使用函数。

首先，这是数据（sample）：

我使用数据子集：

我的斯坦代码是：

如果我运行此代码，则会收到以下错误：

代码有什么问题？

我已经在这几个小时了。

我用以下代码编译了一个 stan 模型：

当我ls进入当前目录时，我看到了model.rds，而我以前没有看到它。到目前为止一切都很好。

随后，我通过以下方式使用新参数重新调整该模型：

此代码在 Shiny 应用程序中运行。在本地，所有工作都按预期进行。

当我将此应用程序部署到 shinyapps.io 时，模型会尝试重新编译（导致 g++ 错误 - 可能是由于内存不足）。无论如何，我不希望这个模型首先重新编译：我希望它使用model.rds我已经构建的对象。是的，我确实在上传到 shinyapps.io 服务器的文件中包含了这个对象。

我觉得我已经尝试了所有的东西——包括model.rds显式加载loadRDS并将其传递给stan(fit = model ...调用。我错过了什么？

为了完整起见，以下是我在 shinyapps.io 端收到的错误。同样，我不希望这个模型首先重新编译。

Compilation ERROR, function(s)/method(s) not created! In file included from /usr/local/lib/R/site-library/BH/include/boost/config.hpp:39:0, from /usr/local/lib/R/site-library/BH/include/boost/math/tools/config.hpp:13, from /usr/local/lib/R/site-library/StanHeaders/include/stan/math/rev/core/var.hpp:7, from /usr/local/lib/R/site-library/StanHeaders/include/stan/math/rev/core/gevv_vvv_vari.hpp:5, from /usr/local/lib/R/site-library/StanHeaders/include/stan/math/rev/core.hpp:12, from /usr/local/lib/R/site-library/StanHeaders/include/stan/math/rev/mat.hpp:4, from /usr/local/lib/R/site-library/StanHeaders/include/stan/math.hpp:4, from /usr/local/lib/R/site-library/StanHeaders/include/src/stan/model/model_header.hpp:4, from file137729fa09.cpp:8: /usr/local/lib/R/site-library/BH/include/boost/config/compiler/gcc.hpp:186:0: warning: "BOOST_NO_CXX11_RVALUE_REFERENCES" redefined [enabled by default] # define BOOST_NO_CXX11_RVALUE_REFERENCES ^ <command-line>:0:0: note: this is the location of the previous definition g++: internal compiler error: Killed (program cc1plus) Please submit a full bug report, with preprocessed source if appropriate. See <file:///usr/share/doc/gcc-4.8/README.Bugs> for instructions. make: *** [file137729fa09.o] Error 4

我现在正在学习 Stan，想实现一个简单的混合模型。

在参考手册（stan-reference-2.14.0）中已经有一个解决方案：

下一页描述了外部循环的矢量化是不可能的。但是，我想知道内部循环的并行化是否仍然存在。

所以我尝试了以下模型：

...并且该模型做出错误的估计（与原始模型相反）。

我想知道，我对模型规范的理解是错误的。我想了解语法提供的区别（以及vector[K]和之间的区别real[K]），也许对 Stan 有更深入的了解。

在使用 stan 拟合模型后stan()，如何提取每个链的 BFMI？从这个对话中：https ://groups.google.com/forum/#!topic/stan-dev/uJhsapVwlk8 ，使用打印方法时似乎显示了 BFMI。但是，使用 时不会出现，使用时print(stanfit)BFMI 也不会出现get_sampler_params(stanfit)。

有没有办法从 stanfit 对象中获取 BFMI？

rstan 版本：2.14.1