问题标签 [rstan]

我正在尝试使用 STAN 进行切换点分析。我有一个数据向量y，它有两个不同的高斯随机变量序列。目标是找到可能发生转变的时间的后验分布。我正在使用RStan它来运行它，但错误在于 STAN。

这是 STAN 代码；

解析器（Rstudio 附带）给出以下错误；

为什么它不能处理进行铸造的变量分配？STAN 是否需要不同的模式来进行此类分析。我试图在其中创建一个整数变量，parameters但 STAN 似乎不支持随机整数变量，只有连续变量。

我有一个stanfit调用fit返回的对象rstan::stan(...)来推断参数theta。我现在可以theta使用 eg进行分析rstan::summary(fit, pars="theta")。

后来我意识到我对推断 的平方更感兴趣theta。我应该transformed parameters在 STAN 模型中包含一个块以theta_squared作为参数包含在输出中。

是否可以将转换后的参数添加theta_squared <- theta^2到现有stanfit对象中，就好像它是在一个transformed parameters块中计算的一样？

我是 STAN 的新手。我正在研究时间 ETAS 模型，这是一种用于模拟地震的模型。地震发生时间 t[i] 的强度被建模为 -

其中 t 是时间，p,c,mu 是三个参数。我正在使用 Rstan。我为模型编写了以下 stan 代码：

我知道我没有将时间指定为向量。你能帮我在模型部分写下可能性吗？我面临写强度的问题。我认为我过去在 R 中写入时间 t[i] 的强度的方式不是在 STAN 中执行此操作的写入方式。

A small part (containing 20 times only) of the data is as follows: dat=list(0.0000,310.1907,948.4677,1007.2617,1029.7996,1065.7343,1199.8650, 1234.6809,1298.0234,1316.0350,1381.8400,1413.4311,1546.2059,1591.1326, 1669.5084, 1738.9363,1745.5503,1797.9980,1895.6705,1936.3146)

我正在尝试运行一个简单的rstan示例，使用plyranddoMC进行并行计算。如果我在底部附近注释掉，则以下代码正常完成registerDoMC(cores = 2)，但照原样，我的R会话在调用adply. 我在 Mac OS 10.11.5 上使用 R 版本 3.3.0 和 R GUI。

编辑：奇怪的是，这可以通过R CMD BATCH命令行在 Linux 服务器和我的 Mac 上运行。不过，仍然没有 R GUI。

我正在使用 R 包brms来运行广泛的混合效应模型（4000 个观察值、99 个固定效应、200 个组级别），因为lme4这样的大型模型会产生收敛误差。
我使用 4 个链、8000 次迭代和 2000 个预热样本来运行这些模型。运行 4 到 5 小时后，会返回一个 brmsfit 对象，然后我可以对其进行分析。

在这样的分析中，我注意到在拟合值与残差图的关系中存在异方差。对较小模型的实验（使用lme4包）表明，采用响应变量的倒数（1/Y）解决了这个问题。我想使用brms包和 Y 的逆变换运行更大的回归模型，但采样似乎卡住了。运行20小时后，iteration: 1/8000 [0%] (Warmup)每条链条都保持在。我试图用 运行它rstanarm，但它也卡在这里。我也尝试指定family=gaussian(link='inverse')而不是 1/Y，但这并没有解决问题。

有谁知道为什么采样会卡住？提前致谢！

这是我使用的标准代码：

我正在构建一个 R 包，其中包含一些用于贝叶斯建模的 RStan 源代码。我成功安装了该软件包，但未能通过“库”在 Rstudio 中获取它。以下是留言。

有谁知道出了什么问题以及如何解决？这里似乎有一个类似的问题，但我对解决方案不太清楚。非常感谢您的帮助。

这是我的描述和命名空间：

在 R 脚本Fit12_for_stack.R中，我调用rstan包的stan()函数。当我Fit12_for_stack.R在交互式 R 会话中运行代码时，我从以下位置收到这些警告消息stan()：

警告信息： 1：预热后有 13 个不同的转换。将 adapt_delta 增加到 0.8 以上可能会有所帮助。2：检查pairs()图以诊断抽样问题

Fit12_for_stack.R当我使用以下命令在命令行上运行脚本时：

我得到输出，但没有警告消息。运行在命令行上调用的 R 脚本时，如何捕获警告消息？stan()stan()

从帖子如何将所有控制台输出保存到 R 中的文件？，我尝试添加

到脚本的顶部，但test.log再次显示输出，没有stan()警告消息。

这Fit12_for_stack.R看起来像：

这try8.stan看起来像：

我通过 API 调用生成数据，一次一个数据点。我想将每个点提供给 Stan 模型，保存更新的模型，然后丢弃数据点。

斯坦有可能吗？

如果是这样，您如何处理组级参数？例如，如果我的模型有 J 个组级参数，但我一次只输入一个数据点，这不会产生错误吗？

我对如何为以下模型的多个预测变量设置先验有点困惑：

根据请求，这是火车中的第一次观察。

我在访问以下数据框中的嵌套信息以draw针对mpg.

我想要的结果相当于如果每个值result[,"draw"]都是数据框该行中的观察值。另外，如果有更好的方法，我会全力以赴。

这是我期望图表的外观：

draws这是已添加密钥的小版本：