虽然它可能看起来类似于一个已经存在的问题：is-it-possible-to-update-dataset-dimensions-in-hdf5-file-using-rhdf5-in-r但它们并不完全相同。

在 RHDF5 文档中，我们可以定义在使用 h5createDataset()（使用 maxdims 参数）创建数据集时数据集可以具有的最大维度。但是，如果我们事先不知道数据集的维度怎么办，例如我们可能会遇到数据集的大小不断增加的情况，因此我们不知道数据集可以达到的最大维度。

在上面提到的问题的答案中，提到它可以在数据空间和 HDF5 常量的帮助下完成。

谁能提供一些关于如何使用 HDF5 常量和数据空间来做到这一点的想法？

我想在 R 中读取 hdf5 文件，但我似乎无法让它工作。我得到的错误是：

H5Fopen 中的错误（文件，“H5F_ACC_RDONLY”）：HDF5. 文件可访问性。无法打开文件。

其中 h5ls 是 rhdf5 中的方法， tsdatabase_path 是 hdf5 文件。我查看了这个相关的问题，但解决方案不起作用：

使用 python 的 h5py 包读取 hdf 文件时出错

我将 hdf5 文件权限更改为-rwxrwxrwx. 我还检查了是否已经加载了 hdf5 程序，我在 README.txt 中找到了这个，downloadHDf5它是 rhdf5 包的一部分：

“rhdf5 软件包将包含 HDF5 C 库的完整安装。无需从 HDF5 进一步下载。”

我的 R 版本是3.3.0，我的 rhdf5 版本是rhdf5_2.16.0

我有一个 .h5 文件，当在 python 中使用 pandas 打开时，它看起来像这样：

• < 类 'pandas.core.frame.DataFrame' >
• DatetimeIndex：3641767 个条目，2016-02-27 10:23:52 到 2016-03-18 17:39:52
• 数据列（共10列）：

抄送...

现在，我尝试使用rhdf5包将它导入 R 中，但DatetimeIndex似乎不存在 - 例如使用h5ls命令来可视化结构。

你能帮我找到吗？

谢谢

以前有人问过这个问题，但没有一个答案对我有用。

我正在使用来自 bioconductor.org 的库rhdf5来读取 HDF5 文件： source(" http://bioconductor.org/biocLite.R "); biocLite("rhdf5"); 图书馆（rhdf5）；

当我使用h5read函数读取包含引用的特定变量时，将打印以下警告消息：

“警告：'REFERENCE' 类型的 h5read 尚未实现。值已替换为 NA”

（它不像 RStudio 中的错误和警告那样以红色显示。只是黑色）

警告对我来说没问题，因为我不需要这些参考。但是我使用这个函数来读取数百个变量，所以我的屏幕被这些消息污染了。例如：

我已经尝试了我找到的所有建议（capture.output、suppressMessage/Warning、sink、options（warn、max.print、show.error.messages）：

1. capture.output(a <- h5read(f, "/#Link2#"), file='/dev/null')
2. 我还尝试了隐形以防万一：invisible(capture.output(a <- h5read(f, "/#Link2#"), file='/dev/null'))
3. suppressWarnings(suppressMessages(a <- h5read(f, "/#Link2#")))
4. 我也试过了suppressForeignCheck，suppressPackageStartupMessages以防万一
5. {sink("/dev/null"); a <-h5read(f, "/#Link2#"); sink()}
6. {options(warn=-1, max.print=1,show.error.messages=FALSE); a <-h5read(f, "/#Link2#") }

它们都不断产生相同的警告信息。

有谁知道我可能会尝试的任何其他事情，或者为什么这些事情不起作用？

图书馆如何设法打印跳过所有这些的消息？听起来我可能做错了什么......

任何帮助表示赞赏。

正如参考这些是我使用的其他帖子：

• r：不显示警告
• 如何在 R 脚本中全局抑制警告
• 抑制 R 中“打印”而不是“消息”或“警告”显示的消息
• 在 R 中抑制一个命令的输出

我有一个带有多个变量的 hdf5 文件，我想将这些变量自动存储在列表或矩阵中。

我可以通过键入访问文件中的任何变量

现在我想使用循环将所有变量保存到内存中。就像是

我试过assign()、eval()、as.name()，它们都不起作用，但我无法将它们保存到另一个变量中。但是，如果我输入 myvar=file$AGB_CO 它可以工作。如何实施？

我创建了一个虚拟 HDF5 对象作为

现在，我只想检索对象的列名，df_A而不df_B读取整个文件rhd5file.h5。可能吗？

我试过h5readAttributes()and h5ls()，但没有一个在不读取整个对象的情况下显示列名

所需输出：

客观的

我在一个文件夹中有 100 个 hdf5 文件。对于可重现的示例，让我们仅考虑 2 个文件，即：

每个 hdf5 文件包含 2 个组，data并且frame. 我想从data组中提取 2 个对象。这些被称为VDS_Veh_Speed和VDS_Chassis_CG_Position。同样，在frame组中有 3 个对象。只有对象frame在该组中是相关的。
我想阅读这些文件并提取上述相关变量。

我尝试了什么：

现在，因为我拥有全局环境中的所有文件，所以我删除了额外的对象，只保留了新的 dfs：

最后，我列出了环境中的 dfs，然后创建了一个数据框：

这对我有用。但是，正如评论中提到的，assign应该避免。此外，我必须手动使用rm()，否则此代码将无法工作。assign在这种情况下 有什么办法可以避免吗？

如果您需要数据文件，这里是上述 2 的链接： https ://1drv.ms/f/s!AsMFpkDhWcnw6g7StJp9dzZ-nCr4

我有一个外部应用程序（非 R），其输入是包含密集数据立方体的 HDF5 文件。我希望在 R 中生成数据。

在 R 中创建 HDF5 数据集的正常方法如下：

`

如果有足够的内存可以创建data，则此方法有效，但在数据较大时无效。如果我可以先创建 DataSet，我可以在切片中创建数据，因此可以将其写入文件。

为了尝试创建数据集，我做

然而，R 拒绝这种说法

无法为签名“H5File”、“character”、“numeric”、“character”、“numeric”、“missing”、“missing”、“missing”找到函数“createDataSet”的继承方法

文档中的调用签名表明“维度”不是一个向量，而是一个整数——也许是指定维度的数量。我已经尝试过其他调用签名并得到不匹配——也许 H5File 不是 CommonFG 类型，尽管 CommonFG 是 H5File 的父类。

自工作开始（00:00h UTC）以来，我每天都有一个以秒为单位的时间序列。因为我想绘制其他数据的时间序列，所以我想以秒为单位将时间序列转换为日期。所有数据都来自使用包 rhdf5 读取的 hdf5 文件

然后我尝试了 as.POSIXct 来构建一个数据框（稍后与 ggplot2 一起使用）。

问题来自“temps”的第一个值

1 1960-01-01 01:00:00

但它应该是 1960-01-01 00:00:00，因为这是提供的原点，“tiempo”的第一个值为 0。似乎每次都增加了一个小时。

也许我在设置原点时遗漏了一些东西？还是在读取 h5 文件时？任何想法？

提前致谢

PD：我无法提供示例数据，因为 h5 文件非常大。

正确代码 感谢 ottlngr 回答和 Richard Telford 评论，问题是通过添加 tz= "UTC" 解决的时区问题

我有一个这样的数据框：

我想选择所有配对的行和列值，以便我可以将它们插入到函数中。

我正在尝试这段代码：

这是像我想要的那样从我的 df 插入所有 myrow和col值，但它正在做它们的每一种可能的组合，我只想插入适当的配对。例如， 1 应该只与,和作为对应的, notrow配对。15055col75

可能我可以尝试压缩两列然后返回关联的元组？