r - 如何避免打印/显示消息

Question

以前有人问过这个问题，但没有一个答案对我有用。

我正在使用来自 bioconductor.org 的库rhdf5来读取 HDF5 文件： source(" http://bioconductor.org/biocLite.R "); biocLite("rhdf5"); 图书馆（rhdf5）；

当我使用h5read函数读取包含引用的特定变量时，将打印以下警告消息：

“警告：'REFERENCE' 类型的 h5read 尚未实现。值已替换为 NA”

（它不像 RStudio 中的错误和警告那样以红色显示。只是黑色）

警告对我来说没问题，因为我不需要这些参考。但是我使用这个函数来读取数百个变量，所以我的屏幕被这些消息污染了。例如：

a <-h5read(f, "/#Link2#")
Warning: h5read for type 'REFERENCE' not yet implemented. Values replaced by NA's
Warning: h5read for type 'REFERENCE' not yet implemented. Values replaced by NA's

我已经尝试了我找到的所有建议（capture.output、suppressMessage/Warning、sink、options（warn、max.print、show.error.messages）：

capture.output(a <- h5read(f, "/#Link2#"), file='/dev/null')
我还尝试了隐形以防万一：invisible(capture.output(a <- h5read(f, "/#Link2#"), file='/dev/null'))
suppressWarnings(suppressMessages(a <- h5read(f, "/#Link2#")))
我也试过了suppressForeignCheck，suppressPackageStartupMessages以防万一
{sink("/dev/null"); a <-h5read(f, "/#Link2#"); sink()}
{options(warn=-1, max.print=1,show.error.messages=FALSE); a <-h5read(f, "/#Link2#") }

它们都不断产生相同的警告信息。

有谁知道我可能会尝试的任何其他事情，或者为什么这些事情不起作用？

图书馆如何设法打印跳过所有这些的消息？听起来我可能做错了什么......

任何帮助表示赞赏。

正如参考这些是我使用的其他帖子：

score 3 · Accepted Answer

您应该要求maintainer("rhdf5")提供一个解决方案——不那么频繁地打印消息，并使用标准的 R 警告——该消息来自C 代码并使用 printf() 而不是Rf_warning()orRf_ShowMessage()或Rprintf()/ REprintf()。

这是问题的说明

> library(inline)
> fun = cfunction(character(), 'printf("hello world\\n"); return R_NilValue;')
> fun()
hello world
NULL
> sink("/dev/null"); fun(); sink()
hello world
>

和一个解决方案——用于Rf_warning()生成 R 警告。该示例还说明了如何通过写入 R 的输出流Rprintf()然后允许使用 sink 捕获输出。

> fun = cfunction(character(), 'Rf_warning("hello world"); return R_NilValue;')
> x = fun()
Warning message:
In fun() : hello world
> x = suppressWarnings(fun())
> fun = cfunction(character(), 'Rprintf("hello world\\n"); return R_NilValue;')
> sink("/dev/null"); fun(); sink()
>

但是，这些都不能直接帮助您！

更新维护者更新了包的“开发”分支中的代码，版本 2.17.2。

r - 如何避免打印/显示消息

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