问题标签 [rhdf5]

我有一个“.h5”文件，想用 R 提取它。

我搜索并发现rhdf5fromBiocManager用于此目的。我试过了，我得到了一个错误。无论我使用“h5ls”还是“h5read”方法，我总是在下面收到相同的错误消息。

H5Fopen 中的错误（文件，“H5F_ACC_RDONLY”，本机 = 本机）：HDF5。文件可访问性。无法打开文件。

我想提取 csv 或其他类型的“.h5”文件，以便在 R 中使用它们。

我有 R data.table，我尝试使用 rhdf5 包将其写为 h5 文件。这给了我一个警告h5writeAttribute.default(Attr[[i]], h5obj, name = names(Attr)[i]) : No function found to write attribute of class 'externalptr'. Attribute '.internal.selfref' is not written to hdf5-file. 当我阅读文件时，我发现很多列都不存在。具体来说，list()缺少类型的列。无论我使用write.attributes=TRUE还是write.attributes=FALSE在h5write功能中，我都会得到相同的结果。有什么建议么？可重现的例子：

我正在尝试在 R 中安装 minfi：

但是在编译 HDF5Array 期间安装停止，并出现以下错误：

我已经安装rhdf5并Rhdf5lib打包了文件 R“看不到”实际上存在于它应该“搜索”它们的确切目录 (/usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/) 中。

我的 R 版本是 3.6.0，我的 GCC 版本是 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-39)，我的 CentOS 发行版是 7.6.1810

我将不胜感激任何建议。

谢谢你。

我收到了大量需要阅读和绘制图表的文件。一些数据集比其他数据集有更多的文件。所以我需要编写一个循环来执行此操作。到目前为止我编写的代码有效，但我无法终生弄清楚如何索引循环以调用文件。我试过一个简单的

我尝试过其他版本，但我已经改变了太多，我不记得了。但是当我在底部单独加载文件时。他们加载所以我知道在需要循环的区域之前的所有内容都可以正常工作。

我无法使用 rhdf5 使用低级 API 将字符串写入 hdf5 文件中的组，特别是函数

• H5F创建
• H5G创建
• H5Screate
• H5D创建
• H5D写

这是我的数据：

我希望这个向量 v 存在于一个名为“元数据”的 hdf5 组中。在这里，我尝试将此一维字符数组写入文件：

但是当我读到它时：

它完全是空白的。维度和类型都对，但没有内容。

你可以看到它 /there/ 但我无法提取数据：

我可以使用 rhdf5/read/hdf5 文件，并且可以在 python 中使用 h5py 写入/写入，所以我知道机器设置了正确的二进制文件以进行 hdf5 访问。但是我做错了什么，我不能在 R 中编写 hdf5 字符向量？

数据集包含以下具有不同属性数据的组。如何使用包'rhdf5'、'rgdal'和'raster'提取和绘制具有纬度经度的属性编号8？

我使用以下命令读取组内的属性，但显示错误

任何帮助，将不胜感激。谢谢

说我的数据看起来像这样

存储这段时间数据最节省空间的方式是什么？

我查看了 Numpy 文件，但 numpy 只支持统一长度数据

我查看了 Hdf5，它支持 1d 不规则张量，但不支持 2d

https://stackoverflow.com/a/42659049/3259896

因此，可以选择为 中的每个列表创建一个单独的 hdf5 文件thisList，但我可能会拥有 10-2000 万个这些列表。

我有一个 hdf5 文件，我想读取它的子组。

我读到如下数据：

但是当我想阅读其中一个名字时，我遇到了错误：

另外，我无法打开任何子组：

I am trying to convert my h5 daily files into a raster format. I converted into raster format. When I extracted my area of interest. I could not extract my area of interest from the raster image Kindly anyone guides me on how to solve this issue. The R code and hf5 file and after conversion raster image are present in link (attached). Thanks

https://drive.google.com/drive/folders/18-hj2LEYWBN-uIDDTdqZ-x-WUxpCJu7H?usp=sharing

我用 BiocManager 安装了 rhdf5 包，并想使用 h5write 函数将数据帧写入 hdf5 文件。但是对于这个包中的每个功能，我只能得到：

如果我尝试打开一个新文件

R 版本是 4.0.2。

我没有发现任何其他用户有这个问题，也许有人可能知道这种行为的原因，否则 R 工作正常......

谢谢大家，祝你有美好的一天。最大限度