问题标签 [rhdf5]

我有一个具有多个属性的 hdf5 文件，每个属性都是矩阵或数组。我想通过在矩阵中添加或删除列来修改一些属性。如何才能做到这一点？

我尝试过使用 R 中的 rhdf5 库，但似乎找不到合适的函数。看来我只能使用写功能，但我不能覆盖。我在想唯一的方法可能是转储整个文件，修改并另存为新文件。

这是我的文件样本

我是 hdf5 文件的新手。尝试从以下 URL 读取一些示例文件.. https://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/examples/files/exbyapi/

在尝试读取 R 环境中的 .h5 文件之一时

library(rhdf5) h5ls("h5ex_d_sofloat.h5")

我收到以下错误

H5Fopen 中的错误（文件，“H5F_ACC_RDONLY”）：HDF5. 文件可访问性。无法打开文件。

帮助表示赞赏。

我目前正在构建一些使用 HDF5 文件的应用程序。我选择的语言是R.

关于数据空间，我已经查看了 hdfgroup 网站，我想我理解了这个概念。但我非常无法理解它在现实世界中的用途。

有人可以告诉我数据空间接口应该用于什么吗？

目前，我认为如果我加载一个大小的矩阵，1.5M x 1.5M我可能能够存储数据空间坐标，然后更快地检索该数据。这个对吗？

如果你也能提供一个例子，那就太好了。

我正在使用 rhdf5 库。我想一次读取很多文件。我在文件夹输入中有我的 .h5 文件，然后我正在尝试：

它没有显示任何错误。只是我执行它，没有任何反应。我也试过lapply(filenames,h5read(filenames,name="/datasets/data1/data0"),.GlobalEnv)

但在这里我收到一个错误：“条件的长度> 1，只会使用第一个元素”。

为什么它不起作用？

我的 h5 文件中有 4 个组，例如以下代码：

如何只查询 IBM 组而不必使用索引号？

例如，我尝试了以下变体：

我必须纠正我的包 antaresProcessing 中的一些错误。

我想以前重现这些错误。

在这里，您可以看到 CRAN 检查

我没有Debian操作系统。

我试了rhub，可以看到结果还可以

我尝试执行这些功能，一切都很好。

rhub::check_for_cran(platform = 'debian-gcc-devel') rhub::check_for_cran(platform = 'debian-gcc-patched') rhub::check_for_cran(platform = 'debian-gcc-release')

我正在尝试将 travis 用于我的 R 包。

检查适用于 R 3.4，结果在这里

对于 R 3.3，Travis 是 KO，因为 Travis 安装了包 rhdf5 但它不是正确的版本。结果在这里

我的描述文件中有以下几行

对于 R 3.4，travis 执行此操作

对于 R 3.3，travis 执行此操作

所以对于 R 3.3，Travis 安装 rhdf5 2.18 但在我的描述文件中我指定了 2.20。

R 3.3 的检查结果

如何告诉 Travis 安装 rhdf5，但前提是 2.20 版本可用？

我在这里的 travis Doc 中没有找到此信息

我必须将 _R_CHECK_FORCE_SUGGESTS 设置为 FALSE 吗？

目前这是我的 yaml 文件

我是 R 编程的新手。

我在设置所有环境变量后使用下面的代码。所有连接都运行良好，但在to.dfs下面执行时出现错误。

请指导我。

我收到错误消息：

不是有效的 JAR：/usr/local/hadoop/share sh：2：hadoop/tools/lib/hadoop-streaming-2.6.0.jar：未找到

我想将 h5 文件中的 data.frame 投影到投影栅格中。我使用的 h5 文件是加利福尼亚州内华达山脉的雪水等效网格，坐标的原点位于文件的子级别之一中。我无法弄清楚如何使用原点创建投影栅格网格。下面是我下载数​​据并提取 h5 文件结构的代码。我将 R 与 rhdf5 库一起使用

如何获取 coordInfo 并使用它来投影我的 datSWE，使其成为投影栅格？

以下是我用来创建第一部分代码的一些附加 Web 链接。

https://rpubs.com/fenclmar/98163

https://github.com/NEONScience/NEON-Data-Skills/blob/master/tutorials-in-development/R/R-RS-data-institute/hyperspectral/subset-h5-file-R.Rmd

当我尝试编写dgcMatrix使用in30 000x80 000时：rhdf5Rstudio

我收到错误消息：

H5Dcreate(loc$H5Identifier, dataset, tid, sid, dcpl = dcpl) 中的错误：HDF5。数据集。无法初始化对象。另外：警告消息：在 h5createDataset(h5loc, name, dim, storage.mode = storage.mode(obj), 中：您创建了一个带有压缩和分块的大型数据集。块大小等于数据集尺寸。如果你想要要读取数据集的子集，您应该测试较小的块大小以缩短读取时间。使用 showWarnings=FALSE 关闭此警告。H5Dopen(h5loc, name) 中的错误：HDF5。数据集。找不到对象。h5writeDatasetHelper(obj = obj，h5dataset = h5dataset，index = index，：找不到对象'h5dataset' h5writeDatasetHelper（obj = obj，h5dataset = h5dataset，index = index，：找不到对象'h5dataset'另外：警告消息：在is（h5id ,

文件肯定存在并打开。

sessionInfo()：

我不明白为什么会这样。任何建议将不胜感激。