r - R：使用 rdhf5 包从 R 读取 .h5 文件时出错

Question

我是 hdf5 文件的新手。尝试从以下 URL 读取一些示例文件.. https://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/examples/files/exbyapi/

在尝试读取 R 环境中的 .h5 文件之一时

library(rhdf5) h5ls("h5ex_d_sofloat.h5")

我收到以下错误

H5Fopen 中的错误（文件，“H5F_ACC_RDONLY”）：HDF5. 文件可访问性。无法打开文件。

帮助表示赞赏。

Answer 1

Windows 本身存在一些问题，它在使用默认参数下载 hdf5 文件时对其进行加密。下载时只需将模式更改为“wb”..

file_url <- "http://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/examples/files/exbyapi/h5ex_d_sofloat.h5"
library(rhdf5)
download.file(url = file_url,destfile = "h5ex_d_sofloat.binary.h5",mode = "wb")
h5ls("h5ex_d_sofloat.binary.h5")


>   group name       otype dclass     dim
0     /  DS1 H5I_DATASET  FLOAT 64 x 32

我从 biocondutor 本身得到了这个解决方案...... https://support.bioconductor.org/p/97311/#97362