r - 如何修复'gcc：错误：“/usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/libhdf5.a”：R中没有这样的文件或目录'

Question

我正在尝试在 R 中安装 minfi：

BiocManager::install("minfi")

但是在编译 HDF5Array 期间安装停止，并出现以下错误：

gcc: error: "/usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/libhdf5.a": No such file or 
directory
gcc: error: "/usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/libsz.a": No such file or 
directory
make: *** [HDF5Array.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘HDF5Array’

我已经安装rhdf5并Rhdf5lib打包了文件 R“看不到”实际上存在于它应该“搜索”它们的确切目录 (/usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/) 中。

ls /usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/
libhdf5.a  libhdf5_cpp.a  libsz.a

我的 R 版本是 3.6.0，我的 GCC 版本是 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-39)，我的 CentOS 发行版是 7.6.1810

我将不胜感激任何建议。

谢谢你。

Answer 1

我遇到了同样的问题。 http://bioconductor.org/checkResults/release/bioc-LATEST/HDF5Array/提到“HDF5Array(1.12.2)”安装失败。所以等待改进。

有一种方法：安装旧版本的“HDF5Array”。

url<-"https://bioconductor.org/packages/3.8/bioc/src/contrib/HDF5Array_1.10.1.tar.gz"
install.packages(url,repos=NULL,type="source")
BiocManager::install("minfi")