r - 在 R 中读取 .h5 文件

Question

我有一个“.h5”文件，想用 R 提取它。

我搜索并发现rhdf5fromBiocManager用于此目的。我试过了，我得到了一个错误。无论我使用“h5ls”还是“h5read”方法，我总是在下面收到相同的错误消息。

H5Fopen 中的错误（文件，“H5F_ACC_RDONLY”，本机 = 本机）：HDF5。文件可访问性。无法打开文件。

file_url <- "data/MillionSongSubset/AdditionalFiles/subset_msd_summary_file.h5"
h5ls(file_url)
data <- h5read(file_url)

我想提取 csv 或其他类型的“.h5”文件，以便在 R 中使用它们。

Answer 1

这是一个 Windows 问题。我通常尝试打开由 Kallisto 处理的 .tsv 或 .h5（在我的情况下使用 txtimport）。将文件夹中的文件从“我的文档”中移开，例如移至 c:[YOURFOLDER]。那应该可以解决您的问题。