问题标签 [r2jags]

我的数据文件如下所示：

假设这个文件被保存为“data.txt”。

如果我在“R2OpenBUGS”中工作，它可以让我毫无问题地将数据作为文件传递：

但是在 JAGS 中，如果我将数据作为“data.txt”传递，它会说：“数据必须是列表或环境”。这里有什么问题？另外，如果没有办法解决它，有没有办法可以将数据作为 R 中的列表读取？

我的模型是：

大家好，我是 JAGS 的新手，目前正在通过 RJAGS 使用 mcmc 进行贝叶斯推理。我一直在尽力调试我的代码，直到我遇到这个错误“节点 e1 [3] 节点与父节点不一致”。

我希望任何人都可以给我如何调试它。非常感谢。

这是我第一次使用 JAGS，在建模数据时遇到了一些错误。

以下是我的数据的简要说明： 总共有n多少人（例如 2 人）每个人解决了m问题（例如 6 人）。所有问题都有 3 个答案，每个都有一定的价值V。

这是图形模型（一些变量名称不同：IG并且分别与和y相同；未包含在我的模型中）。Vanswerx

iPerson为问题选择每个答案的概率j遵循“softmax 决策规则”：exp(V[j,]/tau[i])/sum(exp(V[j,]/tau[i])). 这里，tau 是具有 Gamma 分布的决策噪声： tao → 0，一个人选择最高值的答案；tao → ∞，一个人在 3 个答案中随机选择。

这是我的模型文件model.txt：

这是我的 R 脚本：

在 R 中运行脚本后，我收到以下错误消息：

编译模型图 解析未声明的变量 分配节点 删除模型

jags.model 中的错误（model.file，data = data，inits = init.values，n.chains = n.chains，：运行时错误：exp 的向量参数无效

可能是什么问题？非常感谢您的帮助！

每次我使用该jags()函数运行我的 JAGS 模型时，我都会得到非常不同的拟合参数值。但是，我希望其他人重现我的结果。

我尝试添加set.seed(123)，但没有帮助。此链接描述了如何使用该run.jags()功能实现我的目标。我想知道如何使用jags(). 谢谢！

以下是我在 R 中的模型：

还有我的模型文件model.txt：

在一项实验中，参与者可以使用策略 X 和 Y 的组合来解决问题。θ 是 X 的权重（范围从 0 到 1，分布为 Beta），它可以通过某种方式从人类数据中推断出来（此处或许无需赘述）。

在我阅读的一篇论文(p. 117) 1中，作者通过均值和标准差重新参数化了 θ 的 Beta 分布。如何在 JAGS 中实现这一点？以下是我的尝试，我不确定它是否正确。如果没有，我想知道我应该做什么。

在此先感谢，如果有任何我应该添加的细节，请告诉我！

问题

我有一个小数据集（N=100）。我需要运行泊松回归，但一次排除一个观察值（因此，滚动泊松回归）。

等式中有几个预测变量，但我关心一个（称之为bx）。我的想法是查看 100 个模型的 bx 变化量。然后，我想用 Y 轴上的效果大小和 X 轴上的型号来绘制这 100 个点的估计值。

总之，我需要以下内容：

1. 在 JAGS 中运行滚动泊松回归（通过 R2jags）。

2. 得到估计值后，绘制它们。

请注意，我在 JAGS 中的泊松模型运行良好（下面是我的模型/数据的示例玩具）。但是，我无法实现“滚动”版本。

独立的例子

行。这就是模型。在model.fit那里bx，我必须得到 100 次的系数。使用我当前的代码，我只能使用完整的数据集获得一次。但是，我需要在排除 df 的第一行的情况下再次获取它，然后在排除 df 的第二行的情况下第三次获取它，依此类推。然后，绘制所有这些bx。

现在，为了示例，我将创建一个简单的表，以表明我需要第一个元素（bx的系数）。

抱歉，我什至无法在这里提供尝试的解决方案。首先十分感谢。

我正在使用本教程来了解 JAGS 代码。在“具有附加分类预测变量的相同模型”部分中，它指出“该模型包括性别和体长之间的相互作用”。如何删除它以便没有交互？

这是 R 和 JAGS 中的完整设置和模型。

先上数据：

JAGS代码：

初始值并运行：

jags我正在使用R2jags 包（它使用 rjags 包来运行 JAGS）的功能在 R 中运行大量 JAGS 模型。

我在控制台中打印了很多警告：

value out of range in 'lgamma'

打印这些警告似乎会严重影响计算时间。我该如何抑制这个？

警告被打印为输出，而不是 R 警告。

我尝试过但不起作用的事情包括：

• try(..., silent = TRUE)用, suppressWarnings, invisible或包裹我的电话capture.output。

• jags.model将呼叫更改jags为jags.model(..., quiet = TRUE)。

这种现象在其他地方也有提及 ，我只是想将其关闭以减少从大量不必要的打印到控制台的计算负载。

有什么建议么？

这是基于sourceforge 上相同问题的示例的长但可重复的示例。很抱歉这篇文章的长度，但我无法在任何较小的玩具模型中复制它。我不太关心这个特定的模型，但它合理地简单地复制了这个问题：

模型

数据

称呼

输出 （大量重复的警告被修剪 - 这些再次打印为函数输出而不是警告消息）

我使用这两个包来进行贝叶斯分析，但有一些我不明白的区别：

首先包rjags允许适应阶段，带有jags.model函数，而包r2jags没有这个阶段，并且带有函数jags（或jags.parallel）开始从后验分布中采样。自适应阶段是否包含在该功能中，或者包r2jags不考虑它？

其次，在 中rjags，我可以说这两段代码是相似的吗？

和

也就是有function的burn-in阶段update也可以在coda.samplesfunction中做？谢谢你。

我正在尝试从Kery & Schaub 的著作“使用 WinBUGS 的贝叶斯人口分析”中的“第 11 章 - 使用综合人口模型从多种数据类型估计人口统计率、人口规模和投影矩阵”中重新创建综合人口模型。

我正在尝试使用 JAGS 而不是 WinBUGS，但我不断收到此错误消息：

"Failed check for discrete-valued parameters in distribution dbin"

这是数据和代码 - 知道我做错了什么吗？我怀疑这与 Ntot 不是一个整数有关，但我不确定。我R2jags在 RStudio 中使用。

非常感谢