问题标签 [r2jags]

我试图弄清楚如何估计我的数据中的变化点，为此我想估计变化点之前的时间段和变化点之后的时间段的随机效应。但是，我不知道更改点应该在什么时候，所以我试图估计它。我遇到的问题是我在循环结构中使用了更改点（cp），并且出现错误“无法评估计数器 i 的上索引”。我猜我不能循环使用我也想估计的变量？我想知道是否有人这样做和/或对如何做到这一点有建议。另一个潜在的问题是我没有在命令中使用计数器索引 i，但是，当我尝试使用 while 循环时，我也遇到了循环没有中断的问题。提前感谢您的任何想法！

代码的子集：

从命令行或脚本使用 jags.parallel 可以正常工作。我可以从http://www.inside-r.org/packages/cran/R2jags/docs/jags运行这个修改后的例子就好了

但是，如果我将它包装在一个函数中

然后我得到错误： get(name, envir = envir) 中的错误：找不到对象'y'根据我在这里找到的内容，我知道这是导出到集群的环境的问题，我已经通过更改修复了它

到

有没有更好的方法来解决这个问题？

谢谢你，格雷格

附言

我正在为其他人编写此代码，因此我真的不想更改 R2jags 包中的内容以让我通过环境进行导出，尽管我计划将其建议给包的作者。

我刚刚从 R2OpenBUGS 从 R2jags 切换，并注意到一些我不明白的东西。在使用 运行模拟jags()并使用 转换输出as.mcmc()后，第一个样本始终具有非常高的偏差，并且通常与收敛的参数估计相差甚远。使用此示例运行相同的数据bugs()不会出现。这几乎就像第一个样本是来自老化阶段的实际第一个样本。

可重现的代码，包括错误的初始估计，以显示第一个样本中的错误参数jags()但不bugs()输出。

我已阅读 JAGS 手册，但没有找到将相同的先验分布分配给 JAGS / R2JAGS 模型中的多个参数的方法。

例如，目前我必须重复很多这样的代码：

如何干燥此代码？

我正在尝试使用 PyMC 将四个不同的医疗状况预测变量作为输入，并将它们结合起来，在给定预测变量子集“是的，该患者患有这种疾病”的情况下，得出患者患有该疾病的总体后验概率。

这个想法是从 beta 分布中为每个预测变量选择一个 theta（条件的总体比率）以及假阴性和假阳性率，然后使用贝叶斯定理计算边际概率和后验概率。我有一个包含 16 个观察值的数组，每个可能的预测变量组合一个（因为有 4 个预测变量，所以有 2**4 = 16 个不同的可能预测变量组合）。我将最后一组计数和边际概率输入多项分布，类似于在 PyMC 教程http://pymc-devs.github.io/pymc/tutorial的以下示例中如何将灾难数组与泊松分布一起使用.html。

这是我编写的尝试执行此操作的代码：

当我运行它时，在计算计数时，我得到与最后一行有关的错误：

显然，这个错误与 PyMC 不喜欢我提供给 Multinomial() 的某些值有关，但我不确定哪个是错误的。我相信值应该是 counts_array （我观察到的计数值），n 应该是 16，因为我想选择一个包含 16 个项目的数组进行计数，每个可能的预测变量组合一个，p 应该是我的边际概率，并观察到应该是真的，因为我已经观察到了值。

我究竟做错了什么？

编辑：如果有帮助，我之前在 R2jags 中使用以下代码执行此操作：

我正在使用 R2Jags 包。

我首先获得模型如下：

但是当我使用以下方法获得 X1 的后valeus 时：

我得到：

错误：找不到对象“X1”

我的问题是：我该怎么做才能解决这个问题？

提前致谢。

我有一个像这样的 beta-binomial 模型

其中 $B$ 是 beta 函数。

我想估计参数 $\theta_1,\theta_2,\ldots,\theta_5$。

我使用了最大似然法：

然后，我使用 MCMC 如下：

MCMC 估计与最大似然估计一致。

最后，我使用 jags 估计参数如下：

这种方式的估计很奇怪，不像以前的值。我想知道 jags 功能有什么问题！？感谢您提前提出任何意见或建议。

https://ehc.ac/p/mcmc-jags/discussion/610037/thread/dc35eac1/#4823

我在 R 中运行一个 for 循环（作为我使用 R2jags 运行的模型的功率分析的一部分）。在某些时候，我想知道我的 MCMC 链是否已经收敛，如果没有，我想跳过循环的迭代。但是，我不想跳到下一次迭代，我希望循环再次以相同的迭代开始。我目前正在使用命令“下一步”，但这正在跳过迭代。如何告诉我的 for 循环进行额外的迭代？下面是整个代码，但基本上我担心的就是这一点：

这是整个代码：

我正在使用该R2Jags软件包，并且我想使用该jags.parallel函数来加快计算速度。我使用以下代码：

我得到的错误是Error in file(con, "w") : all connections are in use.

有谁知道这可能是什么原因？提前致谢。

我正在尝试使用 rjags 拟合以下模型，但出现尺寸不匹配错误。该模型在 WinBUGS 中运行良好，我不知道如何更改代码。提前感谢您的帮助。

数据：

链的初始值

模型

错误

jags.model 中的错误（文件 =“model.txt”，数据 = 数据集，inits = inits，：运行时错误：无法将节点插入 y1[1:2,1:2]。尺寸不匹配