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我使用这两个包来进行贝叶斯分析，但有一些我不明白的区别：

首先包rjags允许适应阶段，带有jags.model函数，而包r2jags没有这个阶段，并且带有函数jags（或jags.parallel）开始从后验分布中采样。自适应阶段是否包含在该功能中，或者包r2jags不考虑它？

其次，在 中rjags，我可以说这两段代码是相似的吗？

jmod <- jags.model(file="somefile.txt", data = data, n.chains=3)
update(jmod,100)
jsample <- coda.samples(jmod, n.iter=100, variable.names=par)

和

jmod <- jags.model(file="somefile.txt", data = data, n.chains=3)
jsample <- coda.samples(jmod, n.iter=200,n.burnin=100, variable.names=par)

也就是有function的burn-in阶段update也可以在coda.samplesfunction中做？谢谢你。

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R2jags是运行的顶级功能rjags。它旨在使执行包描述中描述的某些事情变得更容易一些，例如运行直到收敛，或并行化 MCMC 链。

如果您查看jags函数R2jags（例如通过查看源代码或jags不带括号输入 R 控制台），您会在函数末尾附近找到以下调用（链接 github 版本上的第 151-177 行）：

  m <- jags.model(model.file,
                  data     = data,
                  inits    = init.values,
                  n.chains = n.chains,
                  n.adapt  = 0 )

  adapt( m,
         n.iter         = n.adapt,
         by             = refresh,
         progress.bar   = progress.bar,
         end.adaptation = TRUE )

  samples <- coda.samples( model          = m,
                           variable.names = parameters.to.save,
                           n.iter         = ( n.iter - n.burnin ),
                           thin           = n.thin,
                           by             = refresh,
                           progress.bar   = progress.bar )

R2jags::jags用 编译模型，用调整jags.model模型adapt，然后用 迭代和采样coda.samples

您的两个电话并不完全相同。首先你：

  1. 编译和改编jags.model，
  2. 更新 100 次迭代update，然后
  3. 更新并从后验采样 100 次迭代coda.samples。

在第二个你

  1. 编译和改编jags.model，
  2. 从后验更新和采样 200 次迭代coda.samples。

即，您的后验样本来自更多迭代，但在jags.model. n.burninin没有用rjags，只有 in R2jags; 请参见上面函数代码coda.samples中的调用jags，而在前面的第 77 行，该函数分配了n.adapt <- n.burnin.

于 2018-06-14T04:32:25.293 回答