这是我在 StackOverflow 上发布的第一个问题，因此请更正我犯的任何协议错误。但是我已经从对网站上许多其他问题的回答中受益匪浅，所以在我继续之前，我要感谢为该网站做出贡献的社区。

概述

我在 Windows 7 机器上使用 R、RStudio、包和包（devtools问题结尾处完整）roxygen2session_info

我正在尝试编写自己的包，它SpatialLines从包中定义了 S4 类的子类sp，并且还使用了包rgeos。document当我使用 devtools和 load_all我的包时，我的问题与我不太了解且无法完全解决的警告消息有关。

警告信息

第一条消息是

当我解决这个问题时，通过在 NAMESPACE 文件中添加一个条目（不完全理解为什么它是必要的），然后对DESCRIPTION 文件进行进一步的更改，我收到了第二条消息，到目前为止我已经被打败了。

我所尝试的，以及我留下的问题

我已经用谷歌搜索并搜索了几个寻找提示的网站，但我找到的最接近的是 2011 年 12 月的一个简短线程，询问 SpatialLinesNULL 来自哪里 --- 答案是rgeos。 http://lists.r-forge.r-project.org/pipermail/rspatial-devel/2011-December/000033.html

我已经尝试自己尝试了解出了什么问题，并在调试器中逐步执行代码，直到我迷路为止，这比我能够很好地理解应该发生的事情要深入得多。在此过程中产生了一个小（非）问题的工作示例，如下所示。

我有 3 个问题。它们在此处进行了总结，但实际上仅在下面我的（非）工作玩具示例的上下文中才有意义：

• 问题 1（在 test1 之后）为什么 R 仍然需要（虚拟？）超类Spatial，为什么只有在我的代码中定义了第二代 MyClass2时？
  澄清补充说@importClassesFrom，我曾认为，一旦我编辑了我实际使用的类，R 打包命名空间机制就会满足查找和访问前项/超类的任何需要。
• 问题 2（在 test3 之后）我假设无论我的第一条警告消息的原因是什么，也是这个类似消息的原因。
  我在正确的轨道上吗？
• 问题 3（在 test4 之后）来自 test3 的警告和随后的错误是我可以自己解决的吗（如果可以的话）？还是我需要向rgeos软件包的维护者寻求帮助（例如要求他们导出SpatialLinesNULL）？

代码示例

我的玩具工作示例的 r 代码（仅去除 roxygen 注释以节省空间）是：

MyClass2 第二代子类似乎很重要（没有它，警告就会消失）。我不懂为什么。

devtools我使用and 对此代码运行了一系列测试roxygen2。测试因 NAMESPACE 文件中的内容以及DESCRIPTION 文件中的 Imports 指令中的内容而异。执行测试包括在 RStudio 中运行devtools::load_all()（或沿途devtools::document()调用）。load_all()发生的警告消息已在上面发布。我在每次测试之间在干净的全局环境中重新启动我的 R 会话（警告仅在我第一次运行时出现load_all或document）。

在跟进下面给出的答案时，我意识到我也应该尝试从 shell 命令行使用 R 构建和安装我的玩具包。

测试1

test1 有DESCRIPTION文件条目（完整的DESCRIPTION文件见这个问题的结尾）：

完整的 NAMESPACE 文件（从上面省略的 roxygen 注释生成）是：

尝试在重新启动的 R 会话中运行devtools::load_all()（或devtools::document()）会生成第一个警告（如上所示）。

问题 1为什么 R 需要 ~~(virtual?)~~ 超类Spatial，为什么只有MyClass2在我的代码中定义了第二代时？ 澄清补充说@importClassesFrom，我曾认为，一旦我编辑了我实际使用的类，R 打包命名空间机制就会满足查找和访问前项/超类的任何需要。

测试2

test2通过更新 NAMESPACE 文件来解决问题，如警告消息所示。没有进行其他更改。

当完整的 NAMESPACE 文件为：

测试3

但是，当我对DESCRIPTION 文件中的Imports 指令（即添加rgeos. 这是从 test2 创建 test3 场景的唯一更改。

现在我收到一个警告，看起来像是来自 test1 的问题，即：

据我所知，SpatialLinesNULL是一个新的超类Spatial，定义在rgeos它可以提供一些通用函数和方法。

问题 2我假设无论我的第一条警告消息的原因是什么，这也是此类似消息的原因。
我在正确的轨道上吗？

测试4

在 test4 中，我尝试应用与 test2 中相同的解决方案，即将缺失的条目添加到 NAMESPACE 文件中。这是 test4 的完整 NAMESPACE 文件。

在哪个阶段我收到最后的错误消息：

在这个阶段我被卡住了。

问题 3来自 test3 的警告和随后的错误是我可以自己解决的吗（如果可以的话）？还是我需要向rgeos软件包的维护者寻求帮助（例如要求他们导出SpatialLinesNULL）？

session_info（来自 test4）

test4 的完整文件

R/myclasses.r

描述文件

命名空间文件

结论

非常感谢您提供的任何帮助、建议或指导！即使这只是关于我如何提出更好的问题:-)

我最近更新到 R 3.1.3，我正在使用 RStudio 和packrat. 我正在尝试使用 RStudio 内置的“构建和重新加载”工具重新构建我的包，但它不起作用。我不断收到以下错误：

问题是，我已经ggplot2在所有地方安装了 R 3.1.2 和 R 3.1.3 的本地库和我的 Packrat 库。我试过加载它们无济于事。

另外，使用devtools::build()anddevtools::document()都可以，所以我假设这是一个 RStudio 问题？

注意：我使用的是 RStudio 版本 0.99.235。

编辑：我也看不到我的包的任何文档，而且它似乎不在我的 packrat 库中。

第二次编辑：我已经卸载了 R 3.1.3 并恢复到 R 3.1.2，但我仍然遇到同样的问题。

第三次编辑：这些是我的依赖项：

我正在制作一个 R 包，并且需要跟踪使用包中的函数打开的文件。

在以（充分）对用户隐藏的方式加载包时创建 R 对象（在本例中为 data.frame）的推荐过程是什么？我不希望用户手动编辑 data.frame。

我的一个想法是在调用options内部的设置中创建一个 data.frame .onLoad（类似于 Hadley 在他的devtools包中所做的），但打开的文件列表在我的包中并不是真正的可配置“选项”。还有其他方法吗？

我确实在 C++ 中将我的方法编程为名为“test.cc”的函数。我的程序的语法是；

其中input.fasta是数据文件

Theta是数值范围 2 到 10。输出存储在output.txt文件中。

用于开发 R 包；首先，我使用以下命令对其进行了编译。

产生“ test.dll ”文件。我使用以下命令将其加载到 R 中；

我正在尝试调用测试函数，但是在读取数据时会出错；

我没有使用此命令的经验；问题是我如何将 input.fasta 读取到 .C() 并将输出写入文件。

如果您提供一些解决此问题的想法，我将不胜感激。

是否可以制作一个仅从其他 R 包中导出所有功能的 R 包？是否有另一种方法可以在手册、代码文件等中对包中的功能进行相应分类和排序？

每次我尝试使用 devtools 函数构建、检查或记录某个 R-package 文件夹时，它都会引发以下错误：

if (!is_loaded(pkg) || (is_loaded(pkg) && reload)) { 中的错误：需要 TRUE/FALSE 的缺失值

或 if (pkgname != intname)... ，分别用于构建。

在我添加一些额外的代码之前，它已经适用于那个特定的包，但删除它似乎没有帮助。这个错误是什么意思以及寻找解决方案的方法是什么？

R 包使用私有用户名和密码与商业数据库通信以建立连接。在 package_vignette.Rmd 文件中有一段代码：

我无权向 CRAN 提供实际的用户名和密码，因此我无法在包中提供真正的“connection.config”文件。因此，当然，此代码片段会在 CRAN 检查期间导致错误。

我知道两种绕过 CRAN 检查的方法：

1. 使用 knitr 选项：eval = FALSE.

2. 在 R.rsp包的帮助下制作静态小插图。

第一种方法太耗时了，因为有很多块，我经常重写/重建小插图。第二种方式对我来说更好。但是可能有更好的模式如何支持这样的小插曲？例如，在包的测试中，我testthat::skip_on_cran()用来避免 CRAN 检查。

当我编写独立的 cpp 脚本时，我使用 // [[Rcpp::plugins(openmp)]].

但是，当我尝试使用 Rcpp 构建 R 包时，我不知道如何让编译器知道我有一个插件。我试图添加Plugin:openmp描述，但它不起作用。

任何人都可以帮忙吗？

我想知道是否有一个特殊的命令可以列出一个包的所有演示程序（R-scripts）并在不运行它们的情况下检查它们的内容，即不使用

特别是，我正在寻找一种方法来实现这一点，而无需下载源代码和浏览演示目录。

sparkr安装 apache包时出现以下错误：