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这是我在 StackOverflow 上发布的第一个问题，因此请更正我犯的任何协议错误。但是我已经从对网站上许多其他问题的回答中受益匪浅，所以在我继续之前，我要感谢为该网站做出贡献的社区。

概述

我在 Windows 7 机器上使用 R、RStudio、包和包（devtools问题结尾处完整）roxygen2session_info

我正在尝试编写自己的包，它SpatialLines从包中定义了 S4 类的子类sp，并且还使用了包rgeos。document当我使用 devtools和 load_all我的包时，我的问题与我不太了解且无法完全解决的警告消息有关。

警告信息

第一条消息是

class "Spatial" is defined (with package slot ‘sp’) but no metadata object found to revise subclass information---not exported?  Making a copy in package ‘minweSpatialNULL’

当我解决这个问题时，通过在 NAMESPACE 文件中添加一个条目（不完全理解为什么它是必要的），然后对DESCRIPTION 文件进行进一步的更改，我收到了第二条消息，到目前为止我已经被打败了。

d> devtools::document()
Updating minweSpatialNULL documentation
Loading minweSpatialNULL
Error: class "SpatialLinesNULL" is not exported by 'namespace:rgeos'

我所尝试的，以及我留下的问题

我已经用谷歌搜索并搜索了几个寻找提示的网站，但我找到的最接近的是 2011 年 12 月的一个简短线程，询问 SpatialLinesNULL 来自哪里 --- 答案是rgeos。 http://lists.r-forge.r-project.org/pipermail/rspatial-devel/2011-December/000033.html

我已经尝试自己尝试了解出了什么问题，并在调试器中逐步执行代码，直到我迷路为止，这比我能够很好地理解应该发生的事情要深入得多。在此过程中产生了一个小（非）问题的工作示例，如下所示。

我有 3 个问题。它们在此处进行了总结，但实际上仅在下面我的（非）工作玩具示例的上下文中才有意义：

  • 问题 1（在 test1 之后）为什么 R 仍然需要（虚拟？）超类Spatial，为什么只有在我的代码中定义了第二代 MyClass2时？
    澄清补充说@importClassesFrom，我曾认为，一旦我编辑了我实际使用的类，R 打包命名空间机制就会满足查找和访问前项/超类的任何需要。
  • 问题 2（在 test3 之后）我假设无论我的第一条警告消息的原因是什么，也是这个类似消息的原因。
    我在正确的轨道上吗？
  • 问题 3（在 test4 之后）来自 test3 的警告和随后的错误是我可以自己解决的吗（如果可以的话）？还是我需要向rgeos软件包的维护者寻求帮助（例如要求他们导出SpatialLinesNULL）？

代码示例

我的玩具工作示例的 r 代码（仅去除 roxygen 注释以节省空间）是：

MyClass1 <- setClass('MyClass1', contains = c('SpatialLines'))
MyClass2 <- setClass('MyClass2', contains = c('MyClass1'))

MyClass2 第二代子类似乎很重要（没有它，警告就会消失）。我不懂为什么。

devtools我使用and 对此代码运行了一系列测试roxygen2。测试因 NAMESPACE 文件中的内容以及DESCRIPTION 文件中的 Imports 指令中的内容而异。执行测试包括在 RStudio 中运行devtools::load_all()（或沿途devtools::document()调用）。load_all()发生的警告消息已在上面发布。我在每次测试之间在干净的全局环境中重新启动我的 R 会话（警告仅在我第一次运行时出现load_all或document）。

在跟进下面给出的答案时，我意识到我也应该尝试从 shell 命令行使用 R 构建和安装我的玩具包。

测试1

test1 有DESCRIPTION文件条目（完整的DESCRIPTION文件见这个问题的结尾）：

Imports:
    methods,
    sp

完整的 NAMESPACE 文件（从上面省略的 roxygen 注释生成）是： 

# Generated by roxygen2 (4.1.0.9001): do not edit by hand

importClassesFrom(sp,SpatialLines)
importFrom(sp,SpatialLines)

尝试在重新启动的 R 会话中运行devtools::load_all()（或devtools::document()）会生成第一个警告（如上所示）。

问题 1为什么 R 需要 ~~(virtual?)~~ 超类Spatial，为什么只有MyClass2在我的代码中定义了第二代时？ 澄清补充说@importClassesFrom，我曾认为，一旦我编辑了我实际使用的类，R 打包命名空间机制就会满足查找和访问前项/超类的任何需要。

测试2

test2通过更新 NAMESPACE 文件来解决问题，如警告消息所示。没有进行其他更改。

当完整的 NAMESPACE 文件为：

# Generated by roxygen2 (4.1.0.9001): do not edit by hand

importClassesFrom(sp,Spatial)
importClassesFrom(sp,SpatialLines)
importFrom(sp,SpatialLines)

测试3

但是，当我对DESCRIPTION 文件中的Imports 指令（即添加rgeos. 这是从 test2 创建 test3 场景的唯一更改。

Imports:
    methods,
    sp,
    rgeos

现在我收到一个警告，看起来像是来自 test1 的问题，即：

class "SpatialLinesNULL" is defined (with package slot ‘rgeos’) but no metadata object found to revise subclass information---not exported?  Making a copy in package ‘minweSpatialNULL

据我所知，SpatialLinesNULL是一个新的超类Spatial，定义在rgeos它可以提供一些通用函数和方法。

问题 2我假设无论我的第一条警告消息的原因是什么，这也是此类似消息的原因。
我在正确的轨道上吗？

测试4

在 test4 中，我尝试应用与 test2 中相同的解决方案，即将缺失的条目添加到 NAMESPACE 文件中。这是 test4 的完整 NAMESPACE 文件。

# Generated by roxygen2 (4.1.0.9001): do not edit by hand

importClassesFrom(rgeos,SpatialLinesNULL)
importClassesFrom(sp,Spatial)
importClassesFrom(sp,SpatialLines)
importFrom(sp,SpatialLines)

在哪个阶段我收到最后的错误消息：

d> devtools::document()
Updating minweSpatialNULL documentation
Loading minweSpatialNULL
Error: class "SpatialLinesNULL" is not exported by 'namespace:rgeos

在这个阶段我被卡住了。

问题 3来自 test3 的警告和随后的错误是我可以自己解决的吗（如果可以的话）？还是我需要向rgeos软件包的维护者寻求帮助（例如要求他们导出SpatialLinesNULL）？

session_info（来自 test4）

d> devtools::session_info()
Session info --------------------------------------------------------------------------
 setting  value                       
 version  R version 3.1.2 (2014-10-31)
 system   x86_64, mingw32             
 ui       RStudio (0.98.953)          
 language (EN)                        
 collate  English_Australia.1252      
 tz       Australia/Sydney            

Packages ------------------------------------------------------------------------------
 package          * version    date       source        
 devtools         * 1.7.0.9000 2015-02-20 local         
 lattice          * 0.20-29    2014-04-04 CRAN (R 3.1.2)
 minweSpatialNULL * 0.0.0.9000 <NA>       local         
 Rcpp             * 0.11.4     2015-01-24 CRAN (R 3.1.2)
 rgeos            * 0.3-8      2014-09-21 CRAN (R 3.1.2)
 roxygen2         * 4.1.0.9001 2015-02-21 local         
 rstudio          * 0.98.953   2014-08-02 local         
 rstudioapi       * 0.2        2014-12-31 CRAN (R 3.1.2)
 sp               * 1.0-17     2015-01-08 CRAN (R 3.1.2)
 stringr          * 0.6.2      2012-12-06 CRAN (R 3.1.1)
d>

test4 的完整文件

R/myclasses.r

#------------------------------------------------------------------------------
#' MyClass1
#' 
#' A subclass of SpatialLines
#' 
#' MyClass1 is a subclass of sp::SpatialLines.
#' @importClassesFrom sp SpatialLines Spatial
#' @importFrom sp SpatialLines
#' @importClassesFrom rgeos SpatialLinesNULL
MyClass1 <- setClass('MyClass1', contains = c('SpatialLines'))

#------------------------------------------------------------------------------
#' MyClass2
#' 
#' A subclass of MyClass1
#' 
#' MyClass2 is a subclass of MyClass1 and a 2nd generation subclass of
#' sp::SpatialLines.
#' @importClassesFrom sp SpatialLines
MyClass2 <- setClass('MyClass2', contains = c('MyClass1'))

描述文件

Package: minweSpatialNULL
Title: Minimum Example of my Problem with SpatialLinesNULL
Version: 0.0.0.9000
Authors@R: person("Geoff", "Lee", , "geoff.lee@gmail.com", role = c("aut", "cre"))
Description: (Hopefully) demonstrates my problem with warnings
  that I cannot seem to eradicate. 
Depends: R (>= 3.1.2)
Imports:
    methods,
    sp,
    rgeos
License: GPL (>= 2.0)
LazyData: true

命名空间文件

# Generated by roxygen2 (4.1.0.9001): do not edit by hand

importClassesFrom(rgeos,SpatialLinesNULL)
importClassesFrom(sp,Spatial)
importClassesFrom(sp,SpatialLines)
importFrom(sp,SpatialLines)

结论

非常感谢您提供的任何帮助、建议或指导！即使这只是关于我如何提出更好的问题:-)

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2 回答 2

3

这个答案汇集了我所学到的与我提出的一系列问题相关的所有信息，以帮助遇到类似问题的其他人。

事实证明，将答案与提出问题的顺序相反更容易。

真正解决我的具体问题的方面是由@Edzer Pebesma 提供的——我感谢他。

John Chambers 回答了我在 r-devel 邮件列表中提出的更具体的后续问题，这确实有助于填补我对为何发出警告信息的理解的空白 - 我也非常感谢他的指导和帮助。

以下解释中仍然存在的任何错误完全是我自己的！

此问题和答案中引用的玩具包的 test4 版本曾经位于http://github.com/Geoff99/Examples/tree/SpatialLinesNULL <-- 其他可以通过从 NAMESPACE 和DESCRIPTION 文件中删除一两行来构建测试序列的版本。

2017 年 5 月 6 日更新 - test4 版本代码移至https://gist.github.com/Geoff99/29be25bce4cd4c918921bf68769c6a39的要点

问题3（test4后）

来自 test3 的警告和随后的错误是我自己可以解决的吗（如果可以的话）？还是我需要向 rgeos 包的维护者寻求帮助（例如要求他们导出 SpatialLinesNULL）？

来自 test3 的警告是

class "SpatialLinesNULL" is defined (with package slot ‘rgeos’) but no metadata object found to revise subclass information---not exported?  Making a copy in package ‘minweSpatialNULL

并且来自 test4 的错误消息是

d> devtools::document()
Updating minweSpatialNULL documentation
Loading minweSpatialNULL
Error: class "SpatialLinesNULL" is not exported by 'namespace:rgeos

最好的解决方案是rgeos联系包的维护者并要求他们导出SpatialLinesNULL警告和错误消息中提到的缺失类。Edzer Pebesma 为我回答了这个问题，并对rgeos软件包进行了必要的更新，对此我非常感激。安装升级版包后，rgeos我可以简单地添加importClassesFrom(rgeos,SpatialLinesNULL)到我的玩具包的 NAMESPACE 文件中，警告就消失了。

如果您使用不同的软件包面临类似的情况，这就是我推荐的策略。

我怀疑有一种方法我可以自己解决这个问题（基本上是通过手动复制SpatialLinesNULL class我的包的命名空间环境中缺少的元数据，这基本上是methods包在发出警告后自己做的事情）—— - 但这是一个如此凌乱的黑客，我将避免解释如何。如果您确实需要在将来的某个阶段执行此操作，那么问题 1（如下）的答案会收集我需要了解的信息，以便弄清楚如何进行破解。

问题2（test3后）

我假设无论我的第一个警告消息的原因是什么，这也是这个类似消息的原因。我在正确的轨道上吗？

来自 test3 的警告是

class "SpatialLinesNULL" is defined (with package slot ‘rgeos’) but no metadata object found to revise subclass information---not exported?  Making a copy in package ‘minweSpatialNULL

来自 test1 的第一个警告是

class "Spatial" is defined (with package slot ‘sp’) but no metadata object found to revise subclass information---not exported?  Making a copy in package ‘minweSpatialNULL’

答案是肯定的，两条消息出现的原因相同。

警告消息都是由调用的函数生成的，该函数.findOrCopyClass是方法包中的内部（即非导出）函数。要查看此功能的代码，必须使用:::运算符。键入methods:::.findOrCopyClassR 控制台。（这需要加载方法包，几乎总是这样）。.findOrCopyClass当它找不到定义类的元数据时发出此警告，因此它必须复制元数据。

请参阅下面的元数据是什么，为什么它需要包含在我的玩具包的命名空间中，以及（我的最佳猜测）为什么会发出此警告。

.findOrCopyClass由 调用setIs，它是从methods包中导出的函数。依次setIs由方法 function 调用（多次）setClass，我在我的玩具包示例中调用了该方法。键入?setIs和?setClass以获取有关这些功能的更多信息。或者，如果您想查看他们的源代码，只需在 R 控制台中输入setIs或。setClass

问题1（test1后）

为什么 R 还是需要 ~~(virtual?)~~ 超类 Spatial ~~，为什么只有在我的代码中定义了第二代 MyClass2 时~~？

@importClassesFrom澄清补充说：我曾认为，一旦我编辑了我实际使用的类，R 打包命名空间机制就会满足查找和访问前项/超类的任何需要。

首先道歉和更正。

  • 原始问题中提出的部分：

    为什么只有在我的代码中定义了第二代 MyClass2 时？

    完全错了。尽管我在发布问题之前进行了检查，但我一定在不知不觉中仍然有一些隐藏的信息缓存在我的globalenv(). 即使我只MyClass1在我的玩具包中定义了潜在的问题。

  • Spatial不是虚拟类。SpatialLinesNULL 是一个虚拟类。超类是否是虚拟的与这个问题无关。

  • 这个问题确实有很大关系
    • 定义超类的位置（在我的玩具示例中，Spatial来自sp和SpatialLinesNULL来自rgeos）
    • 超类定义是否从该包中导出（在玩具示例中，sp和rgeos）
    • 因此，当 R 检查和安装一个新包（例如）时，它是否以及如何找到超类定义，该包minweSpatialNuULL使用一个类（例如SpatialLines），其父类包括超类（例如Spatial，SpatialLinesNULL）。

缺少元数据警告消息是关于什么的

以下是methods包的部分文档的注释演练。我花了一段时间才掌握，但这与我开始时知识基础薄弱有关。该文档非常有用，如果您能做到这一点，我建议您阅读它。?setClass我发现来自、、、?Classes和?getClassDef的条目?classMetaName特别 ?setIs有价值。

setClass做 什么

从?setClass文档（重点由我添加）：

创建一个类定义，指定表示（插槽）和/或包含在这个类（超类）中的类，以及其他可选细节。作为副作用，类定义存储在指定的环境中。生成器函数作为 setClass() 的值返回，如果该类不是虚拟的，则适用于从该类创建对象。

发出的警告信息methods:::.findOrCopyClass与类定义的创建和存储有关。类定义是（或存储在？）元数据对象。

什么是元 数据对象

从?Classes文档中：

类定义是包含 R 对象类的正式定义的对象，...

定义一个类时，会存储一个包含该类信息的对象。该对象称为定义类的元数据，它不存储在类的名称下（以允许程序员编写该名称的生成函数），而是存储在一个特殊构造的名称下。要检查类定义，请调用getClass. 元数据对象中的信息包括：

  • 插槽...
  • 超级班...
    • 关于类和特定超类之间关系的信息被编码为类 SClassExtension 的对象。超类（有时是子类）的此类对象列表包含在定义类的元数据对象中
  • 原型 ...

这个methods包是关于创建和管理这些元数据对象的（对于 S4 类，并且尽可能地为旧的 S3 类）。

新类的元数据对象（例如MyClass1）在其定义中包含有关任何插槽的信息（因为MyClass1指定contains = c('SpatialLines') 它从类中继承所有插槽SpatialLines，在 package 中定义sp）。

重要的是，一个类的元数据对象还必须包含有关任何超类的信息——否则新类如何从其父类（即超类）继承任何东西？一种又一种方式，关于超类的信息必须一直到达继承树。在这个例子中，MyClass1有一个超类的距离SpatialLines，因此继承了所有更远的祖先SpatialLines，无论他们是谁。

  • 我想我在某处读到过，但放错了链接，元数据对象可以处于两种状态 - 不完整或完整。在不完整状态下，新类（例如MyClass1）的超类列表可能尚未（尚未）在继承链上一直填充，而在使用类定义时，R 必须遍历继承链，并为班级填写了完整的家谱。当检查或安装一个包时，继承链必须是完整的——如果之前没有完成，它必须在install.packages步骤中。
如何查看元数据对象

使用getClass或查看getClassDef给定类的元数据对象。

文档?getClass或?getClassDef解释 R 搜索元数据对象的环境。需要注意的一个关键点是，至少必须先加载一个包，然后才能找到包中定义的类的元数据对象。

minweSpatialNULL这是我的玩具rgeos包SpatialLinesNULL（请注意：

  • MyClass1知道它的所有父超类（通常情况），并且

  • SpatialLinesNULL（这是包中定义的一个类联合）几乎知道它所有的子类，即使它自己根本不知道or ！rgeosrgeosMyClass1MyClass2

    d> getClass('MyClass1')
Class "MyClass1" [package "minweSpatialNULL"]

Slots:

Name:        lines        bbox proj4string
Class:        list      matrix         CRS

Extends: 
Class "SpatialLines", directly
Class "Spatial", by class "SpatialLines", distance 2
Class "SpatialLinesNULL", by class "SpatialLines", distance 2

Known Subclasses: "MyClass2"


d> getClass('SpatialLinesNULL')
Extended class definition ( "ClassUnionRepresentation" )
Virtual Class "SpatialLinesNULL" [package "rgeos"]

No Slots, prototype of class "NULL"

Known Subclasses: 
Class "NULL", directly
Class "SpatialLines", directly
Class ".NULL", by class "NULL", distance 2, with explicit coerce
Class "SpatialLinesDataFrame", by class "SpatialLines", distance 2
Class "MyClass2", by class "MyClass1", distance 3
d>

  • 其实SpatialLinesNULL知道的有点好奇，MyClass2因为它是 的子类MyClass1，但似乎没有直接提及MyClass1自己。我还没弄清楚为什么。

为什么超类列表会改变

当我除了添加到玩具包的说明文件中的指令MyClass1之外，我没有对我的包进行任何更改时，为什么我的玩具类的超类列表发生了变化，这让我有一段时间感到困惑。rgeosImports

原因是方法包非常聪明。除了定义子类外，还可以在定义类之后将父超类插入到类的家族树（继承链）中。

一个简单的方法是使用setClassUnion（输入?setClassUnion解释）。这就是rgeos它定义时所做SpatialLinesNULL的 - 它为SpatialLines. 这就是为什么rgeos在我的玩具包DESCRIPTION文件中添加条目后，该类MyClass1突然又获得了另一个超类。在交互式设置中，可能会发生类似的事情，具体取决于我是否已加载（或附加并加载）rgeos包。

事后还有一种更复杂的添加祖先的方法- 请参阅?setIs。

元数据对象的名称

与所有其他对象一样，R 通过名称查找元数据对象。如果在包中定义了对象，则对象的名称位于

  • 包的命名空间环境（例如environment: namespace:minweSpatialNULL），或
  • 包的导入环境（例如environment: imports:minweSpatialNULL）。

再次从?Classes文档中：

定义一个类时，会存储一个包含该类信息的对象。该对象，称为定义类的元数据，不存储在类的名称下（以允许程序员编写该名称的生成函数），而是存储在一个特殊构造的名称下。

classMetaName您可以使用方法包提供的函数找到特殊构造的名称- 详情请参阅?methods::classMetaName。

从我的玩具包中获取的元数据对象名称的示例是：

d> classMetaName('MyClass1')
[1] ".__C__MyClass1"

由于前导.元数据对象的名称（即.__C__MyClass1）通常在您ls包的命名空间环境中隐藏 - 但您可以通过all.names = TRUE使用ls.

d> # Recall that MyClass1 is the name I chose for the generator function 
d> #  returned by setClass when I defined the class MyClass1
d> env_toy_package <- environment(MyClass1)
d> ls(env_toy_package, all.names=TRUE)
[1] ".__C__MyClass1"       ".__C__MyClass2"       ".__DEVTOOLS__"       
[4] ".__NAMESPACE__."      ".__S3MethodsTable__." ".packageName"        
[7] "MyClass1"             "MyClass2"            
d>

如果你查看parent.env包命名空间环境（即imports:minweSpatialNULL命名空间环境），你会发现隐藏的超类名称MyClass1，这正是你.findOrCopyClass所寻找的，所以它们可以放在那里！。

d> parent.env(env_toy_package)
<environment: 0x0000000008df59d8>
attr(,"name")
[1] "imports:minweSpatialNULL"

d> ls(parent.env(env_toy_package), all.names = TRUE)
[1] ".__C__Spatial"          ".__C__SpatialLines"     ".__C__SpatialLinesNULL"
[4] "library.dynam.unload"   "SpatialLines"           "system.file"           
d>
最后，'.findOrCopyClass' 警告是关于什么的

当.findOrCopyClass发出警告时，例如：

class "Spatial" is defined (with package slot ‘sp’) but no metadata object found to revise subclass information---not exported?  Making a copy in package ‘minweSpatialNULL’

该函数让我知道它无法在它搜索的名称空间中找到隐藏的名称.__C__Spatial，并修改了该名称绑定到的对象中的元数据。它知道隐藏名称应该在哪里——它必须来自 package sp，因为来自SpatialLines类本身的元数据对象说明了它的父超类 ( Spatial) 所在的位置。元数据对象中祖先超类的完整规范包括一个package属性，该属性包含定义祖先超类的包的名称，以防两个现有加载的包恰好为一个类选择了相同的名称！

这就是importClassesFroming 缺失的超类起作用的原因——它将缺失的隐藏名称带入toy 包的imports:minweSpatialNULL环境中，从那里可以找到它们，并在必要时更新它们。minweSpatialNULL.findOrCopyClass

为什么.findOrCopy会发出警告

我想知道为什么.findOrCopyClass告诉我它找不到元数据对象，而它说的下一件事就是它正在我的包命名空间中制作副本！我在 r-devel 邮件列表中提出了这个问题，John Chambers 很友好地为我回答了这个问题（重点由我添加）：

正如警告消息所暗示的那样，查找类定义的目的是更新新关系的条目。这要求保存定义的命名空间是可写的。

在子类信息的情况下，如果不是当前正在加载的包，原始命名空间很可能被锁定。复制定义以更新子类信息似乎是唯一合理的选择，并且不需要警告消息。

修订版将省略此消息。

我剩下的概念问题与对象名称（例如函数或类（准确地说，函数对象或类元数据对象））与对象本身发生的情况之间的差异有关。或者换句话说，命名空间（可能锁定）是否需要更新，或者对象本身的（状态）是否需要更新。

事实证明， 'findorCopyClasses并不是在抱怨它找不到（未导出的）超类，而是它在可以更改超类值的地方找不到它。

锁定是什么意思

?base::bindenv文档说：

" 具有命名空间的包的命名空间环境在加载时被锁定。"

和一个锁定的环境意味着

" 防止在环境中添加或删除变量绑定。除非绑定已被锁定，否则仍然可以更改变量的值"

但是一些实验表明，除了包命名空间 环境被锁定外，imports:namespace 中的绑定也被锁定。锁定绑定意味着：

“无法更改锁定绑定的值”。

因此，由于超类元数据对象来自另一个包（例如rgeos），它在另一个包的名称空间中的绑定被锁定，因此它的值不能更改。或者就示例而言，当方法包想要添加Myclass1和到“拥有”的子类MyClass2列表时，它发现它不能，因为绑定（或者更准确地说，隐藏名称的绑定）被锁定。因此，关于需要制作副本的消息！SpatialLinesNULLSpatialLinesNULL.__C__SpatialLinesNULL

复制的替代方法可能是临时解锁 otherpackage 的名称空间中的绑定，更新对象并重新锁定绑定 - 但由于我刚刚了解锁定环境和绑定，我不知道这可能会产生什么后果是。我会一个人离开的。

好的，如果未导出所需的超类 ，如何破解解决方案

警告我没有测试这么多，无论如何这都是个坏主意，但如果你真的非常渴望让警告信息消失......

步骤1。查看警告消息并找到丢失的超类的（文本）名称，以及它来自的包。

第2步。用于classMetaName查找丢失的未导出超类的隐藏和损坏名称。对于超类MissingSuperclass，它可能是.__C__MissingSuperclass

第三步。在调用创建您自己的类之前，使用该:::方法访问元数据对象 (ie ) 并在属于您的包的适当环境中donorpackage:::.__C__MissingSuperclass为其指定适当的名称 (ie )。.__C__MissingSuperclasssetClass

正如我已经说过的，这是一个非常糟糕的主意，因为在脚上开枪是非常容易的，而且为什么还要麻烦，因为这基本上就是在警告消息发送.findOrCopyClass后setIs似乎要做的事情。

结束

如果你已经读到这里，我希望这对你有所帮助！我已经写了这么长的篇幅，主要是作为未来我的教程:-)

于 2015-03-12T12:46:56.700 回答
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感谢您提出这个广泛的问题。我有两个改进它的建议。首先，提供一个可重现的示例，在这种情况下，它是一个最小的包，可以让我们重现您的警告或错误消息。例如，

MyClass1 <- setClass('MyClass1', contains = c('SpatialLines'))
MyClass2 <- setClass('MyClass2', contains = c('MyClass1'))

在已sp加载的会话中工作正常，但在包代码中执行此操作时会出现问题。创建这样的包意味着做很多猜测工作：我们看不到您的 complete NAMESPACE，所以不知道您导出了什么，并且希望在加载您的包后在 R 会话中工作。第二：将您的问题与使用引起的问题隔离开来devtools（即使用构建和安装包的标准 R 包开发术语）。

根据您提供的信息，我只能回答：

  • Q1：Spatial不是虚拟类，它存在是因为它定义了所有派生类的共同点（CRS 和边界框），并且它是必需的，因为它定义了对所有派生类进行操作的方法。MyClass2需要它与您的包裹有关，我没有

  • Q2：我无法回答，因为您没有显示导致 Q1 的警告。此外，SpatialLinesNULL不是 的超类，Spatial而是 的超类SpatialLines，定义为

    setClassUnion("SpatialLinesNULL", c("SpatialLines", "NULL"))

  • Q3：您可以尝试编译rgeos导出该类的修改版本；如果您提供了一个很好的用例（重现您的问题的最小包），其中一位开发人员rgeos将对其进行调查。

于 2015-03-05T18:00:38.513 回答