问题标签 [r-package]

我正在尝试编写一个调用 Fortran 子例程的 R 包。我正在使用自动创建一堆文件和目录的 Rstudio 包模板。

在./R/我有一个文件 Fpi.R

在./src/我有 Fpi.f90

我还有 rstudio 生成的通用说明和命名空间文件。

我可以构建和加载库，但是当我尝试使用它时，我收到了这个错误：

我怎样才能解决这个问题？谢谢！

I created a R library that uses a Fortran module. Everything works like a charm on linux.

Now I'm trying to make it work on Windows. I cloned my git repository on a windows computer, and when I press the build and reload button on Rstudio I get these errors:

What am I missing?

As recommended in this post, I added -fno-stack-protector -lssp but it did not help. Maybe I added it in the wrong place?

I also tried doing by hand and I get these errors:

Following @cdeterman instructions i did the following:

1. I created Makevars.win in my src with the following line:

   PKG_FCFLAGS="-fno-stack-protector"

2. Then I also changed useDynLin(Fpi) in the NAMESPACE to useDynLib(MyPi).

This I what I get:

我正在制作一个包，该包从 Google API 导入数据，用户在 Shiny 应用程序中进行身份验证。

我正在修改一个httr用于 Google 验证的包。此包将用户状态保存在脚本顶部的环境中：

这对 Shiny 来说是个好主意吗？我想知道在包函数之外设置这样的变量是否可以。

但是，当我尝试.state在函数中声明环境时，Shiny 应用程序找不到它。我也尝试将它放在一个.onLoad函数中，但这也不适用于 Shiny。

可以将其保留在包中脚本的顶部，还是 Shiny 可以看到“更好”的方式？

为了学习如何创建一个使用 Fortran 的 R 包，我创建了一个简单的包来使用 monte carlo 模拟计算 Pi。现在我正在尝试使 Fortran 代码与 MPI 并行。

当我添加use MPI到我的 fortran 代码并单击Build and ReloadRstudio 上的按钮时，我收到以下错误。

我认为问题在于 Rstudio 正在尝试使用 gfortran 而不是 mpi90 进行编译。我可以按照这篇文章做一个非常基本的 hello world，但是你可以用mpif90 -fpic -shared -o test.so test.f90

我怎样才能告诉 Rstudio 使用mpif90 -fpic -shared而不是gfortran？

我将此添加到src/Makevars

这就是我得到的：

有人可以建议我应该使用哪个R 包来生成大型报告。这份报告可能超过 50-60 页，甚至更多。此外，打印这些报表时需要具有良好的外观和感觉，即不同的列颜色、背景、标题等。我将不胜感激任何帮助。

问题

当我使用 RStudio 提供的包检查时，我总是得到注释（这是唯一的注释）没有设置存储库，因此跳过了循环依赖项检查。但是，如果我直接致电，我不会收到此说明

devtools::check(args = c('--as-cran'))

在 R 中，即使执行了相同的代码。有人对这个问题有解释吗？

系统信息

• 平台：x86_64-pc-linux-gnu（64位）
• 操作系统：Ubuntu 15.04
• R 版本 3.2.1
• RStudio 版本 0.99.473
• 开发工具 1.8.0
• 存储库通过 .Rprofile 设置options(repos = c(CRAN="https://cran.rstudio.com"))

我创建了一个 R 包并将其提交给 CRAN。CMD 检查输出 1 注意：

有趣：全局变量“id”没有可见的绑定

CRAN 建议我修复它。

fun() （我的功能之一）是一个自定义导入，用于读取由另一个软件创建的文件。这些文件是非常大的数据集。因此，由于我在优化导入，所以我使用 data.table 和 set key，这不仅有助于提高性能，而且是运行后续函数所必需的，例如 foverlaps()。

我在用着：

data.table::setDT(dataImport)

data.table::setkey(dataImport, id)

为什么 setkey() 会创建这个笔记？

如何在不创建注释的情况下设置密钥？

下面的 QA（What is the purpose of setting a key in data.table?）对于理解 setkey() 非常有用，但无论是 this 还是 data.table 文档似乎都没有提供任何提示（我发现）这个具体问题。谢谢

如果我遇到此问题的功能的要点，请在下面更新。

readoqcsv <- function(x) { dataImport <- utils::read.table(file = x, header = TRUE, sep = "," , dec = "." , colClasses = c("character", "integer", "character", "character", "integer", "NULL", "NULL", "NULL", "integer", "NULL", "NULL", "NULL", "NULL", "factor", "NULL", "NULL", "NULL", "NULL", "NULL"), comment.char = "")

dataImport$session_finished <- strptime(dataImport$session_finished,"%m/%d/%y %H:%M")

dataImport$id <- c(1:nrow(dataImport))

以下是（如果运行）导致注意的行：

# data.table::setkey(dataImport, id)

return(dataImport) }

我已经阅读了 Hadley Wickham 的大部分好书：http ://r-pkgs.had.co.nz/ ，但我很困惑为什么我的包中的函数找不到我的其他非导出函数。

例如我有

在干净的环境中运行它并加载我的包会产生错误：

出了什么问题，我该如何解决？我认为内部功能始终可用于包中的所有其他功能？直到我加载所有功能devtools::load_all(".")，它才能工作。

我正在为我的 R 包写一个小插图。我想在 .Rmd 文件中包含一个 .jpg 图像，它将生成 pdf 小插图。问题是：我应该在哪里存储这个图像？

我正在使用这些软件包devtools并knitr生成小插图（遵循@hadley book link的建议）。因此，我的包结构中有文件夹小插图。我应该在那里包含文件吗？或者我应该将图像包含在'inst/images'内的新文件夹中，正如对小插图中使用的外部数据所建议的那样（@hadley: link也推荐）？

提前感谢您的任何建议。干杯

我正在尝试创建我的第一个 R 包。谷歌但没有具体到我的问题。

在 roxygen 手册中它说

@family 系列名称 自动在系列中的所有功能之间添加另见交叉引用。一个函数可以属于多个族。

我如何访问我的函数家庭归属？在添加我的@family text任何内容后的文档中显示...