问题标签 [r-package]

当我尝试在 R 中安装 rJava 包时遇到此错误。请帮助

我刚开始研究“deepnet”包： http ://cran.r-project.org/web/packages/deepnet/index.html

它是关于“深度学习”的，所以关于多层神经网络的使用。我已经开始使用包中提供的 train() 函数，但我真的不明白如何在神经网络中添加更多隐藏层。标准设置包括 2 个隐藏层，但我想添加更多，比如 5 个。你们中的一些人有什么想法吗？

我正在使用 sae.dnn.train() 函数，但我无法理解哪个参数控制隐藏层的数量。这是示例代码：

哪个参数设置了神经网络中的隐藏层数？如何添加更多隐藏层？

我正在加载AIMS 包并收到警告：

我认为R-3.1.2 ("Pumpkin Helmet")是最新版本，所以我检查了 CRAN，看不到任何关于R-3.2.0.

在称其为拼写错误之前，我用不同的关键字搜索了“问题”，并在r-project 站点的此页面上结束，提到了两个R正在运行的版本，a R-release( R-3.1.2) 和 " R-devel, to be R-3.2.0"。
谷歌搜索“r_devel”证实了我的猜测，这是当前的开发版本。

我有点惊讶包可以在开发版本下构建，我有一个双重问题：
- 一个包如何在“待发布”R版本下构建，它是否“安全”？
- 鉴于尚未发布开发版本，我如何使用R构建它的版本的包？（拥有以前的R版本并不会阻止我使用该软件包，但我不确定我是否对警告感到满意......）

或者，也许这真的只是一个错字？...

有没有一种标准的方式来表明 R 包是专有的，由公司拥有，不应该在公司之外共享？现在，我在DESCRIPTION文件中使用它：

我计划使用 R 包 twitteR 提取特定跨度的推文。

但我收到了这条消息

我可以搜索没有自从和直到参数的推文。任何形式的帮助表示赞赏。

我缺少JDK中的任何要求吗？

同样，我在另一个 Windows 系统中不断收到不同类型的错误，如下所示，尽管安装了 Java 并设置了环境变量，但它无法找到 Java 软件的 dll。

我很困惑。我在创建包时习惯了以下流程：

• 使用 gui 在 RStudio 中创建新包（命名为testPackage
• 修改一些文件（假设DESCRIPTION开始）
• 写：

-

但是现在，由于某种原因document()不再将更改传播DESCRIPTION到文件夹testPackage-package.Rd中man。使用时我得到以下信息document()：

当我跑步时，check()我看到其中一行：

警告：

...r/packages/testPackage.Rcheck/00_pkg_src/testPackage/man/testPackage-package.Rd:32: All text must be in a section

00install.out不幸的是，如 所示，没有额外的信息check()。我在 Windows、R 3.1.2、RStudio 0.98.1091、devtools 1.7.0、roxygen2 4.1.0 上。

流程是否发生了变化，或者我安装了一些不一致的软件包？

我有一个包含 DNA seq 的 fasta 文件。我想删除每个密码子中的第三个核苷酸。我想我可以在子集步骤中选择前 2 个核苷酸。

我在 R 中工作，使用 ape 和 seqinr 包

使用该功能seq，我可以在每个密码子中单独选择第一个、第二个和第三个核苷酸，但我不能选择第一个和第二个。

任何建议如何做到这一点？

我有一个类似但不同的问题，当我的 ggplot2 语法合理时，如何处理 R CMD 检查“全局变量没有可见绑定”注释？.

在那种情况下，通过使用 aes_string 而不是 aes，一切都可以顺利进行。但是，这对于 plyr afaik 是不可能的。

例如，当我通过 ddply 引用数据框中的列名时，就会出现问题。

这段代码是完全有效和理智的，即使我理解注释的使用，它们仍然会混淆输出窗口中的其他消息，使包开发成为一种痛苦，实际上迫使开发人员忽略注释。

摆脱这些笔记的正确方法是什么？或者，以 R CMD check 接受而不给出 NOTE 的方式编写代码的正确方法是什么？

最好的，迈克尔

我无法使用 devtools 从 github 安装 R 包，因为我有一个防火墙阻止 R 连接到互联网。

我想从 git 存储库制作一个 .tar.gz 文件，但问题是存储库不包含 MD5 文件，如果没有它，我担心安装会失败。

我该如何安装软件包？

（如果重要，包是 AnomalyDetection）