问题标签 [pygraphviz]

我正在读取一个 JSON 文件并使用 pygraphviz 动态创建一个图形，使用一个简单的循环：

该图很复杂，但如果边不跨越节点，我真的更喜欢。我试过了，当我设置严格和重叠时，我仍然有跨越节点的线。

这似乎是人们经常遇到的事情，但我在上面找不到任何东西。我可能做错了什么，或者使用了错误的搜索词。任何帮助表示赞赏。

运行此代码：

具有以下输出：

这意味着出现的第一个边是 1->5 而不是第一个定义的 1->2。如何强制下单？我想按创建的顺序查看节点和边。

我的用例：我使用自制软件安装了 graphviz。它与包含头文件和动态库一起安装到/usr/local/Cellar/graphviz中，这很棒。然后我尝试使用easy_install安装pygraphviz，但出现以下错误：

我可以手动添加包含路径，但是链接器抱怨找不到动态库。同样，我可以手动指定路径，但它似乎应该只是工作（TM）。那么，为什么easy_install 不能很好地与自制安装的库配合使用呢？

我需要从一组数据中创建一个图表。我已经筛选了无数 SO 问题，但无法找到适合所有必备要求的解决方案。

需要什么：

http://i.imgur.com/hzQHD07.png

必备要求：

1. 节点的分层放置
2. 节点的有序放置，即“A”应该在“B”的左侧
3. 节点之间的平行边
4. 边的最小长度（避免标签侵占节点，如 D--E）
5. 编程解决方案，几乎不需要编辑点文件即可获得所需的结果
6. 扩展到几千个节点

非常重要的要求：

7. 直线（或正交）
8. 头尾标签
9. 显示箭头的选项

该图可以是无向的或有向的，但应满足上述要求。

以上产生：http: //i.imgur.com/1e9YTnQ.png

当然，上述方法没有显示平行边缘。我尝试使用支持平行边的 MultiDiGraph，但由于以下错误而无法使其工作，尽管为平行边定义了唯一键（代码中未显示）。

如下所示，在没有 networkx 的情况下使用 graphviz，可以得到平行边，但层次结构和节点顺序消失了。我知道可以通过将 rank=same 添加到点文件来修复层次结构，但我更喜欢以编程方式进行。

由于信誉不足，无法发布最后一次渲染的图片链接。

我正在努力学习一些 Python 图形可视化。我发现一些博客文章做了一些 我想尝试的事情。不幸的是，我没有走得太远，遇到了这个错误：AttributeError: 'module' object has no attribute 'graphviz_layout'

在我的系统上重现错误的最简单的代码片段是这样的，

我发现了一个类似的问题，以及这个组合有困难的帖子，但不完全相同的错误。一个很接近，但它自动解决了自己。

首先，我验证了NetworkX和PyGraphViz 所需的所有软件包（列出了与Scipy类似的要求）都已安装。

接下来，我寻找片段来测试我在 Python 中安装这些模块。前两个示例来自NetworkX 参考文档。这列出了一些同时使用 MatPlotLib 和 GraphViz 的示例片段。

MatPlotLib 代码示例适用于我（将图像渲染到屏幕上），

然而，GraphViz snips 也会产生类似的错误，

然后我尝试了 PyGraphViz 的Layout & Drawing教程页面。这也有一些剪辑。PyGraphViz 通过Neato（默认）、PyDot 和 Circo Post Script 输出（使用 Gimp 查看）。（唯一的区别是这些 PyGraphViz 示例不呈现到显示器，而是呈现到文件）。

更复杂的是， PyGraphViz需要 GraphViz包二进制文件才能工作。我正在使用 Arch Linux，并安装了该发行版的版本。Arch Linux 有一个测试安装的示例（同样，输出到文件），它也通过了.

我错过了什么？什么可能导致 NetworkX 和 PyGraphViz 单独工作但不能一起工作？

当我尝试像这样导入 pygraphviz

首先，我收到此错误：

并且重新运行同一个单元格（并且在两者之间什么都不做）会产生另一个错误：

通过签出检查我的依赖pip show [options] <package>项。它们都在我的 /anaconda/lib/python3.4/site-packages 库中。

我已经用 pip install 安装了两者。另外，我尝试过多次重新安装。

欢迎任何想法..

我正在尝试在 Windows 7 上构建 pygraphviz 但有问题，请参阅下面的 Traceback 1。目前我正在考虑更改为 mingw gcc 编译。但也看到使用的编译器应该与我的发行版中使用的相同 - Python(x,y)。

我知道其他人 对 这个问题的 痛苦。但似乎无法找到我的确切问题。

我确实拥有并且可以轻松获得Christoph Gohlke 的 Unofficial Windows Binaries for Python Extension Packages的工作版本。我尝试构建的原因是，我认为这可能是我遇到此处描述的问题的原因（我知道我可能在这里抓住了稻草，并欢迎直接处理这种可能的愚蠢行为）。

我接下来应该采取什么调试步骤？

笔记。我之前将msvc9compiler.py文件更新为以下内容（以解决此问题- 请参阅回溯 2）：

追溯1：

追溯2：

这是 brew list 和 pip list

并执行pip install pygraphviz

系统：Mac OS X 版本：10.11.1

如何解决问题。

我正在使用以下代码创建pygraphviz图表。但是有没有可能让它渲染乳胶数学方程（见图 1）？如果没有，是否有替代 python 库可以绘制类似的图形但支持乳胶渲染？

结果如下图

图1

注意：以下任何帖子均未涵盖此问题：1、2、3。

目的是安装 PyGraphviz 以使用python-weka-wrapper. 我只是无法安装 PyGraphviz。以下是我尝试时遇到的错误pip

Graphviz 是在 MacPorts 的帮助下安装的。在上面的结果中它的路径很清楚

graphviz/cgraph.h也存在。那么安装有什么问题。

我在网上尝试了所有方法，但似乎没有任何效果。这是我尝试过的完整列表。

• 从 git 安装：

  sudo pip install git+git://github.com/pygraphviz/pygraphviz.git

• 从包源的 setup.py 安装：

  sudo python setup.py install

• 沿 win 命令行使用包含和库路径安装：

  sudo python setup.py install --include-path=/opt/local/include/graphviz --library-path=/opt/local/lib/graphviz

他们每个人都会抛出相同的错误。

我该怎么办？