问题标签 [pygraphviz]

我正在尝试在我的 64 位 Windows 7 SP1 安装上安装 pygraphviz。python setup.py install通过更正文件的以下行，我能够使通常的命令正常工作setup.py：

但是，当我尝试导入它时，我收到以下错误：

这很令人费解，因为安装 pygraphviz 的目录确实包含一个_graphviz.pyd文件。如果我去那个目录并尝试导入它，我会得到一个不同的 ImportError：

据我所知，_graphviz.pyd 文件似乎编译不正确（我使用的是 mingw32，已相应地编辑了我的 distutils.cfg 文件）。我无法从其他 pygraphviz 用户那里找到这个问题的任何其他实例。我究竟做错了什么？

我试图在 Anaconda 上安装 igraph 包，但到目前为止它没有用。如果有人想办法得到它，我会很乐意尝试的！！下面是我尝试做的一些细节（如果你有在 Anaconda 上安装 igraph 的解决方案，你不必阅读它！）。

我使用的是 MAC OS X Yosemite（MAC book Pro 2,3 GHz Intel Core i7）。以下是一些配置参数： MBP-de-Lecue:site-packages lecueguillaume$ which python /Users/lecueguillaume/anaconda/bin/python MBP-de-Lecue:site-packages lecueguillaume$ which pip /Users/lecueguillaume/anaconda/bin /点

igraph 应该通过 pip 安装。因为，当我输入 pip list 时，我可以在列表中看到包 igraph

python-igraph (0.7)

但是当我尝试在这里导入 igraph 时，我得到的是：

MBP-de-Lecue:site-packages lecueguillaume$ python Python 2.7.8 |Anaconda 2.1.0 (x86_64)| （默认，2014 年 8 月 21 日，15:21:46）[GCC 4.2.1 (Apple Inc. build 5577)] 在 darwin

导入 igraph Traceback（最近一次调用最后）：文件“”，第 1 行，在文件“build/bdist.macosx-10.5-x86_64/egg/igraph/ init .py”，第 34 行，在

文件“build/bdist.macosx-10.5-x86_64/egg/igraph/_igraph.py”，第 7 行，在文件“build/bdist.macosx-10.5-x86_64/egg/igraph/_igraph.py”，第 6 行，在bootstrap ImportError：dlopen（/Users/lecueguillaume/.python-eggs/python_igraph-0.7-py2.7-macosx-10.5-x86_64.egg-tmp/igraph/_igraph.so，2）：未加载库：libxml2.2。 dylib 引用自：/Users/lecueguillaume/.python-eggs/python_igraph-0.7-py2.7-macosx-10.5-x86_64.egg-tmp/igraph/_igraph.so 原因：库版本不兼容：_igraph.so 需要 12.0 版本。 0 或更高版本，但 libxml2.2.dylib 提供版本 10.0.0

所以问题来自libxml2-2。我尝试使用 brew 升级 libxml：MBP-de-Lecue:site-packages lecueguillaume$ brew upgrade libxml2 Error: libxml2-2.9.2 already installed

1）我不明白的第一件事是libxml2.2版本12.0.0似乎不存在。http://xmlsoft.org上的最新版本是 9.2。那么为什么 igraph 要求版本 12.0 ？（我当然错过了一些东西）。

brew 没有帮助的事实是因为它没有更新正确的 libxml： MBP-de-Lecue:site-packages lecueguillaume$ which brew /usr/local/bin/brew

2) 我怎么能说 brew 来更新 anaconda/pkgs 中的 Anaconda libxml 库

3）我还尝试使用 conda pipbuild python-igraph 安装图形。一切顺利：成功安装了python-igraph 除了它必须自己安装igraph的C核心而我已经安装了它：安装收集的包：python-igraph运行setup.py install for python-igraph找不到C核心igraph 在这个系统上使用 pkg-config。我们现在将尝试从头开始下载和编译 C 内核。C核的版本号：0.7 我们也试试：0.7.0

所以看起来 conda 安装运行良好，但“导入 igraph”仍然不起作用。

4）最后，当我使用python的内置MAC版本时，igraph运行良好： MBP-de-Lecue:site-packages lecueguillaume$ which python2.7 /opt/local/bin/python2.7 MBP-de-Lecue :site-packages lecueguillaume$ python2.7 Python 2.7.8 (default, Jul 13 2014, 17:11:32) [GCC 4.2.1 Compatible Apple LLVM 5.1 (clang-503.0.40)] on darwin 输入“帮助”， “版权”、“学分”或“许可”以获取更多信息。

导入 igraph

所以 igraph 在 python 的 MAC 版本中安装得很好，但在 Anaconda 版本中没有。由于我使用 Anaconda Notebook（可与 Anaconda python 配合使用），因此我想在其上安装 igraph。

很抱歉这个问题很长（这是我第一次提出问题）。我对 graphviz 包也有同样的问题（安装在 MAC python2.7 版本上，但没有安装在 Anaconda python 版本上）。

非常感谢您的帮助！

纪尧姆。

I try to install pygraphviz on Anaconda. I have done everything I found:

After step 4, I got the following error:

Can anyone give me some advice ?

该示例在网站上给出，但没有提及如何使用字典设置颜色。

您是否应该在通过 AGraph 初始化后使用 get_node ？

所以我正在尝试绘制我已经拥有的图表，并且我经常遇到我不理解的错误。

但是我已经用 brew 安装了 graphviz 并且我的路径有效：

那么有什么问题呢？为什么找不到程序？谢谢！

画它我喜欢这样

我正在尝试使用 mod_wsgi 在 Apache 2.4.7 下运行 Python Flask 应用程序。它的主要目的是建立一个关于人和他们的兴趣的图表，以及他们之间的联系（例如，如果 A 和 B 都对 PHP 感兴趣，那么会有一个 A <-> PHP <-> B 链接）。

我已经手动编译了 Graphviz，因为 Ubuntu 包禁用了 GTS 并且应用程序需要该功能。我使用的编译选项是：--disable-static --with-x --with-gts --disable-ruby --disable-tcl.

我已经安装了 pygraphviz 使用：sudo pip install pygraphviz. 我在 Ubuntu 14.04 上使用 Python 2.7.6。

似乎导致问题的基本代码是：

这在命令行上运行良好，但是当我在 Apache 下运行它时，我得到一个内部服务器错误和错误日志中的以下回溯：

我的 WSGI 配置文件是：

起初我认为这可能与这个问题相同：PyGraphViz agraph.layout() throws I0 error但我检查了它的来源agraph.py并且它没有调用_get_prog函数。

谁能建议可能出了什么问题？我对 Python 相当陌生（通常我使用 C 风格的语言，例如 Perl 和 PHP），所以我可能会犯一个“明显”的错误。

我使用 pygraphviz 生成以下图表：

如果我遍历边缘，我可以使用以下代码查看所有边缘：

正如您在下面的输出中看到的那样，边缘元组是“相同的”，但它们仍然由属性区分。如果我想选择一个特定的，我可以在迭代时比较每个边的不同的特定属性。

现在，如果我使用以下代码来获得优势：

我只得到最后一条('Switch0', 'Switch1')边，如下所示：

(u'Switch0', u'Switch1')除了最后一条边之外，有什么方法可以在不遍历所有边的情况下获得特定的边？通过在类似get_edge或类似的方法中传递额外的属性参数可能吗？

我正在编写一个 Python 脚本来使用 graphviz 生成网络图。我的一些节点代表注入网络，我想知道是否有可能在一些节点内有一个饼图。

一个简单的两节点网络的 Python 代码如下：

我正在尝试显示我的类层次结构的树形图，我networkx.已经正确地绘制了它，并且它显示得很好。但是作为一个有交叉边的圆形图，它是一个纯粹的层次结构，看起来我应该能够将它显示为一棵树。

我已经对此进行了广泛的搜索，并且提供的每个解决方案都涉及使用pygraphviz... 但是PyGraphviz 不适用于 Python 3（来自 pygraphviz 站点的文档）。

有没有人能够在 Python 3 中获得树形图显示？

尝试使用 NetworkX 和 graphviz_layout 绘制具有许多节点的图形时遇到问题。更具体地说，传递给 nx.graphviz_layout 的参数根本没有帮助。附件是我使用的代码：

无论我如何更改 nx.graphviz_layout 中的“args”，输出图像都是相同的，并且所有节点都相互重叠。有人可以帮我吗？谢谢！