我需要从一组数据中创建一个图表。我已经筛选了无数 SO 问题,但无法找到适合所有必备要求的解决方案。
需要什么:
http://i.imgur.com/hzQHD07.png
必备要求:
- 节点的分层放置
- 节点的有序放置,即“A”应该在“B”的左侧
- 节点之间的平行边
- 边的最小长度(避免标签侵占节点,如 D--E)
- 编程解决方案,几乎不需要编辑点文件即可获得所需的结果
- 扩展到几千个节点
非常重要的要求:
- 直线(或正交)
- 头尾标签
- 显示箭头的选项
该图可以是无向的或有向的,但应满足上述要求。
import networkx as nx
g = nx.Graph()
g.add_edge(node1,node3,headlabel='label 2', taillabel='label 1',fontsize='10')
g.add_edge(node1,node4,headlabel='label 4', taillabel='label 3',fontsize='10')
g.add_edge(node2,node5,headlabel='label 6', taillabel='label 5',fontsize='10')
g.add_edge(node2,node6,headlabel='label 8', taillabel='label 7',fontsize='10')
g.add_edge(node4,node5,headlabel='really long label', taillabel='really long label',fontsize='10')
g.add_edge(node4,node5)
g.add_edge(node3,node7)
g.add_edge(node7,node8)
g.add_edge(node7,node8)
g.add_edge(node4,node8)
g.add_edge(node5,node8)
g.add_edge(node5,node9,headlabel='label 12', taillabel='label 11',fontsize='10')
g.add_edge(node6,node9,headlabel='label 10', taillabel='label 9',fontsize='10')
A = nx.to_agraph(g)
A.add_subgraph([node1,node2],rank='same')
A.add_subgraph([node3,node4,node5,node6],rank='same')
A.add_subgraph([node7,node8,node9],rank='same')
A.draw('example2.png', prog='dot')
以上产生:http: //i.imgur.com/1e9YTnQ.png
当然,上述方法没有显示平行边缘。我尝试使用支持平行边的 MultiDiGraph,但由于以下错误而无法使其工作,尽管为平行边定义了唯一键(代码中未显示)。
Traceback (most recent call last):
File "example3.py", line 31, in <module>
A = nx.to_agraph(g)
File "C:\python27\lib\site-packages\networkx-1.11rc1-py2.7.egg\networkx\drawing\nx_agraph.py", line 152, in to_agraph
A.add_edge(u,v,key=str(key),**str_edgedata)
File "C:\python27\lib\site-packages\pygraphviz\agraph.py", line 481, in add_edge
eh = gv.agedge(self.handle, uh, vh, key, _Action.find)
KeyError: 'agedge: no key'
如下所示,在没有 networkx 的情况下使用 graphviz,可以得到平行边,但层次结构和节点顺序消失了。我知道可以通过将 rank=same 添加到点文件来修复层次结构,但我更喜欢以编程方式进行。
import graphviz as gv
g = gv.Graph(format='png')
g.edge(node1,node3,headlabel='label 2', taillabel='label 1',fontsize='10')
g.edge(node1,node4,headlabel='label 4', taillabel='label 3',fontsize='10')
g.edge(node2,node5,headlabel='label 6', taillabel='label 5',fontsize='10')
g.edge(node2,node6,headlabel='label 8', taillabel='label 7',fontsize='10')
g.edge(node4,node5,headlabel='really long label', taillabel='really long label',fontsize='10')
g.edge(node4,node5)
g.edge(node3,node7)
g.edge(node7,node8)
g.edge(node7,node8)
g.edge(node4,node8)
g.edge(node5,node8)
g.edge(node5,node9,headlabel='label 12', taillabel='label 11',fontsize='10')
g.edge(node6,node9,headlabel='label 10', taillabel='label 9',fontsize='10')
g.render('example')
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