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我正在努力学习一些 Python 图形可视化。我发现一些博客文章做了一些 我想尝试的事情。不幸的是，我没有走得太远，遇到了这个错误：AttributeError: 'module' object has no attribute 'graphviz_layout'

在我的系统上重现错误的最简单的代码片段是这样的，

In [1]: import networkx as nx
In [2]: G=nx.complete_graph(5)
In [3]: nx.draw_graphviz(G)
------------------------------------------------------------
AttributeError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-3-481ad1c1771c> in <module>()
----> 1 nx.draw_graphviz(G)
/usr/lib/python2.7/site-packages/networkx/drawing/nx_pylab.pyc in draw_graphviz(G, prog, **kwargs)
982 See networkx.draw_networkx() for a description of optional keywords.
983 """
--> 984 pos = nx.drawing.graphviz_layout(G, prog)
985 draw(G, pos, **kwargs)
986
AttributeError: 'module' object has no attribute 'graphviz_layout'

我发现了一个类似的问题，以及这个组合有困难的帖子，但不完全相同的错误。一个很接近，但它自动解决了自己。

首先，我验证了NetworkX和PyGraphViz 所需的所有软件包（列出了与Scipy类似的要求）都已安装。

接下来，我寻找片段来测试我在 Python 中安装这些模块。前两个示例来自NetworkX 参考文档。这列出了一些同时使用 MatPlotLib 和 GraphViz 的示例片段。

MatPlotLib 代码示例适用于我（将图像渲染到屏幕上），

In [11]: import networkx as nx
In [12]: G=nx.complete_graph(5)
In [13]: import matplotlib.pyplot as plt
In [13]: nx.draw(G)
In [13]: plt.show()

然而，GraphViz snips 也会产生类似的错误，

In [16]: import networkx as nx
In [17]: G=nx.complete_graph(5)
In [18]: H=nx.from_agraph(A)
------------------------------------------------------------
AttributeError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-18-808fa68cefaa> in <module>()
----> 1 H=nx.from_agraph(A)
AttributeError: 'module' object has no attribute 'from_agraph'
In [19]: A=nx.to_agraph(G)
------------------------------------------------------------
AttributeError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-19-32d1616bb41a> in <module>()
----> 1 A=nx.to_agraph(G)
AttributeError: 'module' object has no attribute 'to_agraph'
In [20]: print G
complete_graph(5)

然后我尝试了 PyGraphViz 的Layout & Drawing教程页面。这也有一些剪辑。PyGraphViz 通过Neato（默认）、PyDot 和 Circo Post Script 输出（使用 Gimp 查看）。（唯一的区别是这些 PyGraphViz 示例不呈现到显示器，而是呈现到文件）。

In [1]: import pygraphviz as pgv
In [2]: d={'1': {'2': None}, '2': {'1': None, '3': None}, '3': {'2': None}}
In [3]: A=pgv.AGraph(d)
In [4]: A.write("pygraphviz_test_01.dot")
In [5]: A.layout()
In [6]: A.draw('pygraphviz_test_01.png')

更复杂的是， PyGraphViz需要 GraphViz包二进制文件才能工作。我正在使用 Arch Linux，并安装了该发行版的版本。Arch Linux 有一个测试安装的示例（同样，输出到文件），它也通过了.

我错过了什么？什么可能导致 NetworkX 和 PyGraphViz 单独工作但不能一起工作？

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2 回答 2

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networkx-1.11中的函数存在一个小错误，draw_graphviz由不再将 graphviz 绘图工具导入 networkx 的顶级命名空间的更改触发。

以下是一种解决方法

In [1]: import networkx as nx

In [2]: G = nx.complete_graph(5)

In [3]: from networkx.drawing.nx_agraph import graphviz_layout

In [4]: pos = graphviz_layout(G)

In [5]: nx.draw(G, pos)

要使用其他功能，例如to_agraph,write_dot等，您需要显式使用较长的路径名

 nx.drawing.nx_agraph.write_dot()

或将函数导入顶级命名空间

from networkx.drawing.nx_agraph import write_dot()
write_dot()

这些命令用于graphviz计算节点的位置（默认graphviz_layout 使用 ），并实际绘制（即绘制）图形。neatomatplotlib

于 2016-02-08T22:44:35.087 回答
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nx.nx_pydot.graphviz_layout()似乎是graphviz_layout在Networkx 版本 1.11中使用的方式。

您可能需要通过以下方式安装Graphviz

sudo apt-get install graphviz

文档中的一些示例代码：

import networkx as nx
G = nx.complete_graph(4)
pos = nx.nx_pydot.graphviz_layout(G)

我建议将此作为1.11 的 Graphviz_layout 文档

于 2016-11-22T19:28:46.427 回答