问题标签 [openbugs]

我在 OpenBUGS 中使用以下代码进行分析：

我收到以下错误：未定义变量 CD41[]。我不知道如何解决这个问题，所以任何帮助将不胜感激。

我正在尝试在两组之间进行贝叶斯 NHST。每组由许多变量组成，为了避免多重假设修正，我选择了贝叶斯方法。但是我在 OpenBUGS 中的代码给出了以下错误：

我正在使用 BRugs R-package 和modelCheck(...)- 模型在语法上是正确的，并且modelData(...)- 加载的数据正在出现，但是当尝试编译时会modelCompile(..)弹出错误。我对 OpenBUGS 很陌生。

这个错误是什么意思？？

我正在尝试运行下面的代码，其中我对我的对数似然表达式使用了零技巧（phi 是我的对数似然）：

有数据：

该模型在语法上是正确的，并且数据已加载，但出现以下错误：

谁能帮我解决这个问题？

我正在尝试使用 OpenBUGS 拟合分层模型，代码如下：

但是，我得到了
错误 : 'expected a comma'，并且 OpenBUGStausg在tau...中突出显示了我做错了什么。谢谢

我正在尝试通过库在 R 中使用 OpenBUGS 进行分层贝叶斯分析，R2OpenBUGS但在模型编译的早期阶段我一直遇到错误消息。我正在尝试将植物功能特征建模为植物大小和环境的函数。对于几种植物物种，我有关于性状、胸高直径 (dbh) 和海拔高度的数据。

我的模型和数据规范如下（不包括数据生成部分）：

待建模参数说明：

• mu: 物种的意思
• s: 尺寸效果参数
• env: 环境（高度）效应参数
• me：每个物种的理论“最佳”高度
• sig: 误差项，以方差表示

数据存储在矩阵tr.th, dbh,elevadj中，每行代表每个植物物种。我的数据不平衡：每个物种包含不同数量的样本点。np是一个向量，包含NA每个植物物种的实际（非）样本点的数量。（我不知道是否需要实际数据来发现错误，如果需要，我会在此处发布示例）

每当我尝试运行此模型时，都会遇到一条错误消息，提示“未定义变量 dbh”，并且无法编译。这很奇怪，因为我之前已经成功运行过一个模型，它与我现在尝试运行的模型并没有太大不同。我怀疑这可能只是格式化或规范上的一个简单、愚蠢的错误，因为我现在才开始在 R 中使用 OpenBUGS 进行贝叶斯分析几个星期，并且可能遗漏了一些关键点。

我查看了网站，发现了以下问题，但我没有成功申请解决我的问题：

• OpenBUGS 错误未定义变量
• OpenBUGS - 未定义变量
• 尝试在R中创建和循环不平衡数据矩阵

阅读手册也没有帮助：它提供了以下文本，这对我来说太模糊了，无法理解：

'undefined variable' - 模型中允许使用未定义的变量，只要它们不在关系的右侧使用

我正在使用 RStudio，版本 0.98.1091 和 OpenBUGS，版本 3.2.3 rev 1012。

如果有人可以帮助我查明问题的根源以及解决问题的方法，我将不胜感激。

我正在尝试使用 OpenBUGS 拟合模型。这是代码：

但是，当我运行此代码时，我收到错误“预期为逗号”。如果有人可以帮助我解决这个问题，那就太好了。

我已经编写了一个 Weibull 生存代码，OpenBUGS使用. 经过数小时的调试，我仍然收到以下错误：R2OpenBUGSR

节点的这个组件不是随机的 Beta0[1] 错误 pos 30

节点的这个组件不是随机的 Beta0[1] 错误 pos 31

节点的这个组件不是随机的 Beta0[1] 错误 pos 30

节点算法切片更新器错误的更新错误无法对节点进行太多迭代

采样器处于自适应阶段时无法进行推断

这是我的完整代码以及初始值：

因此，我尝试使用 R2OpenBUGS 的 R 中的 OpenBUGS 来拟合一个相当复杂的模型，模型的短期运行有效，但长期运行失败。当我在 R2OpenBUGS 的错误调用中设置 debug = T 时，日志显示：抱歉，模块 MathRandnum 出了点问题。显然，为了获得收敛估计，我需要运行该模型进行大量迭代，通常它不会达到 40K 迭代。

我尝试过的一件事是短期运行模型，停止，保存链然后重新启动，这至少告诉我它何时失败。在此运行中，模型在 44 到 48K 次迭代之间失败。

我不太明白 MathRandnum 模块在做什么，但它似乎是 MCMc 更新过程的一部分。

所以我的想法是，一旦设置了 OpenBUGS 随机种子并给出了初始值，那么链的值及其更新过程就是确定性的。因此，对于任何给定的种子和初始值，故障将发生在给定的迭代中。因此，如果有办法在故障发生之前更改种子，它可能不会发生。在 OpenBUGS GUI 中，此时您无法更改种子，它需要在模型编译后和更新之前完成。所以这是我的问题，重新启动时是否可以更改种子？如果有可能这样做会不会是错误的？

或者，这个模型可能出了什么问题，我对 MathRandnum 可能做的事情的解释是否正确？鉴于我认为它在不同点失败但一旦初始化它总是在同一点失败这是否意味着更改种子预设（它可以采用值 1-14）可以修复它？

我的 BUGS 模型如下。

我正在尝试使用 MASS 库中包含的画家数据集来拟合分类逻辑模型。

我将数据集分为两部分，因此我可以在未来使用基线类别逻辑多项式模型预测学校变量的值，以评估分类响应学校与连续解释变量之间的关系。不幸的是，我的代码在没有尝试预测的情况下运行或出错。

打开 log.txt 文件，我收到以下错误消息：

模型在语法上是正确的

数据加载

预期的多元节点

显然，这对应于数据结构错误'我使用的某些变量预计具有不同的维度。虽然我尝试了不同的方法来定义我使用的实体，但我完全确信，根据理论，包含的节点具有正确的形式。BUGS 是否有可能无法与分类一起使用并希望我通过 1 次迭代将其扩展到多项式？

有任何想法吗？

经过各种试验和修改，问题的根源似乎是我试图定义 beta-priors 的方式。BUGS 不支持 R 的常用数组技巧。我尝试了一些 if 语句来运球，我发现 BUGS 语言中 if 语句的常用方式（lol？）是使用 BUGS 的 2 个函数 equals(x,z)和步骤（）。所以我做了关于他们的功课并重新安排了整个

所以现在在运球下一组错误之后，我在 R 中得到一个错误，而 log.txt 文件没有给我错误类型的指示。

有任何想法吗？

我正在使用 R2OpenBUGS 查看许多不同的模型，我注意到每个报告的 DIC 最多有 4 个有效数字。这看起来很可疑，所以我设置了 DEBUG=TRUE，果然，DIC = pD + Dbar 正在四舍五入。为什么是这样？我可以告诉 BUGS 不要舍入 DIC，或者更好的是，告诉它如何舍入？我希望 DIC 至少是个位数。

这是错误调用，下面是偏差输出：

out <- bugs(data1, inits=initial.values,parameters.to.save = c("err","b1","b0","pred365"), model.file = mymodel, n.chains = 1, n.iter = 25000,DIC=TRUE,debug=TRUE)

ALS 31430.0 29700.0 33150.0 1723.0

总计 31430.0 29700.0 33150.0 1723.0