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我正在尝试通过库在 R 中使用 OpenBUGS 进行分层贝叶斯分析，R2OpenBUGS但在模型编译的早期阶段我一直遇到错误消息。我正在尝试将植物功能特征建模为植物大小和环境的函数。对于几种植物物种，我有关于性状、胸高直径 (dbh) 和海拔高度的数据。

我的模型和数据规范如下（不包括数据生成部分）：

model = function() {
  for(i in 1:22){
    mu[i] ~ dnorm(0, 0.00001)
    env[i] ~ dnorm(0, 0.00001)
    s[i] ~ dnorm(0, 0.00001)
    me[i] ~ dnorm(0, 0.00001)

    for(j in 1:np[i]){
      tr[i, j] ~ dnorm(eff[i, j], tau)
      eff[i, j] <- mu[i] + s[i] * log(dbh[i, j]) + env[i] * pow(edev[i, j], 2) * (edev[i, j] / abs(edev[i, j]))
      edev[i, j] <- e[i, j] - me[i]
    }
  }

  tau ~ dnorm(0, 0.00001)
  sig <- 1 / tau
}

library(R2OpenBUGS)
model.file = file.path(tempdir(), "model.txt")
write.model(model, model.file)

data.th = list(tr = tr.th, dbh = dbh, e = elevadj, np = np)
params = c("mu", "env", "s", "me", "sig")
inits = function() { list(mu = rep(1, 22), s = rep(1, 22), env = rep(1, 22), me = rep(1, 22), tau = 1) }

out.th = bugs(data.th, inits, params, model.file, n.iter = 10000, codaPkg = T)

待建模参数说明：

  • mu: 物种的意思
  • s: 尺寸效果参数
  • env: 环境（高度）效应参数
  • me：每个物种的理论“最佳”高度
  • sig: 误差项，以方差表示

数据存储在矩阵tr.th, dbh,elevadj中，每行代表每个植物物种。我的数据不平衡：每个物种包含不同数量的样本点。np是一个向量，包含NA每个植物物种的实际（非）样本点的数量。（我不知道是否需要实际数据来发现错误，如果需要，我会在此处发布示例）

每当我尝试运行此模型时，都会遇到一条错误消息，提示“未定义变量 dbh”，并且无法编译。这很奇怪，因为我之前已经成功运行过一个模型，它与我现在尝试运行的模型并没有太大不同。我怀疑这可能只是格式化或规范上的一个简单、愚蠢的错误，因为我现在才开始在 R 中使用 OpenBUGS 进行贝叶斯分析几个星期，并且可能遗漏了一些关键点。

我查看了网站，发现了以下问题，但我没有成功申请解决我的问题：

阅读手册也没有帮助：它提供了以下文本，这对我来说太模糊了，无法理解：

'undefined variable' - 模型中允许使用未定义的变量，只要它们不在关系的右侧使用

我正在使用 RStudio，版本 0.98.1091 和 OpenBUGS，版本 3.2.3 rev 1012。

如果有人可以帮助我查明问题的根源以及解决问题的方法，我将不胜感激。

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1 回答 1

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我实际上不确定是否应该编辑我的问题或添加评论，但我找到了问题的根源，所以我将首先尝试在这里解决它。简而言之，错误的不是代码，而是数据格式。

正如我上面所说，在我的模型中，我使用向量np来指定不同植物物种的实际（非 NA）样本点的数量，每个样本点都在j循环中进行评估。事实证明，我用来生成的代码np是不正确的，因此它实际上与非 NA 样本点的数量不匹配。因此，当模型尝试调用数据时，它包含NA在我的不平衡数据中，我怀疑这是问题的根源，因为我在其他地方读过。因为我将不平衡数据存储在矩阵中。

为了防止这个问题成为个人博客文章，我认为带回家的信息是：

  1. 彻底检查您的代码（呃）
  2. 如果您的数据包含NA
  3. 将数据存储在矩阵中似乎不是一个好主意，尤其是当您有不平衡的数据时

我认为编辑我的问题以更直接地解决第二点和第三点可能会更好，但我还不确定如何做到这一点。

于 2015-06-29T01:32:00.267 回答