问题标签 [nlme]

我正在运行一个多元 gls 模型：

m <- gls(y ~ x + factor1 + factor2, cor = corPagel(1,phylogeny), weight= ~1/log(n))

我想绘制结果，我可以得到这样的预测值：

newdata <- data.frame(expand.grid( x = mean(x), factor1= unique(factor1), factor2 = unique(factor2)))

predvals <- predict(m,newdata)

虽然我想绘制的两个变量是因子，但我想获得这些预测值的置信区间或标准误差。

有谁知道该怎么做？

在此先感谢您的帮助！干杯，茉莉花

I'm trying to extract a parameter from a model fit by ML which has a correlation structure obtained from corPagel (defined in package ape). The parameter of interest is within the element named apVar in the summary.

This code produces the following output (please, download a dput with model m here):

Extracting values of the first matrix is trivial, but how can I extract the value of corStruct within the element attr(, "Pars")?

我正在 nlme 包中通过 REML 进行线性混合效应模型拟合。这些是对我有用的代码：

我真正想做的是将扬声器和项目分别作为随机效果的模型。我曾尝试使用这个公式：

但是，这个公式给了我以下警告信息：

你知道这意味着什么吗？以及如何将扬声器和项目分别作为随机效果进行安装？

这是我的代码：

如果我删除随机 Day 效应 D，nlme 可以很好地拟合非线性模型。但是，上面的代码会导致以下错误和重复警告：

等等

有什么建议么？？

基本上，我正在运行nlme::lme一个缺失值。该模型非常适合na.action=na.omit，但是为什么拟合/残差/系数的名称似乎都移动了一行？

注意拟合值的名称？不应该在第三个位置有一个 1/2，之后的名称向右移动一个位置，从而消除 NA 吗？

我正在绘制来自 nlme 的一些分组数据，并且我有 120 个面板。默认绘图plot(dataG)将它们放在 2 行 60 列中，这会填满屏幕，但很难阅读。当我指定 layoutplot(dataG), layout= c(12,10))时，我得到了正确的行数和列数，但是这些列都被挤在一起了。

我不确定问题是否是因为一切都在 nlme 内部发生，但我在我的 nlme 书中没有找到解决方案。

你可以在这里找到数据

https://www.dropbox.com/s/79tssi252ai0ez8/COBS%20Roots%202008-2013noCNfake08.txt。

以及定义分组的代码：

使用下面的代码说明了该问题。如果你运行它，你会看到 lm 优雅地处理预测，而 gls 不能这样做。这很可能是 predict.gls 中的一个问题，但我不明白为什么。这只是使用因子调用时的一个问题。没有它，一切都很好。我相当有信心 predict.gls 失败，因为新数据集中不存在所有级别。但是， lm 解决了。对我来说，这感觉像是一个错误，但我对 gls 代码的熟练程度不足以确定它。

它失败并出现错误：

有任何想法吗？

我的 R.version 输出：

平台 x86_64-pc-linux-gnu
arch x86_64
os linux-gnu
system x86_64, linux-gnu
status
major 3
minor 0.2
year 2013
month 09
day 25
svn rev 63987
language R
version.string R version 3.0.2 (2013-09-25 ) 昵称飞盘帆船

nlme 包版本：“包 'nlme' 版本 3.1-113”

我正在使用包含 205 个观察值和 2 个解释变量的数据集：（site两个级别）和strain（21 个级别）。当应变是固定变量时，我试图将混合模型拟合到数据中。实验不平衡（即每个菌株*位点组合中的重复次数不同）。我使用 Rstudio 3.0.2；窗户 8。

我首先尝试运行以下命令-

但是我收到以下错误：

logLik.lmeStructInt(lmeSt, lmePars) 中的错误：'Calloc' 无法分配内存（8 个字节的 730512784）
此外：警告消息：
1：在 logLik.lmeStructInt(lmeSt，lmePars) 中：达到 3873Mb 的总分配：请参阅帮助(memory.size)
2：在 logLik.lmeStructInt(lmeSt, lmePars) 中：达到 3873Mb 的总分配：请参阅帮助（memory.size）

我试图将内存限制增加到 8000 。但是，当我重新运行上一行 Rstudio（以及整个 pc）变得非常缓慢且无响应时，我让它运行了 30 多分钟而没有结果。

我试图将模型拟合到一个缩减数据集 - 仅包含 5 个菌株：

又出现了另一种麻烦：

lme.formula 中的错误（dist_OFT_min1 ~ 应变，随机 = ~strain | 站点，：
nlminb 问题，收敛错误代码 = 1 消息 = 没有收敛就达到迭代限制 (10)

谁能帮我了解我的数据可能会遇到什么样的麻烦？我怎样才能检查任何？（我还是个初学者）。在这里，我分享了我自己模拟的类似数据，但我遇到了与原始数据相同的问题（实验室等于站点）：

我认为我实际需要的模型如下：

还是同样的麻烦出现了。

ps 我主要寻求估计相互作用应变的方差：lab。有小费吗 ？

我有以下线性模型

如何获得年龄和性别距离的标准误差？

我正在使用 R 中的 ggplot2 包绘制多面板图。我的数据集由 20 个物种组成，每个物种 6 个个体，每个个体两个核心，每个核心由几个部分组成。这是我的数据框子集的 dput 输出：

多面板图中有 20 个面板，每个物种一个面板，y 轴为密度，x 轴为髓距。每个面板图显示了该物种 12 个核心的 12 条不同的线。这是多面板图的代码：

对我来说，挑战是使用 R 中 nlme 包中的 lme 函数从线性混合效应模型中添加一行拟合值。这是子集数据中每个物种的混合效应模型的代码：

这里有一个相关的问题：
Plotting results of lme4 with ggplot2 这让我认为解决方案是创建第二个数据框，其中包含多面板图中每个方面的固定效应系数，然后使用 geom_abline 函数绘制基于固定效应系数（截距和斜率）的拟合线。但是，我无法应用此解决方案，因为 20 种物种的密度和髓距之间的关系各不相同。一些物种具有随机效应模型，其他物种具有线性模型，还有一些具有二次模型，这意味着根据模型有 1、2 和 3 个固定效应系数。我试图创建一个包含所有物种的固定效应的数据框：

我收到以下错误：

最后，我之前也尝试过 ggplot2 中的 stat_smooth 函数以添加拟合线，虽然它通过向图中的每个面板添加拟合线来工作，但这是一个不正确的解决方案，因为 stat_smooth 函数没有“lme " 作为其方法之一，由 lm 拟合的线与基于 lme 模型的拟合值的线不同。

总之，我的问题是我无法将基于 lme 模型的拟合值的线添加到 ggplot 绘制的多面板图中，因为每个多面板图中的物种具有不同数量的固定效应系数，具体取决于它们是否具有平均值、线性或二次模型。具体来说，我想要通过线性和二次模型最适合物种的拟合线，而不是通过平均模型最适合物种的线。

提前致谢。