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当我在 nlme 中拟合数据时，我在第一次尝试时从未成功，在nlme(fit.model)我习惯于看到诸如以下内容之后：

所以我回去

1）改变x轴的单位（例如从年到天，或从天到生长期天）。

2）在我的数据集中进行 ax=0, y=0 测量

3）添加一个random=pdDiag()

4）搞乱什么是随机的，什么是固定的

5）切碎我的数据集并尝试在不同时间拟合不同的部分

6）实现非常简单的拟合，然后使用update使模型正确

最终，某些事情似乎奏效了。还有其他人要添加到此列表中吗？什么可以帮助您让 nlme 处理您的数据？

我意识到这个问题可能会被关闭，但如果有任何关于如何将其改写为 SO 可以接受的建议，我将不胜感激。

这是一个示例，我尝试了其中一些方法，但到目前为止还没有成功：

数据： https ://www.dropbox.com/s/4inldx7617fip01/proots.csv 。这已经只是整个系列的一部分。

编码：

这是曲线的函数（SSbgf）：

我一直在研究R非线性模型，比如我们：

我会确定一个伯努利变量是否会影响Alpha1*time和截距。这样的伯努利变量可以是：

有

我发现它nls可以拟合这个模型，但没有这个分类变量的影响，我还发现这个nlme包可以估计变量的影响，而不是非线性模型的项。我的问题是：这些软件包中的哪一个可以帮助我？而且，我怎么能在代码中添加这个伯努利变量？问候和感谢。

有谁知道如何计算gls类对象的 Cooks 距离（通过nlme包获得）？标准的 cooks.distance 函数似乎只适用于 lm 类对象。

我曾经lmList适合 480 个关系，我想要每个关系的 R2。

这是一个示例数据集和模型，它非常接近它的真实外观，除了我有 480 eu（实验单位）：

打印fit或summary不给我我想要的信息。我最终试图制作一个新的数据框，如下所示：

我已经通过了系数coef，现在我需要 R 平方。

我已经nlme()使用package nlme.

现在我想模拟一些预测区间，考虑到参数的不确定性。

为此，我需要提取固定效应的方差矩阵。

据我所知，有两种方法可以做到这一点：

和

这两个给出相同的矩阵。

但是，如果我检查

它与报告的标准错误不同summary(fit)

我期望这两个相同是错误的吗？

编辑：这是一个代码示例

我正在寻找使用 lme4 时在 R 中运行对比的最有效方法。我一直在与一位我非常信任的统计顾问合作，她给了我以下代码。我有 6 种治疗方法之间的对比，我运行这些对比 6 不同的年份。所以我最终写出了90个对比。现在我将在模型中加入另一个因素（采样深度），这将导致我写出 450 个对比。

一定会有更好的办法？

我一直在阅读在 R 中运行对比的方法，但与lme4. nlme对我也有用，但我也不清楚它是如何与对比一起工作的。

这是我的数据：

https://www.dropbox.com/s/2ho6phfxhz6xlsy/Root%20biomass%2C%20whole%20core.csv

这是代码的最简单形式，仅一年：

我正在拟合一些线条，我觉得我在告诉 R 究竟如何拟合它们，但我觉得有一些东西（某些因素或影响）我不知道这会妨碍良好的拟合。

我的实验单元是“情节”，就像田野情节一样，对不起，这令人困惑。

数据可以在：https ://www.dropbox.com/s/a0tplyvs8lxu1d0/rootmeansv2.csv 找到。和

简单地说，随着时间的推移，我有质量，我将它与模型的每个实验单元相匹配：

并且plot (augPred(fit))我得到了每个实验单元（“情节”）的这些拟合：

我需要做什么才能让实验单元之间的斜率变化更大？从统计的角度来看，我对此不感兴趣，但从预测的角度来看——所以模型中的任何东西都可以被操纵来让这些线条移动。

我有一个具有相关性的 NLME 对象。我想知道如何从模型中提取相关范围。我正在运行模拟，所以我不能只阅读摘要，然后手动获取它。

所以我的模型看起来像这样：

所以我想在这里得到相关性的参数。

我可以使用 nlme 包中的 gls() 来构建没有随机效应的 mod1。然后，我可以将使用 AIC 的 mod1 与使用 lme() 构建的 mod2 进行比较，后者确实包含随机效应。

是否有类似于 lme4 包的 gls() 的东西，它允许我构建没有随机效应的 mod3 并将其与使用 lmer() 构建的 mod4 进行比较，其中包含随机效应？

我试图使用 r 中的 nlme 包来做一个多级线性模型。

对于 6 个不同的位置（州），我将产量作为响应变量，将降雨量作为预测变量，持续 60 年。我想看看降雨是否对所有地区的产量产生相同程度的影响或不同的影响。原则上，我试图查看产量与降雨量的斜率是否在不同地点之间存在显着差异。因此降雨是我的随机效应。我建立了这样的模型：

这一切正常。当我使用另一个预测变量（计数数据）进行相同的分析时，问题就开始了。

当我运行 mdl 6 时，这给了我错误

我完全不知道为什么会这样。我的第一个预测器一切正常，但这不适用于另一个预测器。我在这里做错了什么？我尝试在网上阅读此内容，但这些帖子对我来说不是很清楚。我真的很感激任何人都可以解决这个问题。谢谢