问题标签 [nlme]

我想在 R 中使用混合效果模型进行特征选择，但我无法将rfe包插入符号的功能与包的功能 me结合起来nlme。

这是一个有效但不使用混合效应模型的示例：

这是我想做的事情的大纲：

您是否知道这样的事情是否可行以及如何做？

作为R初学者，我正在尝试修复一个包含随机因素的模型。公式为：

Temp ~ a - (b * exp(-c *rate))

哪里Temp是温度，rate是变化的量度（时间/温度）。为了构建模型并获取初始参数，我使用nlme包：

我也试过这个：

也许是一个简单的问题，但我还没有发现任何有用的东西。

以下是数据：

先感谢您！

我的数据子集有一些问题（子集仍然有 600 个值）。对于实验，我有两个时间点，每个时间点嵌套了三个处理 (TT)，其中嵌套了 5 个重复培养物（A 到 E）。在这些文化中的每一种中，都有 20 个个体有机体的值。对于这个子集，我想查看治疗之间的差异以及同一治疗中时间点之间的差异。

我正在使用 R 3.1.2 和 nlme 包

我的代码如下：

STR如下：

这是我得到的结果和底部错误的屏幕截图（正在发布一些可重现的数据，但认为这可能是一个简单的代码错误）。

在过去的 3 周里，我一直在研究不同的模型，我认为这是一个简单的问题，只是我的大脑已经疲惫不堪，而且我想多了。

下面是我遇到的问题的 MWE。我正在使用Orthodontnlme 包中的数据集，其中包含 27 个孩子（16 个女孩，11 个男孩）的 4 个测量值。为了对相关性进行建模，我通过指定使用非结构化协方差结构correlation = corSymm(form = ~1|Subject)。我允许跨不同测量场合的非恒定方差，但我也想允许男孩和女孩的方差 - 协方差参数不同（例如，因为男孩和女孩的测量值之间的相关性可能高于/低于女孩）。我可以通过指定允许方差参数的这种异质性weights = varIdent(form = ~1|age*Sex)，但是有谁知道如何允许/指定相关参数的这种异质性？

我知道通过在语句中proc mixed指定group选项（ http://support.sas.com/documentation/cdl/en/statug/63033/HTML/default/viewer.htm#statug_mixed_sect019.htm），这在 SAS 中是可能的，但我还没有找到在 R 中处理这个问题的方法。repeated

提前谢谢了！

非常感谢有关使用 MatLab Simbiology 进行人口 PK 建模的一些建议！

基本上，当我尝试使用总体拟合 (NLME) 方法拟合参数时，我会遇到错误/警告消息“协变量‘钾’对于组 id‘33’没有有效值”。我猜这是因为我在主题 33 中缺少钾水平（协变量）的值。

事实上，我缺少几个科目的几个协变量的数据！

我真的是使用 MatLab 的 SimBio 的新手，所以如果有缺失值，我会很感激关于如何制作人口 PK 模型的简单详细建议。谢谢：）

我有两个没有随机效应的回归模型：一个是使用 lm 的 OLS，另一个包括使用 nle 的系数乘法。我希望为两者添加个人级别的随机效果。我已经设法使用 lme4 包为 OLS 函数执行此操作，但无法为乘法模型找到执行此操作的方法。

以下代码生成了一个与我正在处理的具有相似结构的数据集：

...

a、b 和 c 代表三个 1:5 维度尺度上的分数。a2 到 c5 是虚拟变量，代表相同比例的 2:5 水平。每个人 (id) 有 10 个观察值。val 是我希望使用回归模型预测的分数的代理。（但实际数据中的值可能与此处的结构不对应。）

我有两个没有随机效应的回归模型。一种是使用 12 个虚拟变量作为 val 的预测变量的常规 OLS：

第二个假设水平之间的相对距离对于三个维度（a，b，c）是共享的，但是维度在尺度方面不同。剩下 6 个系数（cA、cB、cC、cL2、cL3、cL4）+ 截距。

由于每个人有 10 个观察值，我们不能期望它们完全独立。因此，我希望在变量 id 定义的个体级别上添加随机效应。我找到了一种使用 lme4 包的方法：

问题是是否可以使用类似于乘法的回归模型（可能使用 lme4 或 nlme 包）对 id 变量添加随机效应？公式应该看起来像

有什么建议么？

我有两个感兴趣的时间段和四个观察点（0 个月、4 个月、12 个月、16 个月）。第一个感兴趣的时间段介于观察 1 和观察 3 之间。第二个感兴趣的时间段介于观察 3 和观察 4 之间。

我想运行一个 HLM 来解释对同一主题的观察的相关性。我已经粘贴了一些示例数据，我的代码和输出也在下面。

当我将模型输出与实际平均值进行比较时，在这种情况下它们非常相似。但是，当我使用我的实际数据集时，它们不太相似。这意味着什么？你能告诉我我是否对时间进行了适当的编码吗？我的目标是将时间段 1 的治疗效果与时间段 2 的治疗效果进行比较。谢谢！

用于此输出的示例数据：

谢谢。

我正在努力编写一个脚本，该脚本允许更灵活的方法来比较使用lme4ornlme包的不同线性混合效果模型。由于我不想为添加或删除的每个模型调整脚本，因此我正在寻找一种动态方法。这样做我只需要调整一个包含模型公式字符串的变量。

这工作正常，除非anova()进来。anova()不接受包含适当类的元素列表：

我没有想出一种巧妙的方法来分解列表并将多个参数传递给anova()函数。我试过unlist()没有任何成功。

这是一个最小的示例（改编自lme4 手册，第 8 页）：

抱歉，我是 MatLab 的 Simbiology 工具箱的新手！

我正在尝试建立一个群体药代动力学模型，其中包括个体内变异性/残留的无法解释的变异性。

如果我每名患者有两个药代动力学样本，相隔一周收集，有人会建议如何输入数据吗？特别是，我不确定如何为同一患者标记不同 PK 样本（相隔一周）的组 ID（即患者 ID）。

提前致谢：）

我有一个相当具体的正则表达式问题，这让我有些悲伤。我已从混合模型（或lme或lme4）中删除了一个或多个固定效应，并希望删除相应的随机斜率。但是，根据随机结构，这可能会留下不必要的+符号，或者更糟糕的是，在|.

分别使用 和 获取lme随机效应公式列表：lme4lme.model$call$randomfindbars(formula(lme4.model))

我已经删除了变量b，并c使用dropterms. 由于它们不再作为固定效应存在，因此不应允许它们的随机斜率变化。

b并且c可以使用以下行从上面的随机公式中删除：

现在，我希望删除所有剩余的+符号，即那些不链接变量的符号。

~然后，如果or(和之间有空格|，我希望插入一个1.

所需的输出是

我一直在摆弄，gsub但似乎无法做到正确。例如，这有效：

但不是为了这个：

或者，如果有像dropterms随机结构这样的预先存在的功能，我全力以赴！

同样，我不能可靠地将 a 插入到or1之间的空白处。~ |( |