问题标签 [nipy]

我正在尝试使用 nipype 包在 python 中进行一些注册。它适用于基本注册：

这样就成功注册了。但是，我正在尝试使用输出的 flt.inputs.out_matrix_file = 'subject_to_template.mat' 将此配准转换应用于与输入 MRI 相同空间中的非大脑图像。

我尝试了以下方法：

希望 flt.inputs.in_matrix_file 和 flt.inputs.apply_xfm = True 标志将覆盖标准注册并仅使用矩阵来注册附加图像，但我收到此错误：

你知道为什么以及如何解决这个问题吗？

我正在尝试使用 nipype 来分析由 FSL 创建的转换矩阵。FSL 有一个名为“avscale”的脚本，用于分析这些转换矩阵（*.mat 文件）。我想知道 nipype 是否有任何接口可以包装该脚本并使其能够处理其输出。

谢谢

我有一个大脑的 3D 图像（我们称之为 flash），它目前是 263 x 256 x 185。我想将它调整为另一个图像的大小（称之为 whole_brain_bravo）；256 x 256 x 176，并且（希望）使用 lanczos 插值来重新采样（Image.ANTIALIAS）。我的（失败的）尝试：

你们有没有在 3D 图像上做过这种事情？

我刚刚克隆了NiPy 存储库，但是当我尝试导入时nipy.algorithms.registration，我收到以下错误：

我发现存储库中有两个名为 intvol 的文件：intvol.c 和 intvol.pyx。这是怎么回事？

已解决：请参阅下面的第一条评论。

我的问题如下：我试图以一种可读的方式绘制 6 个不同的设计矩阵。为这个设计矩阵创建显示的函数是 nipy 模块的一部分，描述如下：

类 nipy.modalities.fmri.design_matrix.DesignMatrix

函数 show()：设计矩阵的可视化

参数：

回报：

基本上，我正在尝试用 6 个不同的矩阵制作一个 3 行 2 列的子图。

目前输出是一个3行2列的图形，上面有空白图形，然后每个设计矩阵单独显示如下。

此外，在列表 hrf_models 上循环会比重复 6 次相同的块要好得多。我在某个时候做到了，但遗憾的是输出完全相同。

当前输出（需要滚动查看所有设计矩阵）：

谢谢您的帮助！

我们在测试期间使用 tempfile 模块生成临时文件和目录。我们最近也开始在 Windows 上进行测试，并遇到了一堆 Windows PermissionErrors。

我最初认为这可能是因为 Windows 与 Unix 不同，它不允许同时访问文件。当我查看代码时，即使没有同时访问文件也会发生这种情况。

一个常见的线程似乎是当我们在上下文中使用 tempfile 模块的结构时发生的错误（with 语句）。当我们使用手动 try-except-finally 时，错误就会消失。

我正在研究解决这个问题的方法，前面提到的 try-except-finally 也在讨论中。

其他人遇到过这个或有任何见解吗？

这是我们的测试功能（nosetests，但我认为这不是问题）

这是回溯：

如果我不使用with InTemporaryDir():测试工作。

我有 img/hdr 文件的列表。假设列表长度为 50，img 大小为 60*60*60。我想将其转换为大小为 (60*60*60*50) 的 Nifti1image。

通过上面的程序，我得到了我想转换为 Nifti1image 的列表。然后我尝试

但我没有工作。有人可以告诉我如何在 python 中执行此操作吗？