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r - 在带有 gamlss 包的 MuMIn 中使用疏通时出错

我已经使用 gamlss 包构建了具有先验选择的解释变量和两个随机效应的全局模型。我想在这个全局模型上使用模型选择技术,之前我使用dredge()了 MuMIn 包中的函数。然而,这主要是针对 GLMM。

我尝试在我的 gamlss 模型上使用疏通功能

但是得到这个警告。

我发现这篇最近的帖子表明它与随机效应有关,但目前还没有人给出可靠的答案。Gamlss 对象旨在与疏浚功能兼容,有谁知道如何解决/解决这个问题,或者可以建议任何其他模型选择替代方案?

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r - 使用 GAM 模型平均结果

我创建了一个具有先验选择的解释变量和两个随机效应的全局 GAM,并dredge()在此全局模型上使用 R 中 MuMIn 的函数进行模型选择。

我从模型选择表中删除了 delta AIC <2 的所有模型,以及嵌套在 AIC 较低的模型中的所有模型。

在此处输入图像描述

这在我的集合中留下了两个模型,所以我决定进行模型平均。我进行了模型平均,并在模型摘要中添加了置信区间并将其导出为 csv。可以在此处找到 csv 。

我以前做过模型平均,但只用 GLMMs 而不是 GAMS。看起来您获得多个值而不是对平滑项的单一估计。大概是因为在平滑项中没有单一的估计。

解释这一点的最佳方式是什么?我应该只在结果中显示参数项吗?在平滑项上呈现模型平均结果的最佳方式是什么?

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r - GAM 上的 Dredge 返回 logLik、AICc、delta 和 weight 的 NA 结果

我有一个具有两个平滑项和两个随机效应的全局模型。

我在 MuMIn 上运行疏浚功能,速度非常慢,即使使用 pdredge 功能也是如此。

然而,8天后,它终于完成了。但是,我只有 logLik、AICc、delta 和 weight 列的 NA。

在此处输入图像描述

我似乎无法找到挖泥机为这些列输出 NA 的原因,尤其是在模型运行良好且没有错误的情况下。

可以在此处找到数据集的副本

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r - 为什么我在使用 MuMIn Dredge 的顶级模型中有负自由度?

我一直在使用 MuMIn 包中的dredge函数对我的全局 GAM 模型(使用bam来自 mgcv 包)进行模型平均,具有先验选择的解释变量和两个随机效应和负二项分布。

我正在使用 MuMIn 的 pdredge,这样我可以提高挖泥船的速度。

顶级模型的 AIC 与其他模型大不相同,但自由度为 -23

在此处输入图像描述

这是什么意思?我是否应该忽略并删除顶级模型,因为这似乎不正确并在其他模型上进行模型平均?还是可以将其用作顶级模型?

挖泥机的完整数据集可以在这里找到,完整的数据集在这里

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r - 对 glmer 对象运行疏通时出错

我正在尝试为模型(包)运行dredge功能(包)。出现一个错误,说:MuMInglmerlme4

错误:未为此 S4 类定义 $ 运算符

任何人都可以帮忙吗?以下是模型结构:

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r - 具有 na.action=na.fail 的 lm 模型中的错误,这是 MuMIn 疏浚功能所必需的

我想运行疏通功能,MuMIn 用户指南建议使用 na.action=na.fail,否则疏通功能将不起作用

当我设置以下参数时,然后运行我的线性模型 options(na.action="na.fail")

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r - 来自包 MuMIn - 子集的 get.models 函数

我在 R Studio 中使用包 MuMIn 中的 get.models 命令。我正在处理我主管的代码,他在整个代码中都使用了子集命令。

我不明白子集 = 2 或子集 = 3 指的是什么,而且我在 MuMIn 的任何说明中都找不到它。我知道子集 = 1)[[1]] 是为了获得顶级模型。

例如

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r - 绘制平均模型(lm、glm 或 glmm)的预测模型结果

我曾经MuMIn::model.avg对几个模型进行平均*,我对绘制条件(非完整)模型平均值的预测结果很感兴趣。我尝试了ggeffects::ggpredictsjPlot::plot_model,并且都只给出了完整的模型结果。我可以得到预测的估计值predict(),它可以选择是使用完整模型还是条件模型(full = False用于条件模型)。但是,如果我声明se.fit = True要获得标准错误,那么我会收到一条警告说'argument 'full' is ignored',它会预测完整模型的结果。我也尝试使用emmeans以下这个答案,但它也使用完整模型。

*同样的问题出现在简单的线性 ( lm) 和广义 ( glm) 模型中。

有没有办法从条件平均模型及其 SE 或 CI 中获得预测结果?或者甚至更好,一种绘制它们的方法?

我不确定我的问题是统计问题(即我要问的问题不能统计完成)还是 R 问题。我希望这是第二个,但如果是第一个,我会很感激解释。

我没有添加数据,因为我认为它不相关,但如果需要,我可以这样做。所有解释变量都是因子(如您在我的 NewData 数据框中所见)。

这是我尝试的几行代码:

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gam - 具有随机效果的MuMin疏通游戏

我正在使用 MuMin 包中的疏浚函数进行具有随机效果的游戏:

下面是使用包 mgcv 中的 bam 的全局模型。随机效应是s(StationID, bs = 're')

当我在全局模型上运行疏浚函数时,随机效应会从模型的子集中删除,因为疏浚正在运行带有和不带有某些变量的不同模型选项。我对确定是否需要随机效应并需要将其作为随机效应保留在所有模型中不感兴趣。我还需要在所有模型中保留偏移项。

进行网络搜索后,我根据这篇文章https://stackoverflow.com/questions/61064080/fixed-terms-in-dredge-function-mumin-in-gam[enter link description here] 1尝试了以下操作

我尝试了以下两种方法均未成功:

我还将 bam 模型中的方法从REML更改为GCV.Cp

我对挖泥机的任何迭代都没有成功,并且在挖泥机卡盘运行时得到以下结果:

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r - 创建包含模型的 AIC 模型选择表

我一直在使用此处解释的代码:如何以 LaTex 格式在 R 中创建 AIC 模型选择表?

但是,我最近的数据集遇到了错误,我认为这与拥有大量模型项有关(我有 11 列带有模型项)

下面是我的代码:

一切看起来都很好,直到我查看一些模型看起来像这样的“mnames”:

$m19

[1]《生存~Inj*年+Trt*年+Trt*性别+Inj*Trt+》《Inj*性别+年*性别》

当我运行最后一行代码时出现此错误: Error in data.frame(..., check.names = FALSE) : arguments imply differing number of rows: 2, 113

我认为问题出在 mnames 中的“”上,但我不知道为什么会这样。我试图缩短名称以查看是否是由于大小造成的,但这似乎不起作用(尽管我可能没有将所有内容都缩短到足够的程度)。我还尝试删除'simplify.formula',以防万一,但仍然是同样的问题。关于如何解决这个问题的任何想法?

谢谢

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