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r - 不能再使用 R 中的 MuMIn 包返回 beta 系数

当使用 R 包MuMIn (v1.9.5) 和命令dredge时,beta = TRUE开关不再按预期工作。

后者返回:

使用 R v3.0.0

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r - 使用 MuMIn 使用 QAIC 对模型进行排名

我需要使用 QAIC 标准对候选模型进行排名。这是我尝试过的:

这将返回此错误:

如何使用 QAIC 对上述模型进行排名?

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r - 疏通(MuMIn 包)错误消息:“logLik”没有适用的方法

我遇到了一个错误,我无法找到任何信息,而且我还无法弄清楚。

这是一个例子:

我尝试提供非默认排名参数(例如“BIC”或“QAIC”),但得到了相同的错误消息。

这是我sessionInfo的万一有用:

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r - R中MuMIn包中的标准化

我正在使用 R 中的“MuMIn”包来选择模型并计算输入变量(rain、brk、onset、wid)的效果大小。为了使变量之间的效应大小具有可比性,我使用 package.json 中的标准化函数对它们进行标准化arm。这是我正在关注的代码:

如需参考,请参考本文附录:http: //onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1420-9101.2010.02210.x/full Grueber et al. 2011:生态和进化中的多模型推理:挑战和解决方案

这是model.avg(top.models)给出每个输入变量的平均效应大小的结果

我阅读了标准化函数的工作原理——减去均值并除以 2SD。

我的问题是:既然我已经标准化了输入变量,效果大小不应该在 -1 到 1 之间吗?或者输出显示的效果大小是否正确?

请指教

非常感谢

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r - MuMIN 包中的非标准化斜坡

在这个问题之后,我使用该MuMIN包根据信息标准进行模型平均。

创建一个包含所有变量和双向交互的全局模型:

标准化全局模型,因为变量的尺度不同

创建模型的所有可能组合

根据 deltaAICc<2 标准获得最佳模型

平均模型以计算效果大小(输入变量的标准化斜率)

变量的影响大小如下:

如您所见,我在步骤 3 中标准化了我的模型,因此我可以比较这些斜率估计值,即我可以说斜率估计值brk大于(在负方向上)rain。但是,由于这些斜率估计是标准化的,我想知道是否有任何方法可以获得非标准化的斜率?

如果我的问题不清楚,请告诉我。

谢谢

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r - 基于 R 中模型平均系数的部分残差图

我正在使用 R 包MuMIn进行多模型推理,并使用函数model.avg来平均由一组模型估计的系数。为了直观地将数据与基于平均系数的估计关系进行比较,我想使用部分残差图,类似于包crPlots函数创建的那些car。我已经尝试了三种方法,但我不确定是否合适。这是一个演示。

选项 1:使用crPlots

请注意,具有平均系数的完整版本和破解版本的 crPlot 是不同的。 crPlot 示例

这里的问题是:这合适吗?结果依赖于我在这个答案中找到的一个 hack 。除了残差和系数之外,我是否需要更改模型的其他部分?

选项 2:自制地块

情节看起来与crPlots上面制作的情节不同。 自制的例子

部分残差具有相似的模式,但它们的值和建模关系不同。值的差异似乎是由于 crPlots 使用居中的部分残差这一事实(有关 R 中部分残差的讨论,请参见此答案)。这使我想到了第三个选择。

选项 3:具有居中部分残差的自制图

具有居中部分残差的自制示例

现在我们的值与crPlots上述相似,但关系仍然不同。差异可能与截距有关。但我不确定我应该使用什么来代替 0。

关于哪种方法更合适的任何建议?有没有更直接的方法来获得基于模型平均系数的部分残差图?

非常感谢!

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r - 使用 MuMIn r.squaredGLMM 计算泊松 GLMM 的 R 平方

我正在使用 R 包“lme4”中的 glmer 使用泊松广义混合模型对一种鸟类的丰度进行建模。我的数据示例:

“abund”是每年在该点检测到的最大鸟类数量的计数数据,“point_id”是调查点的名称,“patch_area”是该点所在栖息地斑块的面积,vis_per_year 是有序的因子观察级协变量,表示一年中访问某个点的次数,“年”表示观察的年份。除了少数例外,每年每个点只有一个丰度计数(行)。

我的型号规格是:

到目前为止,对于诊断,我已经使用包“aods3”中的 gof 检查了我的模型是否过度分散,检查了随机效应的 QQ 图,并将包含我的固定效应(我只有一个)的模型与只有使用“lmerTest”中的 anova 命令的随机效应结构。该模型略微分散,并且排名高于使用 AIC 或 anova 标准的空模型。

我现在正在尝试为我的最终模型计算 R^2。我阅读了https://ecologyforacrowdedplanet.wordpress.com/2013/02/26/r-squared-for-mixed-models/上的博客条目以及随后的帖子更新以及相关的手稿,并将 MuMIn 包安装到用于计算边际和条件 R^2。但是,当我尝试使用 r.squared.GLMM(Model) 时,会引发以下错误:

另外:警告信息:

为了隔离错误的来源,我尝试在没有 point_id 和 visit_per year 的情况下运行模型,但是在不包含这些协变量的情况下会引发相同的错误。这个错误到底是什么意思 - 如何手动将观察项添加到模型中?我已经阅读了 MuMIn 的文档,但我不知道 1)错误的确切含义以及 2)如何修复它。任何帮助深表感谢。如果不提供整个数据集,我认为我无法生成可重现的示例,但是了解此错误的确切含义将对我有所帮助。

更新:

根据错误消息的建议和一些解释(感谢堆栈溢出!)我将我的个人级别效果手动添加到模型中。现在我得到一个不同的错误:

这是否意味着我的固定效应的预期 Beta 太接近于零?

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r - 从 MuMIn 中提取平均模型用于乳胶输出

我正在尝试通过or提取两个不同的平均模型,MuMIn用于输出到乳胶。我想要一张表,我可以在其中比较两个物种对不同非生物变量集的反应,这看起来与使用两个模型对象创建的一个相同texregstargazer

上面的代码适用于 glm 对象,但不适用于在MuMIn.

我尝试按照https://sites.google.com/site/rforfishandwildlifegrads/home/mumin_usage_examples上的示例输出可以输出到乳胶的文本表。

这是使用水泥数据的可重现示例:

这工作正常。但是,当我打电话时

我得到>NULL。

avg.model 是否已被弃用?还是有其他方法可以做到这一点?

我可以使用这三个调用中的任何一个来解决问题,但它们并不是我想要的。

(也就是说,我不知道如何在没有更多代码的情况下将这些对象放入乳胶中。)

在此先感谢您的任何建议。

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r - Dredge 的奇怪错误:MuMIn

我想知道是否有人可以帮助我从疏浚包的任务中解决此错误:

我看到它可能与我的 TRUE/FALSE 子集矩阵有关,但我已经仔细检查以确保矩阵包含通过调用 getAllTerms 函数返回的所有项。

这就是我如何称呼dredre

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r - 模型选择错误(gamm4)疏通功能(MuMIn R包):无法识别系列,跳过模型

我正在尝试为广义加法混合模型(使用gamm4使用 R 中的MuMIn包制作)进行模型选择。我本质上是在尝试按照这篇文献来使用 MuMIn 和 gamm4 进行模型选择。

我正在创建一个包含 9 个变量和随机个体效应的模型 - 看起来像这样:

但是当我尝试使用该dredge功能时,它会失败并显示错误消息:

这是由于 MuMIn 无法识别 gamm4 模型系列的问题吗?

完整的代码和数据可以在我的GitHub 存储库中找到,具体问题在代码gamm_analysis.R中,具体警告在第 81 行。

先感谢您