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我有一个具有两个平滑项和两个随机效应的全局模型。

mRI_qb <- gam(ri ~ SE_score + s(deg, k=7) + s(gs, k=7) + TL + species + sex + season + year + 
                s(code, bs = 're') + s(station, bs = 're'), 
              family=quasibinomial(), data=node_dat, na.action = "na.fail")

我在 MuMIn 上运行疏浚功能，速度非常慢，即使使用 pdredge 功能也是如此。

# RI dredge very slow so using parallel processing
library (parallel)
library (snow)

#make cluster - use 5 because have 6 cores, need one for other tasks
mycluster = makeCluster(5, type = "SOCK")  ## also need snow installed

#data must exported to the cluster - see 'details' https://rdrr.io/cran/MuMIn/man/pdredge.html
clusterExport(mycluster,"node_dat")

#required packages must be also loaded there
clusterEvalQ(mycluster, library(mgcv))
RI_dredge <- MuMIn::pdredge(mRI_qb, mycluster)

然而，8天后，它终于完成了。但是，我只有 logLik、AICc、delta 和 weight 列的 NA。

在此处输入图像描述

我似乎无法找到挖泥机为这些列输出 NA 的原因，尤其是在模型运行良好且没有错误的情况下。

可以在此处找到数据集的副本

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这是因为您使用quasibinomial了家庭，它没有给出对数似然，因此无法计算 AIC。您可以尝试 bam而不是gam，因为这是一个如此大的数据集。

于 2021-07-25T11:26:35.683 回答