问题标签 [mne-python]

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python - Python MNE - 从数组中读取 EEG 数据

我有以 3D numpy 数组(epoch * channel * timepoint)形式出现的 EEG 数据。timepoint 是一个 256 个元素的数组,包含每个采样的时间点(总共 1 秒,256Hz)。epoch 是一个实验性的试验。

我正在尝试将 numpy 数组导入 Python-MNE ( http://martinos.org/mne/stable/mne-python.html ) 可以理解的形式,但我遇到了一些麻烦

首先,我不确定是否应该将这些原始数据作为 RawArray 或 EpochsArray 导入。我用这个尝试了后者:

当我运行它时,我得到一个索引错误:“数组索引太多”

最终我想对数据进行一些 STFT 和 CSP 分析,但现在我需要一些帮助来进行初始重组和导入 MNE。

导入这个 numpy 数据的正确方法是什么,可以最容易地完成我的预期分析?

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python - .csv 到 .edf 或其他脑电图读取格式

我正在使用一个名为 Gtec.NAUTILUS 的 EEG 检测套件,它为我提供了 32 个 500hz 通道的二进制数据。然后将数据转换为 CSV 格式。现在我想使用 python 3.5.1 在 Microsoft Azure 中处理这些数据,但是在 MNE 库(用于 EEG 数据分析)中无法识别 CSV 文件。MNE 还支持其他格式。( .cnt , .edf , .bdf , .egi , .set ) 附加信息@: http://martinos.org/mne/stable/manual/io.html#ch-convert

我的主要问题是;- 如何将 csv 文件转换为支持的格式之一?

另外; - 如何将二进制文件转换为 mne 中支持的格式之一?(如果上一个问题是不可能的)

还; - 有人有处理 EEG 数据的经验吗?我在处理数据时犯了一个基本错误吗?

注意:我正在 MATLAB 中执行此过程以进行 EEG 数据分析,但似乎 microsoft azure 不支持它。因此,我正在尝试学习 python 的兼容性。

提前致谢。


对于那些有兴趣的人:

来自第三方开发商的免费程序:http: //www.biosemi.com/download.htm

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python - mne_browse_raw (Python MNE):如何访问用户界面?

如何访问 mne_browse_raw 的用户界面,如此链接所示?例如,当我键入命令时,

我明白了

打开原始数据文件 C:\Users\Nico\schotest_raw.fif...

未找到 Isotrak

范围:0 ... 12900863 = 0.000 ... 25196.998 秒

准备好。

添加平均 EEG 参考投影。

1 个投影项目已停用

而这个观点:

在此处输入图像描述

它没有上面链接中显示的布局的一半选项。我是否缺少一些额外的参数或其他东西,或者可能是 MNE 程序员改变了 mne_browse_raw 的布局?

在这种简化的布局中导航非常困难。

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python - Python MNE:如何计算连续小波?

Python MNE API说我应该计算连续小波

但是,当我使 X 等于原始 .fif 数据文件时,它会抛出

我究竟做错了什么?

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python - mne.RawArray 中原始数据的度量单位

我正在尝试将 EEG 数据从numpy数组加载到mne.io.RawArray对象中。数组中数据的正确度量单位是什么?伏特?

我阅读了 的来源mne.create_info,看起来单位应该是伏特。任何人都可以确认吗?

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python - Python - MNE - 无法加载 .fif 文件

我试图运行这 3 行代码:

它应该加载一个 .fif-File 它的示例来自http://martinos.org/mne/stable/index.html

当我使用他们的示例数据尝试它时,它可以工作!当我用自己的记录数据运行它时,我得到了这个错误堆栈:

我下载了“头脑风暴”,它可以说明 .fif 文件。可以显示来自 MNE 的 Sampledate。如果我尝试我的,他们不会。

:/

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python - 如何通过 MNE-Python 读取 Enobio8 设备 EGG 信号?

我目前正在从事 BCI 项目。我们从 Enobio8 设备中读取数据以及何时记录文件。该文件与文件一起保存为.easy格式.info

以下是每个文件包含的示例。

1-脑电信号.easy文件

2-脑电图信息.info文件

现在我想使用 MNE-Python 库来处理信号。我通过 Enobio8 设备网卡软件将.easy文件转换为。.edf

我的问题如下:

  1. MNE-Python 是使用正确的库还是有其他库可以处理这些类型的文件?

  2. 当我尝试通过使用读取 EEG 文件时,mne.io.read_raw_edf我应该包括很多参数,例如蒙太奇(有关更多信息,请参阅链接)如何创建这些参数,例如蒙太奇、eog 和 misc?

  3. 我必须提供所有这些参数吗?

  4. 蒙太奇文件应该是什么样的?

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python-3.x - 记忆错误!使用 mne 数据集

我正在尝试使用 mne-python 的 'visual_92_categories' 数据集,但是当我想要过滤和提取时期时,出现内存错误!我的内存是7G。我想知道是否有人可以帮助我。python 或 jupyter notebook 有内存限制吗?谢谢

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python - mne-python:读写edf文件导致运行时错误

我想编写一个 EDF 文件,但还没有找到mne可以让我这样做的函数。所以我pyedflib改用了。但是,当我尝试使用 读取我新创建的 EDF 文件mne.io.read_raw_edf()时,出现运行时错误:

RuntimeError: EDF+ Annotations (TAL) channel needs to be parsed completely on loading. You must set preload parameter to True.

我用于创建 EDF 文件的代码是来自以下位置的演示pyedflib

https://github.com/holgern/pyedflib/blob/master/demo/writeEDFFile.py

我需要在写出或读入中进行哪些更改才能mne在我的 EDF 文件上使用函数?

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numpy - 填补信号空白的最佳方法

我有一个代表多通道生物信号的 numpy 2dim 数组。该数组的维度为 20 x n_samples,其中列表示:样本数 - 16 通道数据 - 时间。

鉴于蓝牙连接,我有一些包裹丢失,所以我有信号间隙。该数组必须导入 MNE-Python 以进行进一步分析。这个库假设采样率是恒定的(假设我们必须每 4 毫秒有一个样本,它无法处理间隙)所以我尝试了 3 种不同的方法:

  1. 不要填补空白,让信号拼接在一起(MNE Python 创建一个数据等间距的结构)
  2. 用 np.nan 填补空白
  3. 用 0 填补空白

我的问题是关于我需要对数据应用的过滤。我使用 scipy.welch 来获取信号的 PSD。似乎以 nan 作为填充符的信号比原来的信号和用 0 填充的信号表现更好,但是一旦我尝试获取信号的低通和高通滤波版本的 psd,行为就很奇怪。

有谁知道最好的方法是什么?

以下是不同填充策略的 3 张图像。(上面是用 MNE 库获得的 psd,下面是用 scipy.welch 获得的 psd)。使用的滤波器是 FIR。

充满了 NAN

用 0 填充

拼接