问题标签 [mne-python]

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python - 如何提取在 MNE 中绘制的脑电图蒙太奇的 xy 坐标?

我正在结合 Python 的 mne 和 networkx 包中的工具来计算各种网络现象。在networkx中,我知道如何以字典的形式指定节点位置,例如 pos={1:(5,10), 2:(3,6)} 指定我的两个节点绘制在点 (5,10 和 (3,6)

在 mne 中,可以绘制各种蒙太奇。例如,

生成一个头部图像,其通道的布局方式与通道字母与大脑节点的对应方式、数字与半球的对应方式一致,等等。例如,F4 表示右侧额叶。

有没有办法获取蒙太奇并确定通道的 xy 坐标?如果我有这些坐标,我可以创建一个相应的字典并在 networkx 中使用它来绘制一个通道位置在解剖学上是正确的网络。

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python - 计算时代的平均值

我正在使用 MNE Toolbox 对 Python 进行脑电图数据分析。我是一个 Python 新手,我想知道是否有办法计算一个时代的平均值?“纪元平均值”是指每一个纪元,并找到它会给出的平均曲线。(英语不是我的第一语言,所以我希望很清楚)谢谢你的帮助!

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r.net - 使用 mne python 预处理脑电图数据

我有名为“Deap”的生理 EEG 情绪数据集。我想通过 MNE 分析和可视化数据,但它有自己的格式。

如何加载我的个人数据进行预处理,数据格式为 (.dat)?

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python - Matplotlib:将 axhline 添加到 Figure 对象中的子图

我需要找到一种方法来引用matplotlib.figure.Figure对象内的轴,以便将 axhline(s) 添加到其中一个图中。我正在使用 MNE 包中的plot_joint来创建带有几个拓扑图的 EEG 蝴蝶图。这些线将用于展示蝴蝶图中具有统计意义的窗口。谢谢!

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python - 在 MNE Python 中读取通道位置

我是 MNE Python 的新手,我正在使用来自 EEGlab(Matlab)的 .set 文件进行源估计分析。数据来自 EasyCaps 的 66 个通道(64 个 EEG 和 2 个 EOG),具有 10-20 个 IS。在 Matlab 中,EEG.chanlocs 正确显示了每个电极的坐标(标签、类型、theta、半径、X、Y、Z、sph_theta、sph_phi、sph_radius、urchin、ref)。但似乎我无法在 MNE Python 中读取这些位置。

关于如何从 .set 文件中读取频道位置的任何建议?或者,如何根据 EEG.chanlocs 中的坐标手动创建位置?

我也尝试使用默认的蒙太奇 10-20,只选择我使用的频道,但我无法让它工作。

我还认为我可以使用转换工具将 .set 文件转换为 .fif 文件。我检查了在线文档,但找不到这样的工具。任何想法?

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python - 从 csv 文件创建 mne 数组

ValueError: len(data) (16837) 不匹配 len(info["ch_names"]) (4)

有人帮我找到解决方案。谢谢你。

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python - 使用模板 MRI 进行 MNE 体积源估计

我想用MNE图书馆提供的模板 MRI 进行体积源估计。我所拥有的只是用standard_1020蒙太奇采样的脑电图数据。

通过参考这些文档,我成功地使用模板 MRI 绘制了源估计:

但是,这样的图不是我想要的: 在此处输入图像描述

我想要这样的图: 在此处输入图像描述

我检查了这些文档,通过使用模板 MRI 调整 EEG 正向操作员的解决方案来获得解决方案,但发现我首先必须得到volume source estimate,而不是source estimate.

我还检查了典型的 M/EEG 工作流程,并了解了工作流程的一般概念。

我想如果我不能使用模板 MRI,我想我可以使用来自 的样本数据集MNE,但我不知道从哪里开始。我阅读并阅读了文件,但找不到提示。

以下是到目前为止我发现的与我的问题相关的文件:

涵盖体积源估计的 MNE 文件

示例库

教程

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python - 无法在 MNE 中加载 EDF 数据(65 个通道而不是 64 个)

在我们的 EEG 实验中,我们使用了 64 个电极和 1 个 EOG 通道。我们正在尝试使用 MNE 包读取它,但遇到了错误。看起来 MNE 默认需要 64 个频道?

给我们这个错误:

我们如何避免它?我们是否应该自己设置蒙太奇,以覆盖预期的 64 通道蒙太奇?

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opengl - 在 VNC 上使用 Mayavi mlab 引发 OpenGL 错误

我在 python 中使用 Mayavi mlab 和 MNE-Python 环境中的 PyCharm IDE 时遇到了一些困难。我使用 xvnc 服务器从本地 MacOS 到 Linux 集群机器,通过 VNC 会话访问带有 Mayavi 和 VTK 的 Conda 环境。

打开 mlab 窗口时出现的错误是:

似乎使用 VirtualGL 来拦截 PyCharm 以实现 VTK 对 OpenGL 的调用是一种可能的解决方案。有没有人成功克服了在 VNC 会话上使用 Mayavi mlab 的问题?你的解决方案是什么?

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python - 在 Tkinter 中嵌入 MNE 图

我必须使用 MNE 库中的 plot 函数,该函数返回我的绘图的 matplotlib 图。

当我在 Tkinter 下构建应用程序时,我希望该图形出现在我的应用程序的窗口中。

我使用了这段代码。该图同时出现在应用程序的窗口和另一个 matplotlib 图中。问题是应用程序中出现的内容是静态的,它只是 matplotlib 图形的一个实例,我需要一个交互式图形。

关于如何解决问题的任何想法?