问题标签 [metafor]

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metafor - 使用 escalc() metafor 包进行元分析的错误风险比/相对风险计算

我有一个快速(如果愚蠢,我很抱歉)的问题。

我正在使用 metafor 包和这个功能:

计算相对风险。

虽然我的手动计算结果是 11.30 (log(RR)=2.425),但 escalc 函数会抛出 8.40 (log(RR)=2.13)。

实际上,我从一篇研究论文中获取了这个值,并且知道 11.30 是正确的结果,但我不知道为什么这个计算会给出 8.40。

非常欢迎任何帮助

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r - 留一,但对于 R 中的组

目标

从多个函数生成的列表中返回项目作为数据框中的行。

示例数据:

试图

至少获得正确数字并跟踪 id 列(最低要求)“f”值的东西,但我不知道如何操作:

这里有许多帖子(1234)处理在个别行而不是组上进行留一处理的正确方法。

问题

我不知道如何获得与此输出内容相同的数据框。单独解决这个问题将是巨大的。第二个问题是,即使我克服了这个问题,如果我还想要模型系数,我必须在上面的代码中替换 $aic,然后合并两个数据帧。

我知道如果我想要数据子集的结果,我可以使用 lapply 和 split,我该如何做相反的事情并通过排除特定组的子集获得结果?

概括

我想做一个留一法分析,我不遗漏个人观察,而是遗漏组(在这种情况下由矢量“f”的公共级别标识)。

附录

这实际上是为 metafor 的 rma 函数的一些输出实现的,但我使用 glm 作为更通用的示例(将“glm”替换为“rma”,将“aic”替换为“ci.lb”,这是我的问题) . 与我上面所说的类似,metafor 有一个内置的 leave1out 函数,用于遗漏单行数据而不是组。

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r - metafor 中 rma 对象的样本外预测

在估计回归模型后,通常会提取预测值。但我无法弄清楚如何做到这一点metafor::rma(

它返回 13 个拟合值(用于估计rma对象的数据中的行,而不是对象中的 25 行expand.grid(

我怎样才能对新的样本进行预测data.frame

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r - R metafor 森林图:在不更改注释大小的情况下更改汇总多边形大小

我有一个带有子分析的森林图,其中一些汇总估计超出了图限制并最终切断了汇总注释,使图看起来不太好。我不想更改绘图限制,因为有一组研究级别的估计值具有超宽 CI 和一组具有合理 CI 的估计值,我想保留这些估计值以供压缩。

我尝试了 addpoly 的变体,但没有找到令人满意的解决方案,但也许有人已经处理了这个案例: addpoly.rma(x=ma.time03, row = 1.5, transf=exp, mlab="", level=95, efac=0)

有没有一种方法可以只缩小摘要多边形,但不能缩小注释?

提前致谢!

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r - 如何在 R 中的 RMA 随机效应元分析中进行 I^2 ==0(异质性度量)?

我正在对流行病学研究进行荟萃分析。这些研究在人群、干预和分析方面非常不同,所以我使用 R 中的“metafor”使用随机效应模型进行荟萃分析。

我将研究划分为具有可比结果的亚组。5/6 看起来不错。

但是,有一个子组看起来完全错误,因为 tau 为 0,而 I^2 为 0。查看数据,我不明白为什么总异质性为 0。

绘制模型输出如下所示:

图像


因此,您可以看到置信区间较小且估计值相似的 2 个观测值 (5&3) 对样本的影响最大。其他估计具有广泛的 CI,它们都重叠。在这种情况下,我可能期望估计的异质性很低,但不是 0,当然也不是总变异性 tau。

有谁知道这个荟萃分析发生了什么?

非常感谢!

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r - 如何通过循环/自定义函数向函数添加参数?

我正在进行荟萃分析,需要分析多个主持人。我正在使用 rma.uni 函数,并且代码对于我正在测试的所有版主都将保持不变:

我想添加参数“mods = ~ x”,其中 x 是我正在测试的版主(例如 YEAR 或 AUTHOR),然后执行版主组合列表的 for 循环。

我尝试了几种不同的方法,但无法解释错误消息。

两者都给出错误:

谢谢你的帮助。

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r - 在 metafor 中添加文本时如何确定 x、y 坐标

我正在使用 metafor 包在 R 中创建森林图。我想在我的图中添加文本以使用 text() 函数创建标签。我想知道最简单的方法是确定我希望我的文本去哪里的 x,y 坐标。目前我只是猜测并看看它的外观,然后根据需要进行编辑。有没有办法在我的情节上覆盖一个网格或一些东西来指导我(然后在之后删除它)?谢谢!

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r - 如何使用 Metafor/R 去除 Forest Plot 中的预印文本?

我正在使用 Metafor 包来生成元分析,然后是森林图。当我打印我的森林图时,会自动出现一个“RE 模型”文本,如附件打印所示。尽管我使用单独的文本脚本,但我无法弄清楚如何删除“RE 模型”。我只希望我的“自己的”文本与多边形对齐。你能帮我吗?

在此处输入图像描述

首先“加载数据”,然后是我的脚本:

和我的代码

先感谢您!

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matrix - metafor 包,rma.uni,mods,模型矩阵包含字符变量

我正在尝试以 MD 作为因变量进行元回归。我想在 rma.uni 函数中添加一个数字版主(出版年份)。到目前为止的公式:

metafor::rma.uni(yi=MCID12, sei=SE12, method="FE", data=Pain,slab=paste(Pain$Author, Pain$Year), weighted=TRUE, subset=(Pain$outcomegruppe== "9"), mods =("Pain$Year") )

我总是收到错误消息:

metafor::rma.uni(yi = MCID12, sei = SE12, method = "FE", data = Pain, : 模型矩阵包含字符变量。

我的“年”veriable 绝对是数字。一旦我不使用“mods”参数,一切正常。谁能帮我解决这个问题?提前致谢!

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r - 从 Metafor 中的注释中删除上下 CI

我正在使用 Metafor 包绘制森林图,我想知道是否有人知道从文本注释中省略上下 CI 的方法,例如,其中一组是参考,结果固定为 1。

这是一个例子:

在此处输入图像描述

我只想从 Study 1 行中删除 [1.00, 1.00],只留下 1.00。

我能想到的唯一可能性是在这些顶部绘制一些白色的东西,但这会很繁琐,而且我有一个包含许多组的大型复杂情节。