问题标签 [matlab-spm]

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string - MATLAB 选择项目时考虑其名称的结尾

我必须提取 fMRI 实验的开始时间。我有一个名为“ResOut”的嵌套输出,其中包含不同的矩阵。其中之一称为“cond”,我需要它的第 4 个元素 [1,2,3, 4 ]。但我需要知道它的开始时间,就在“pict”矩阵中的项目(在 ResOut 文件中)的名称以“*v.JPG”结尾时。这是我编写的部分代码(但它不起作用):

怎么了?你能帮我解决它吗?先感谢您,

阿德里亚诺

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python - 使用 Spm1d 在 python 中嵌套 Anova。无法打印 f 统计信息和 p 值

我正在寻找一个简单的解决方案来在 python 中执行多因素方差分析。2 因素嵌套方差分析是我所追求的,SPM1D python 模块是做到这一点的一种方法,但是我遇到了一个问题。

http://www.spm1d.org/doc/Stats1D/anova.html#two-way-nested-anova

对于任何嵌套方法示例,从来没有打印任何 F 统计量或 p_values,我也找不到任何方法来打印它们或将它们发送到变量。

通过运行其中一个示例的动作,其中 B 嵌套在 A 中,并带有 Y 观察:

提供的统计显着性的唯一指示是 h0 假设是否被拒绝。

实际上,这应该足够了。然而,在科学中,科学家们喜欢认为某事或多或少是重要的,这实际上是一种废话……意义是二元的。但他们就是这么想的,所以我必须配合才能发表作品。

示例代码生成了一个 matplotlib 图,这确实有 f 统计量和 p_values !

\spm1d\examples\stats1d\ex_anova2nest.py 但我似乎无法得到任何打印它的输出。

产生输出:

所以我不知道该怎么办。显然 FFi.plot 类可以访问 p_values(使用 plot_p_values)但 FFi.get_p_values 不能!!?任何人都可以伸出援助之手吗?

干杯,K

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dicom - 无法在 SPM 中导入 dicom 图像

我有一些 SPM 无法导入的 dicom 图像,对于每个 dcm 文件,我看到以下错误:

S11956_I11604.dcm”似乎没有位置信息。

看来我的 dcm 文件没有 DimensionIndexSequence 字段。我尝试通过 dcm2nii 等其他工具将它们转换为 nii 文件。但是他们为我的整个 DCM 图像提供了一个 nii 文件,在选择帧期间,SPM 将其视为一帧。所以我无法指定“指定第一级”中需要的任何帧范围。

如果您有任何建议,请告诉我。谢谢你。

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matlab - 如何计算代表性相似度矩阵值是否显着

我是 fMRI 图像中 RSA 分析的新手。我使用 SPM 12 对我的 fMRI 图像进行预处理和一级分析,并使用 RSA 工具箱来计算我在大脑特定区域的条件的 RDM(表征相异矩阵)。现在我有每个主题的 RDM mateix 也有所有主题的整体 RDM。但是,RSA-toolbox 不报告 RDM 中值的任何 p 值或显着性检验。如何计算或确定 RDM 矩阵中的哪些值重要,哪些不重要?我使用 pearson 的 r 方法来计算 RDM。特别是,我想对可用于测试这些值的重要性的数学进行解释。

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python - 使用 nibabel 以“SPM”样式保存 nifti

我使用 python 分析了一些 fMRI 数据,现在想将我的结果保存为 niftis,然后我可以在 SPM 分析中使用它。

我的数据分数是一个 float64 形状的数组(97、115、97)。我使用以下代码保存它:

但是,当我将数据加载到 SPM 中时,我注意到原点和比例都不同于 SPM 的预期: 我的 scores.nii(上图)和标准 SPM nifti 的比较

有谁知道哪个代码会自动保存我的分数变量,其来源和大小与 SPM 期望的相同?

更新:这是 SPM 图像的标题,其中突出显示它与我自己的图像不同:

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python - 如何将 spm12 Matlab 代码转换为 python?

Spm12,基于 Matlab 编译器的 GUI 界面。它在 Matlab 应用程序中运行。源代码可在https://github.com/spm/spm12获得

我需要将整个应用程序转换为 python 语言,关于如何开始这个有什么建议吗?

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matlab-spm - 如何从使用不同文件目录获得的一级结果中提取 VOI?

我得到了fMRI数据的一级分析结果,我正在尝试做PPI,但是在提取VOI时遇到错误。我正在尝试使用脚本,但即使在使用 SPM.mat 时手动执行此操作,使用 spm_sample_vol 也会发生错误,因为 MATLAB 正在尝试查找预处理文件的路径。由于我自己没有进行第一级分析,因此我在不同的路径中获得了该数据,而不是在 SPM.mat 中的路径。

我试图在 SPM 结构中更改这些路径,我确信它们现在是正确的,但是它根本不会加载结果,错误是它无法识别数据类型。当使用原始 SPM 文件时,我编写的代码设法为每个主题保存一个 VOI.nii,一张图片,但每次都会出错。

有谁知道问题是什么以及我该如何解决?感谢您的时间!

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matlab-spm - 使用 SPM 进行脑干分割

我是 SPM 和 Matlab 的新手。我已经安装了 SPM12,带有 Matlab 版本(2019b)。除此之外,我正在使用 CAT 工具箱。我试图从 T1 加权 MPRAGE 图像中掩盖脑干。下面,您可以找到代码。

我遇到的错误如下:

没有可执行模块,但仍然存在未解决的依赖关系或不完整的模块输入。

当我运行我的代码时,我遇到了这些错误。请帮忙!

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matlab - 我的简短 SPM12 脚本似乎有什么问题 - 它应该对两个神经图 (.nii) 求和?

我不担心这个问题可能太晦涩难懂,但它就是这样!

我的脚本编写经验有限,我编写了这个脚本来将两个神经图(名称中包含“c1”或“c2”)与 SPM12 相加:

但是,由于某种原因,for 循环不断被跳过,并且每次我运行脚本时 fileName 变量都是空的。

你能发现我的脚本有什么明显的错误吗?

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macos - 在带有 Big Sur 的 Mac M1 上为 MATLAB 编译 SPM12 时出错

我遇到了一些问题,尝试在我的 Mac M1 上使用 Big Sur 安装 SPM12。我的配置是:

  • Mac M1 大苏尔 (11.3.1) - 512/16GB
  • MATLAB_R2020a
  • SPM12

我按照这里的说明

  1. 在 Matlab 上:addpath ./Downloads/spm12/; savepath
  2. 在终端:export PATH=/Applications/MATLAB_R2020a.app/bin:$PATH
  3. 在终端上(用于允许 mex 文件):sudo xattr -r -d com.apple.quarantine ./Downloads/spm12/
  4. 在终端sudo find ./Downloads/spm12/ -name \*.mexmaci64 -exec spctl --add {} \;
  5. 在终端(spm12/src)上:make distclean
  6. 在终端(spm12/src)上:make && make install它在那里崩溃:

如何让 SPM12 构建?