问题标签 [jags]

For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.

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r - JAGS:特定于单位的时间趋势

使用 JAGS 我试图估计一个模型,包括特定于单位的时间趋势。但是,问题是我不知道如何对此建模,到目前为止我一直无法找到解决方案。

例如,考虑我们有以下数据:

使用正态线性回归,我们将模型估计为:

factor(ccode)*year单位特定的时间趋势在哪里。现在我想使用 JAGS 估计模型。所以我为索引创建参数:

并估计模型,

使用以下模型文件,这就是目前错误所在:

b0鉴于我在使用代码时遇到的错误,我相当确定我定义和索引的方式是不正确的: Compilation error on line 7. Dimension mismatch taking subset of b0. 但是,我不知道如何解决这个问题,所以我想知道这里是否有人对此有建议?

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jags - dmnorm 错误“无效的父值”——从 JAGS 的 GeoBUGS 手册中复制苏格兰唇癌示例

我正在尝试复制 JAGS 中 GeoBUGS 手册中的苏格兰唇癌示例。但是,我不断从 dmnorm 函数“无效的父值”中收到以下错误。我手动将精度矩阵输入 JAGS,我知道这是可以接受的。不知道发生了什么,如果有一双新的眼睛看看会很好。下面是(希望)一个可重现的例子。

我想使用 JAGS 的一个挫折是您必须指定联合分布(通过 dmnorm),而不是在 ICAR 之前使用一堆像 BUGS 这样的条件。任何帮助,将不胜感激!

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r - For循环逆序JAGS

我试图弄清楚如何避免在不使用if语句(JAGS 中不存在)的情况下进入这个 for 循环。

换句话说,我需要这个循环不要以相反的顺序运行,即当Je[i] - 1小于 2 时。

当 时Je[i] - 1 == 1,循环仍然运行,但顺序相反,所以j首先等于 2,在第二次迭代j中等于 1。

有谁知道如何解决这一问题?

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r - 将列表的相应元素组合成向量或列表

我将使用%dopar%and foreach,我需要合并输出。

将被并行调用的函数在输出时具有一个列表,该列表对于每个调用具有恒定的长度。但是,此列表中元素的长度并不总是恒定的。

合并后,我希望结果尽可能简化,同时仍然允许我识别每个元素的来源列表(迭代)。

B/c 长度在这个更深层次上有所不同,这样的答案并不能完全让我明白。

以下是一些示例数据:

do.call(Map, c(c, list(list1, list2, list3)))给出:

do.call(Map, c(list, list(list1, list2, list3)))给出:

编辑,正确答案应该是这样的(原谅RNG):

我还应该指出,列表的元素不一定是数字——它们可以是模型输出,例如,来自jags().

Usingc使第一部分正确(相对于我想要的), usinglist使最后一部分正确。我如何获得两全其美?

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r - 混合 Pareto 和 Normal Stan 模型不起作用

我正在尝试通过 rstan 学习 Stan(因为我熟悉 R)。我试过运行一个简单的混合 Pareto 和 Normal 模型。它编译得很好(据我所知),但它无法采样,给我错误:

“(-2, 2) 之间的初始化在 100 次尝试后失败。尝试指定初始值、减小约束值的范围或重新参数化模型。

调用采样器时出错;采样未完成”

可以说我已经尝试了各种方法来参数化事物,并尝试设置初始值,但都无济于事。

我的 R+rstan 代码如下:

此示例适用于 JAGS(因此我也标记了 JAGS),我可以发布该代码是否有帮助。

顺便说一句,如果我将帕累托分布更改为额外的正态分布,它运行良好(但当然会给我一个无意义的答案)。

任何关于我做错了什么的建议将不胜感激!我担心不知何故我仍然认为 JAGS 而不是 Stan,但我找不到任何将 Pareto 模型与 Stan 拟合的例子,所以我很难交叉验证我的方法。

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r - 在 OSX Mavericks 上的 R 中安装 rjags

我正在尝试在 R 中安装包“rjags”,但遇到以下错误:

我已经在我的 Mac(运行 Mavericks)上安装了 JAGS,并且正在运行 R-3.1.2。按照本网站的建议,我已尝试使用该devtools软件包从 url 安装:

我也浏览了这个其他网站上的说明,尝试了不同版本的 JAGS 并收到相同的错误。我不知道接下来要尝试什么,并且确信解决方案很简单。有没有人有任何见解?非常感谢!

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r - 类似于 jags 中的 R "rep" 创建数组的功能?

是否有与功能类似jagsR功能rep?我想使用类似的代码创建一个数组,如下所示:

我通读了手册,但无法找到实现这一目标的方法。我知道 Stan 可能会允许这样做,但我不能使用 Stan,因为我需要对离散参数进行推断。我真的很感谢你的帮助!

这个问题也发布在JAGS 帮助论坛上

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parameters - 估计 JAGS 中的未知响应变量 - 无监督学习

我正在尝试根据COV已知分布参数估计百分比覆盖率 ( ) 的响应值。我可以通过在 OpenBUGS 中将响应数据指定为 NA(例如下面的代码)来做到这一点,但 JAGS 不允许这样做。有谁知道我如何在 JAGS 中实现这一目标?

我认为这属于“无监督统计学习”的范畴

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r - 如何在 R 中保存 Coda 对象

我不确定如何在 R 中保存 coda (mcmc.list) 对象。其他人也问过类似的问题,但我发现给出的答案并不是特别清楚。理想情况下,我想将 coda 对象保存为 R.data 文件或文本文件(例如 csv),这样我就可以重新导入它并分析 JAGS 链,而无需重新运行模型(大约需要 30 分钟)我的电脑)。现在我的尾声对象“coda.samples”看起来像这样:

如您所见,它是三个矩阵的列表,其中包含 1094 个参数的 3334 个估计值(即 3 个长度为 3334 的链)。我想存储这个 coda 对象,这样我就可以将它调用回 R 中,而不必每次都重新运行模型。我还想保留三个独特链的事实。

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jags - 使用按比例逆向愿望图的 Jags 中的有序 Probit

我正在尝试使用以下代码(改编自 Gelman 和 Hill 的书中给出的代码)来估计 Jags 中不同的系数/截距有序概率模型。但是,它给了我一个“在初始化时观察到的节点与未观察到的父母不一致。尝试设置适当的初始值”。我哪里错了?有人可以帮我吗?提前致谢 !!