问题标签 [jags]

我试图估计当动物被移除并且检测时间和空间发生变化时，在多个观察期内从 n.sites 检测到动物的概率。如果我在 5 个观察期内做这样的事情，它会起作用：

时间 2 的概率取决于时间 1 的概率，时间 3 的概率取决于时间 1 和时间 2 的概率。如果我只在 5 个时间段内执行此操作，那么写起来没什么大不了的这个出来。但是当我得到 10、15、20 多个时间段时，写出来是相当混乱的。我觉得应该有一种方法可以编写此循环而无需输入每个步骤，但我就是想不出该怎么做。也许附加索引或其他控制语句或电源功能。如果 p[i] 在每个 jth 观察中都相同（即 p[i,1] = p[i,2] = p[i,3] 等），它将是：

任何建议将不胜感激。

这是 BUGS 语言代码。我在 R 中工作并通过 rjags 包将代码发送到 JAGS。BUGS、R 或伪代码将适合我的目的。

这是模拟问题的R代码：

谢谢你的帮助。担

我只有 2 个核心 CPU，所以逻辑上我只想为jags.parallel. 不幸的是，当我尝试它并且链数为 3 或 4 时，jags 失败并出现错误：

res[[ch]] 中的错误：下标越界

是否不允许使用更少的线程数（比链数）？

我在文档中没有遇到过这样的声明。无论如何，当您的 CPU 只有 2 个内核时，在 4 个线程/集群中运行 4 个链是没有意义的！线程将争夺 CPU，缓存不会得到最佳使用，结果将比仅使用 2 个线程慢得多。

完整代码：

Is there any way to save a jags.model() object into a RData or txt file ?

To perform MCMC on a better computer, I have to save my model on one and using it in a new workspace. But I've some difficulty to use "save()" and "load()" function on R. Thanks for your advices.

Added:

I tried:

jags <- jags.model('regression.bug', data = my.data, n.chains = 4, n.adapt = 1000)

Then I would like save "jags"

save( jags , file="jags.RData")

It's look like if it's saved. But, when I try:

ld.jags <- load( "jags.RData" )

ld.jags

[1] "jags"

And I don't know How I could use "ld.jags" to perform my analysis.

我想在 jags 中创建一个临时变量，但它不像在 R 中那样工作

给出错误，因为index变量只被定义一次。所以我不得不用以下丑陋的方式写它：

有没有办法可以在 jags 中创建临时变量？

我对当 n = 0 时如何解析“for (i in 1:n)”中的 for 循环序列感兴趣。1:n 是否给出 c(1, 0)，因此 for 循环针对索引 1 和0，还是跳过for循环？

一个例子：假设我有来自 10 个组的观察，我有默认和特殊观察，我分别用正态分布和 t 分布建模。每个组可以有两种类型的观察，或者只有默认的，或者只有特殊的观察。是否可以通过这种方式设置模型：

谢谢！

交叉发布于：https ://sourceforge.net/p/mcmc-jags/discussion/610037/thread/d13fd9a2/

我正在尝试使用该runjags包运行 JAGS 并生成自定义图 - 更改链的颜色（完整的模型代码在问题https://stats.stackexchange.com/q/62006/5509中）：

但似乎不可能更改绘图参数。在 ?runjagsclass他们写道：

plot 方法生成迹线和密度图（请注意，这些是预先绘制的并存储在 runjags 对象中，因此通常的点阵或绘图函数选项不可用）。

这似乎已经在run.jags通话中制作了情节！但这似乎也不允许更改绘图选项。

问题：

1. 如何更改绘图参数，例如链色？

2. 他们为什么要在run.jags已经创建情节？通常设计良好的应用程序会将逻辑（模型计算）和输出分开。有什么特别的原因吗？

我正在尝试使用新包runjags运行 JAGS ，因为R2jags 有一个错误（完整的模型代码在问题https://stats.stackexchange.com/q/62006/5509中）：

它作为一个魅力，但这个包的缺点是函数runjags返回的对象run.jags已经与准备好的图表和输出捆绑在一起并且太大了。只是为了比较，对应的 .Rdata 文件的大小（2 条链，每条链保存 500 次迭代，总共 1000 次迭代）：

• runjags对象 - 1.2 MB
• R2jags对象 - 212 KB
• mcmc.list对象 - 33 kB

该runjags对象是巨大的，但我必须存储它以便以后能够runjags在模型上使用接口。

这个问题的任何解决方法？

我最近开始使用 JAGS 并在 R 中调用它。我终于用代码将 jags 链接到 R

并得到了输出

我还将 JAGS 模型数据以 BUG 格式保存在单独的文件中（就像我被教导的那样）。

当我尝试运行我的数据时，我不断收到错误消息：

和

我错过了一些关键的步骤吗？

编辑：例如问题的代码

JAGS 型号：

我正在尝试截断确定性节点 ，theta.t以确保其值介于 0 和 1 之间。我试图通过T(0,1)在第 6 行末尾使用来解决这个问题，但这不起作用，而且我不是确定如何使用~ dinterval()来解决这个特定的问题。

我正在使用 JAGS 3.3.0 和 R 3.0.2。

这是我的代码：

提前致谢！

假设我们使用 JAGS（或 WinBUGS）拟合贝叶斯线性混合模型，输出对象是否包含模型残差？我们怎样才能找到残差？

谢谢！