问题标签 [jags]
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r - 这个 JAGS 错误是什么意思?“切片器出错:当前值与数据不一致”
我正在使用通过 rjags 和 R2jags 链接的 JAGS 和 R,以适应一系列模型。除了一个特定潜在变量的维数外,这些模型都是相同的。(如果需要,我可以提供更多细节。)
当我运行 R 脚本时,第一次迭代执行没有问题。但是当脚本到达第二个模型时,它会像这样崩溃:
我找不到有关此错误的任何文档。这是什么意思,我该如何解决?谢谢!
r - dinterval() 用于区间删失数据?
我是 JAGS 的新手,正在尝试了解 dinterval() 如何在 JAGS 中用于审查数据。我正在对粗略数据进行建模,其中每个数据点只有上限和下限(不是真实值)。这是我认为它应该如何工作的一个简单示例:
每个点的一些上限和下限:
编写模型的函数(假设数据来自具有共同均值和方差的法线):
jags 调用的一些函数和分配:
并运行模型:
当我运行它时会发生什么?
1) 我对 mu 的估计在 15 左右徘徊在 0 左右
2) 如果 DIC=TRUE,它将不会运行:
错误:“jags.samples 中的错误(模型,variable.names,n.iter,thin,type = “trace”,:无法为节点偏差设置跟踪监视器
我确信我在做一些愚蠢的事情,如果有人能帮助我走上正轨,我将不胜感激。
r - 为什么这个模型返回不同的样本
我正在使用 Jags,并且我定义了两个不同的模型来估计参数 theta。为什么这两个模型返回不同的 theta 1 和 theta 2 样本?有人可以帮助我吗?
提前感谢您的帮助。迪奥戈·法拉利
r - 如何使字符向量的内容看起来像 R 中的文件?
jags.model
需要一个包含 BUGS 模型的文件名作为其第一个参数。为了在一个脚本中包含所有内容,我有时会使用writeLines
命令将 BUGS 模型写入文件。例如,
但是,如果我可以选择,我真的不希望创建该文件。
有没有办法在 R 中创建某种包含文本的虚拟文件?
我在想可能有某种方法可以使用 R 连接以某种方式将字符串写入变量以模仿文件的特征。
我在想的粗略伪代码:
r - 如何使用 plot.mcmc 将垂直线添加到后密度图?
我经常在具有已知参数的模拟数据上运行 JAGS 模型。我喜欢对象的默认绘图方法mcmc
。但是,我想abline(v=TRUE_VALUE)
为每个建模的参数添加一个。这可以让我快速检查后验是否合理。
当然,我可以手动执行此操作,或者可能重新发明轮子并编写我自己的函数。但我想知道是否有一种基于现有方法的优雅plot
方法。
这是一个工作示例:
我只想abline(v=100)
为 mu 和abline(v=15)
sigma 运行类似的东西。当然,在许多其他示例中,我将有 5、10、20 个或更多感兴趣的参数。因此,我对能够为命名参数提供真值向量很感兴趣。
我看过了getAnywhere(plot.mcmc)
。修改它是一个好方法吗?
jags - jags / bugs 的 emacs 语法高亮
是否有颜色突出显示锯齿和错误模型文件的软件包?我安装了 ESS,但它似乎无法识别开箱即用的 .bug 文件或 jags/bugs 语法。
r - 如何将 mcmc.list 转换为 bugs 对象?
我正在使用rjags
R 库。该函数coda.samples
产生一个mcmc.list
,例如(从example(coda.samples)
):
但是,我想使用plot.bugs
需要一个bugs
对象作为输入的函数。
是否可以将一个对象从一个对象转换mcmc.list
为一个bugs
对象,这样plot.bugs(LINE.out)
?
请注意,在 stats.SE上有一个类似的问题,一个多月以来一直没有答案。这个问题有一个赏金,于 2012 年 8 月 29 日结束。
更多提示:
我发现 R2WinBUGS 包有一个函数“as.bugs.array”函数 - 但不清楚该函数如何应用于 mcmc.list。
winbugs - 当指定老化和细化时,JAGS/BUGS 节省了多少次迭代?
我有一个关于在 JAGS 和 BUGS 中运行模型的详细信息的快速问题。
n.burnin=5000
假设我使用和运行n.iter=5000
模型thin=2
。这是否意味着该程序将:
- 运行 5,000 次迭代,并丢弃结果;接着
- 再运行 10,000 次迭代,只保留每秒的结果?
如果我将这些模拟保存为一个CODA
对象,是全部保存了 10,000 个,还是只保存了稀疏的 5,000 个?我只是想了解使用哪组迭代来制作 ACF 图?
r - 在 R 中保存 Jags/Winbugs 输出
我在 R 中运行 Jags/Winbugs,效果很好,但我无法将输出保存到文本或 csv 文件(两者都可以)
我需要的是一种保存输入时出现的输出的方法:
当我尝试 write.table 时,它给出以下错误:无法将类“错误”强制转换为 data.frame
if-statement - 根据 WinBugs/JAGS 中的 if - else 条件选择不同的分布
我正在尝试编写一个 Winbugs/Jags 模型来建模多粒度主题模型(正是这篇论文-> http://www.ryanmcd.com/papers/mg_lda.pdf)
在这里,我想根据特定值选择不同的分布。例如:我想做类似的事情
这可以在 Winbugs/JAGS 中完成吗?