问题标签 [jags]
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r - Runjags - 如何让 JAGS 决定适应阶段?
我正在使用Runjags包run.jags
的功能。问题是即使对于不需要它的模型也会强制适应阶段。我想让 JAGS 自己决定适应阶段的必要性和默认长度(有些模型确实需要适应阶段,有些则不需要)。然而,即使对于显然不需要它的模型,包装器也会强制自适应阶段默认为 1000 次迭代。run.jags
run.jags
可重现的示例来说明此问题:
现在,如果您查看输出 R2jags::jags,这个模型实际上不需要适应并且调用adapt
什么也不做,可能是因为让 JAGS 决定它(更多信息在这里)。而run.jags
强制对此模型进行(不必要的)调整,因此需要更多时间来运行。它为适应进行 1000 次迭代,然后为老化进行 1000 次迭代,然后为样本进行 1000 次迭代:
如何让 JAGS 在运行时决定适应阶段run.jags
?
抛开注意:请不要混淆适应和老化阶段,在 JAGS 中是不同的。适应阶段实际上并不像 MCMC 那样工作,并且对于某些模型来说它是不需要的(这就是为什么这个 bug只是有时出现的原因)。
r - 使用 JAGS 的多协变量泊松回归:如何简化模型
我有一个索赔计数数据集,其中 y 作为索赔计数,16 个协变量,即 x1 到 x16(由 0 和 1 组成),我将其排列在一个名为 X 和 E 的设计矩阵中作为曝光(也称为偏移)。我正在尝试使用 JAGS 将泊松回归拟合到这个数据集。我为模型部分编写的代码如下:
}
我的问题是,1)如何将 X 和 beta 作为矩阵乘法来替换 log(lambda[i]) 右侧的冗长方程 2)如何将先验简化为单行?
winbugs - How can I integrate prior with data exactly?
I was told to use Bayesian inference instead of working only analytically with polling data. However, I have a problem; I have a small dataset with guesses about prior distributions for the parties, and I have data from polls. How can I obtain marginals from Gibbs simulations?
r - R中的贝叶斯ANCOVA通过锯齿
我正在尝试使用 JAGS 实现考虑 R 中的异方差性的贝叶斯 ANCOVA。然而,尽管阅读了贝叶斯简单回归和方差分析的几个教程,我还是不明白如何为 JAGS 准备文件。到目前为止,这是我的代码:
r - 如何从 mcmc RJAGS 中提取数据
我正在运行以下模型,在该模型中我对每个投票周进行了测量。它为每一方产生超过 100 个 alpha 向量。可能的问题是,我如何以可以绘制折线图的方式储存它们?
constraints - JAGS/Winbugs 中的参数约束
我正在使用多项式模型(我有 4 种模态),我想估计模型的所有参数(6 个参数,因为我有 2 个参数用于前三种模态)。我设法做到了。我现在的问题是我想对参数添加一个约束,以便我的第一种模态的概率随着我的协变量而降低x
。
因此,我计算出我需要:
我正在使用runjags
使用 JAGS 的 R 包。我希望每个样本都遵守这个约束。有可能这样做吗?
通常我使用 C/C++ 库,在每次迭代中,如果条件不满足,我会检查条件并重新采样此迭代的所有参数。但我找不到如何使用 JAGS 来做到这一点(出于协作原因,我不能使用 C)。
这是当前代码:
提前感谢您的帮助,
最好的
r - 使用 JAGS 的贝叶斯广义泊松的零一技巧
我正在使用 0-ones 技巧将计数数据拟合到 JAGS 中的广义泊松分布。我正在遵循“使用 WinBUGS 进行贝叶斯建模”一书(第 286 页)中的代码。这是我的代码:
}
当我运行模型时,我得到了这个错误:
我仍然不明白 zeros[i] 有什么问题。请启发我。提前致谢。
winbugs - 用 BUGS/JAGS/STAN 语言定义新的函数和分布
我是一个非常新的统计分析世界,最近对 BUGS/JAGS/STAN 建模语言产生了兴趣。真正让我吃惊的是,我没有看到任何定义新函数或分布以避免代码重复的例子。例如,假设我经常使用泊松分布的平方,是否有以下方法?
然后稍后
无需每次都定义一个新的临时变量。
r - JAGS 中 R 的 NA 的逻辑测试
什么是锯齿相当于 R 的is.na()
?我正在使用 r2jags 将 R 数据对象传递给 jags,在我的 jags 模型中,我想测试一个向量的元素是否包含 R 的 NA 值的等价物。我不知道当 R 说一个元素是 NA 时,jags “看到”了什么。
r - 错误消息 JAGS 子集超出范围
我试图在 R 中调用以下锯齿模型:
这是一个分层模型,其中 ficon 是一个 0-60 的连续变量,可能具有不同的平均值或按国家/地区的分布。N = 总观测数 (2244),J = 国家数 (34)。运行此模型时,我不断收到以下错误消息:
这段代码之前工作过,但现在不工作了。我认为问题是只有 34 个国家,这就是为什么它卡在 i=35,但我不知道如何解决这个问题。欢迎您提出任何建议!
我用来调用模型的 R 代码: