问题标签 [graphml]

我正在通过制作标签网络来分析博客网络（博客之间的边缘共享公共标签，权重=共享标签的数量/标签的总数。图中大约有 10000 个节点。我需要转换将原始数据转换为 GraphML 格式，为此，我正在使用 python networkx。但它内存不足。我是 python 新手，所以谁能告诉我我在这里做错了什么。（或者是硬件问题?我的系统是i3，3GB内存）

我使用了 boost 图形库并从 graphml 中读取了一个图形，例如：

我有以下 C++ 函数：

我怎样才能提取每个节点的id，resp。关联 boost vertex_index 和“id”-graphml-tag？

或者，我如何识别或映射我的提升图结构中的顶点到我的 GraphML 文件中的顶点？

我有一个 GraphML 文件，我必须在网页上显示它并使用 JavaScript 更改显示属性（例如更改节点、边缘等的颜色）。

可能吗？

如果有任何 JavaScript 库可以在网页上加载、解析和绘制 GraphML，请告诉我。

如何将以下图形输出到 graphml？

I am trying to read in a graphml file of my facebook network into NetworkX. However, because some of my friends have unusual characters, such as accents, their names are unable to be read into networkx.

I ran the command:

I then get the error:

TypeError: int() argument must be a string or a number, not 'NoneType'

I looked at the graphml file in Sublime Text, and it seems to have trouble with names, such as Andrés

I then looked at the graphml file in Gephi to see what it looked like. The name, Andrés, in Gephi looks like:

Andrés

When I export the data without making any edits into a separate graphml file, and try to read that file in, I get the error:

UnicodeEncodeError: 'ascii' codec can't encode characters in position 7-8: ordinal not in range(128)

When I delete the problem names in Gephi, then the file reads fine.

I am not sure if there is some way to edit my original graphml file to fix the names with unusual characters.

I have looked at this page: Graphml parse error But, I could not figure out if my graphml file is in UTF-8 or needs to be in UTF-8 or needs to be in ASCII?

I have also tried:

But, this gave the error:

UnicodeEncodeError: 'ascii' codec can't encode characters in position 8-19: ordinal not in range(128)

How do I resolve this error?

我对持久化单个有向图很感兴趣。这个问题不是要求一个全面的图形数据库解决方案，而是一个我可以用来保存和单个任意有向图的文档格式。 我不知道哪种表示法和文件格式是最明智的选择。

我主要担心的是：

1. 表现力/灵活性——我希望能够表达不同类型的图表。虽然标准用例是一个简单的有向图，但应该可以表示树、循环图、多图。作为最低要求，我希望支持边缘和节点的标记和加权。用于描述higraph和边缘组合/超边缘的符号也是非常可取的，尽管我知道这样的解决方案可能不存在。

2. Type System-Independence - 我对表示图形的结构质量很感兴趣。一些解决方案包括用于类型化边和节点的可扩展类型系统（例如RDF / OWL）。如果有明确定义的类型元素到基元（节点/边缘/属性）的规范分解，我只会对这种表示感兴趣。我在这里试图避免的是等价图的多种表示的能力，其中等价是不可辨别的。

3. 规范表示- 应该有一种机制可以规范地表示图（以这样一种方式，可以使用规范表示的词汇等价来确定等价）。

4. Presentation Independent - 我更喜欢不依赖于图形表示的符号。这将包括空间方向、颜色、字体等。我只对表示数据感兴趣。我不喜欢DOT 语言、DGML或SVG（至少对于这个特定目的）的一个特性是对视觉表示的关注。

5. 标准化/开放/兼容- 我必须做的实施工作越少越好。如果格式是标准化的并且已经存在用于处理该格式的可靠工具，那么它是更可取的。伴随这一要求的是另一个要求，即格式应该是高度兼容的。微软 DGML的专有性质是我厌恶的一个原因，尽管 Visual Studio 工具和我主要使用 .NET（现在）工作的事实。W3C 发布 RDF 标准的事实是考虑将有限的 RDF 子集作为表示工具的动机。我也很欣赏GXL和GraphML，因为它们具有良好记录的 xml 模式，从而促进了将其数据与任何 xml 兼容的软件包集成的能力。

6. 简单/可读性- 我欣赏人类可读的语法和易于解释。我也很欣赏简化解析的表示。出于这个原因，我喜欢GML，但我担心它不够主流，无法成为现实的选择。如果 JSON 或 YAML在表示复杂（非 DAG）结构的能力方面不受限制，我也会考虑使用JSON或YAML 。

7. 效率/简洁表示- 值得考虑的是，无论我最终选择什么格式，都不可避免地必须通过某些网络进行持久化和传输。因此，文件大小是一个相关的考虑因素。

概述

我认识到我很可能无法找到满足我愿望清单上所有标准的解决方案。我只是要求最接近我想要的文件格式，并且不会限制不受支持的用例的可扩展性。

是否可以使用 Java 在嵌入式 Neo4j 中将数据库作为 GraphML XML-File 导入？我尝试运行以下脚本但没有任何成功：

我无法使用此处描述的脚本引擎

还有另一种导入 GraphML XML 文件的方法吗？

最好的问候马克斯。

我有一个 GraphML 图形文件。这是一个大文件。当我尝试在 Gephi 软件中打开此文件时，出现错误消息“jvm 创建失败”。我已经通过编辑其配置文件将大小增加到 1400mb。但再次出现该错误消息！

我该如何解决这个问题？或者是否有任何软件可以打开 GraphML 图形文件？

可能是一个愚蠢的问题，但我在网上找不到任何答案。我的应用程序从自定义文件中读取拓扑结构并从中构建 boost::graph。我正在转向更标准的 graphml 表示。我可以使用 vertex_descriptor 作为键来读取/写入节点属性，同样我可以将 edge_descriptor 用于边缘属性，但是图形属性呢？在 graphml 文件中读取它们时，它们将关联到哪种键类型？

为了解释我的疑问，这是我必须定义图形并读取 graphml 文件的代码：

请注意我如何创建新的关联映射来存储对图形定义有用的属性（例如，当我构建它时）但不值得在整个图形生命周期内存储在每个节点/边中。现在，其中一些属性与整个图相关；例如，我可以在 graphml 文件中定义类似

如何定义所需的 property_map 并将其添加到 dp 以便正确解析这些信息？

我是编程、Python 和 networkx 的新手（哎呀！），并尝试将四个 graphml 文件合并为一个并删除重复的节点，遵循这里的优秀说明

但是，当有四个文件要比较而不是两个时，我无法弄清楚如何跟踪重复节点。我在下面编写的代码不起作用，但您可以希望看到我的想法是错误的并帮助我。