问题标签 [graphml]

我使用 R 编译了一个包含数千条推文的数据集。

数据集基本上如下所示：

现在我想将此数据集导出为 Gephi 支持的图形格式（请参阅Supported Graph Formats - Gephi）

每当“作者”在文本中提到@user 时，都应该有从作者到用户的直接链接。在上述情况下，结果应该是这样的：

作者1->@User2

作者1->@User3

作者2->@User1

作者2 -> @User3

如何操作我的数据集并将其导出为 Gephi 支持的图形格式？

如果可能，我更喜欢 GEXF 或 GraphML 格式。如果那不可能，我也可以使用 csv 或电子表格。

我整晚都在考虑解决这个问题，并朝着正确的方向迈出了几步（至少我希望如此）。但我需要你的帮助。

如上所述，我基本上有以下数据集：

我想将它导出为 GEXF 格式以在 Gephi 中使用它。

有一个用于将 r 数据导出到 GEXF 的 ar 包，称为 rgexf（参见https://bitbucket.org/gvegayon/rgexf/wiki/Installation）。要使用write.gexf包的功能，我至少需要两件事：

1）网络中所有节点的矩阵（在我的例子中，作者、用户和主题标签）

2）这些节点之间的所有边的矩阵（即作者和用户之间的连接以及主题标签）。

在我的 Twitter 数据中，作者从不打印“@”，尽管他们也可以是“用户”。所以我首先要为作者添加“@”，以避免重复节点。

然后我需要一个矩阵，由我网络中的所有节点（即作者、用户和主题标签）组成。根据此示例，输出应如下所示：

然后我需要这些节点之间所有边的矩阵。根据此示例，输出应如下所示：

最后，我只需要把这两件事放在一起：

获取以下文件：

但是如何从上面的示例中自动提取节点和这些节点（边）之间的关系并将它们写入两个矩阵？

没有人知道如何解决我的问题吗？

我试图弄清楚如何从我的示例中提取节点（即作者、用户和主题标签）并将它们保存到 data.frame（我相信有一种更短、更优雅的方法来做到这一点！）：

但是我怎样才能为边缘构建一个 data.frame 呢？

必须有一种方法可以编写一个函数，该函数会自动检查作者是否逐行提及用户和/或主题标签，并使用作者、用户和主题标签的 ID 将结果写入新的 data.frame。每个连接都应显示在两列中：源和目标 (1,2)。

我有一个显示电影列表的 XML 文件。每部电影都有一些元数据来描述情节、演员、导演等。这是示例结构：

我必须创建一个 XSL 样式表来将此文件转换为一个 graphml 文件，该文件显示演员与电影的关系，其中节点是电影，如果演员出现在连接的电影（节点）中，则存在两个节点之间的边。这里有一个例子：

这是列出节点的 XSL 片段：

提前感谢您的答案。

我从 wolfram mathimatica 保存了一个 .gml，有没有人有如何加载文件并在网页上显示的示例？我目前正在处理 d3，另一种语言会更合适吗？

谢谢。

我正在使用 NetworkX 1.9.1。

我有一个需要按位置组织的图表，然后导出为 graphml 格式。

我已经尝试过这个问题的代码。它不起作用，这是我的示例

这是我得到的错误，问题是如何保存位置（graphml 不接受数组）。

我的印象是，我最好将位置定义为 2 个单独的节点属性 x 和 y，并分别保存它们，以 graphml 格式为它们中的每一个定义一个键，如下所示。

但是，我对 Python 不是很熟悉，在我来回迭代弄得一团糟之前，我想听听您的意见。

谢谢。

我正在以 graphml 格式保存带有节点位置的图。

我想加载它并将其节点绘制在与以前相同的位置。graphml 文件中保存的数据由原始类型组成，而用于mathplotlib绘制图形的数据是一个字典{string: array([x, y]), dtype=float32}，其中array最有可能是一个numpy数组。

我正在使用 NetworkX 1.9.1，这是我的代码。我猜这个问题可能是由于混乱的迭代。另外，我不能从头开始构建用于绘制位置的结构。

这是一个用于导入的测试文件

我正在尝试在 Neo4j 2.2 中使用 export-graphml 函数。我已经下载了 neo4j shell 工具并将其解压到 lib 目录中。我能够将整个数据库导出为 graphml 文件。但是，如果我尝试使用查询导出子集，则会收到以下错误：

服务器线程发生错误；嵌套异常是：java.lang.NoSuchMethodError: org.neo4j.cypher.export.CypherResultSubGraph.from(Lorg/neo4j/cypher/javacompat/ExecutionResult;Lorg/neo4j/graphdb/GraphDatabaseService;Z)Lorg/neo4j/cypher/export/子图；

我使用的语句是：

我用不同的选项（-r，-t）尝试了不同的变体，但没有奏效

我下载了最新版本的shell-tools_2.2。我没有找到 lib 目录，但我将文件提取到 bin 文件夹中。遵循此处显示的所有剩余说明。当我运行 neo4j-shell 并尝试导出 graphml 时，出现以下错误

未知命令'export-graphml'

还尝试了Mel18 的语法并产生了相同的效果。帮助命令似乎没有显示有关 export-graphml 的任何其他命令。你有什么建议？

Neo4j 社区 2.2.0 Win 7

我最近发现了一个 .graphml 文件，但不知道如何从命令行打开它。我是否需要安装一些东西才能从命令行在 ubuntu 中查看此类文件？我尝试了谷歌，但找不到与该主题相关的任何结果。

什么是标准图形表示文件格式或其他最常用的格式？我会说这三个之一：

• 图森
• GEXF
• GraphML

但如果有人能指出他们每个人的优点/缺点，那就太好了。

我按照文档将数据从 Neo4j 迁移到 OrientDB

out.graphml 文件包含标签、类型和属性信息。以下文件的片段。

获得graphml后，我尝试将其导入OrientDB

我们可以看到 FacebookUser 的类名，但是当我们查看它的信息时，它没有列出任何属性。

将其导入 OrientDB 时有什么遗漏吗？

谢谢！