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如何使用“graphml”文件作为输入在 graphvis 中绘制图形。
我知道为此目的，但是当我尝试从命令提示符运行此命令时，我收到此graphviz消息graphml2gv
cvtgxl: not configured for conversion from GXL to GV

我正在尝试将我的有向图导出为 networkx 中的 graphml 格式。这是networkx中的图形代码和我得到的错误：

错误：

我正在使用 jruby-1.7.6 和 neo4j 2.0.1。

有一个Pacer Gem和pacer-neo4j gem提供

可用于将 GraphML 文件导入 neo4j。

如何处理 GraphSON 文件？有哪些其他选项是仅通过 ruby​​ 将 GraphML 文件导入 Neo4j 的方式？

我有一些相当大的 .graphml 文件（~7GB），我想使用 NetworkX 对这些文件运行一些算法。每当我尝试阅读这些graphml文件时：

我得到以下输出：

我假设发生这种情况是因为我的计算机在尝试打开文件时内存不足，但我想知道，有没有办法处理大型 .graphml 文件并仍然使用 NetworkX？

我已经非常习惯于 NetworkX 并发现它很有用，所以如果有针对大型 graphml 文件的某种解决方法，我将不胜感激。

考虑 GraphML 中的这个简单的二分图：

现在考虑这个 R 会话：

虽然图形对象看起来不错：

我的 igraph 版本 0.7.1抱怨：

这是为什么？简单的图表似乎是先验有效的。

我正在使用 JUNG 构建一个 Graph，然后使用 GraphMLWriter 写出到 GraphML。使用addVertexDataandaddEdgeData方法，我可以将<data>标签输出到 XML。

例如，我可以得到以下信息：

通过使用添加变压器addEdgeData

有没有办法让我将 XML 属性添加到边缘节点本身，例如获得以下内容？

我希望图中节点的大小取决于计算的顶点的中介中心性。如何才能做到这一点？

我当前的代码如下：

如何将“x”设置为取决于节点的中间中心性的顶点大小？

我想在 yEd 创建的 graphml 文件中获取所有节点和一些属性（例如标签名称）的列表，而不管它们在图中的位置。这已经部分处理了（在 python 中使用 networkx 处理 XML 文件和如何使用 lxml 迭代 GraphML 文件），但是当您在 yEd 中“分组”节点时没有 - 而且我在分组中有很多分组。

尝试了 networkx 和 lxml，但没有使用建议的简单方法获得完整的结果集 - 关于优雅的解决方法以及使用哪个库的任何建议，而不是递归地遍历树并识别组节点并再次向下钻取。

例子：

当您有分组时，使用 networkx 的非常简单的图形的示例输出：

对于我的硕士论文，我必须做一些网络分析。起初，我使用 Java 将我的推文数据重组为具有边缘和顶点属性的边缘列表。

将 Java 创建的 csv 文件导入 RI 后，从边缘数据中创建顶点数据框，最终使用 igraph 包构建图形。

用 write.graph 保存图形后，我需要在以后再次导入它。使用 read.graph 最初导致数据不是正确的 UTF-8 错误（类似于Graphml parse error），所以我通过使用 iconv() 防止了这种情况。

现在我收到错误：

显然我在 graphml 文件中有无效的 XML 字符。我首先尝试通过在我的 Java 程序中使用 replaceAll() 来防止无效字符，该程序应该在重组过程中删除这些字符，但是我发现的所有正则表达式都没有帮助。一个表达式将错误转换为 char 值 16 而不是 3，但不幸的是我再也找不到它了。

有人可以给我一个匹配所有可能的无效字符的表达式，分别防止上述错误吗？

这是我的重构数据的 Java 代码：

egde 列表通过另一种可能不太重要的方法以 csv 格式写入文件。

我将边缘列表转换为图形的 R 代码（我缩短了演示目标的路径）：

引发错误的 R 脚本：

谢谢你的帮助！

JGraphT 有一个 GraphMLExporter，可以将图形导出到 GraphML 文件。似乎没有 GraphMLImporter。

有没有一种简单的方法可以从 .grphml 文件在 JGraphT 中生成图形？