问题标签 [ggally]

这是上一个问题的编辑版本。

我们得到了一个m x n表，其中包含m个变量（基因等）的n 个观测值（样本），我们正在研究每对观测值之间的变量行为 - 例如，具有最高正值或负值的两个观测值相关性。为此，我在 Stadler 等人中看到了一张很棒的图表。自然论文（2011）：

这里可能是要使用的示例数据集。

我已经测试过产生这个gpairs(samples)的包。gpairs这是一个好的开始，但无法将相关系数放在右上角，也无法将密度图放在下角：

接下来我使用ggpairs(samples, lower=list(continuous="density"))了包GGally（感谢@LucianoSelzer 在下面发表评论）。现在我们在上角和下角有相关性，但是我们缺少对角线条形图，并且密度图不是热图形状的。

有什么想法可以使更接近所需图片（第一个）？

我正在尝试使用 GGally 包的 ggpairs 生成一个特定的图，其代码如下：

我的问题是我不知道如何从情节的两侧删除标签“total_bill”、“tip”、“sex”。有没有办法做到这一点？

我正在尝试生成一个散点图矩阵，其中对角线中有密度图（最好使用 ggplot）。ggpairsGGally 包中的文档说明：

diag 是一个列表，可能只包含变量“连续”和“离散”。诊断列表的每个元素都是一个实现以下选项的字符串：连续 = ('density', 'bar', 'blank'); 离散的 = ('bar', 'blank') 中的一个。

这表明（??）这应该可以使用diag=list(continuous="density").

但是下面的代码：

给出了这个：

我究竟做错了什么？

注意：尝试做同样的事情plotmatrix(xx)会给出：

这失败了，因为密度图显然是使用基于完整数据xx集xx（结果，第二行 (disp) 看起来不错，因为 disp 的范围最大，但第 1 行和第 4 行被压缩了。

我使用 ggpairs 创建了一个散点图，我想更改轴标签以包含一些特殊字符，例如希腊字母。谁能告诉我该怎么做？

这是我的代码：

我希望轴标签看起来像

谢谢你的帮助！

我想使用函数（R 包）中的stat_binhex()统计数据。例如，我想在这个情节中使用而不是. 那可能吗？ggplot2ggpairs()GGallystat_binhex()geom_point()

谢谢你的帮助！

我在一个 Shiny 应用程序中有一些代码可以生成下面的第一个图。如您所见，字体大小随相关系数的大小而变化。我想用 ggpairs (GGally) 或 ggplot2 制作类似的东西。下面的第二张图片是使用以下代码生成的：

如您所见，相关字体的大小可以使用 size 进行调整，但是当我设置大小向量时，仅使用第一个值。我还想删除“Corr：”并添加一个重要指标。使用颜色作为相关系数的符号也很好。在较低的，method并fill没有链接到smooth。任何关于如何获得第二个情节以捕捉第一个情节的更多功能的建议都会很棒。

Anscombe的数据：

这是最小的情况：

现在我想为现有mapping对象添加（或覆盖）另一种美学（颜色）。所需的情节是

我确信有一个方便的功能，但它没有在文档中列出，浏览源代码也没有帮助。我曾经似乎偶然发现过类似的东西AddOrOverrideAes，但不知道具体在哪里。

这是我目前的解决方案：

它适用于添加，但不适用于覆盖（不检查此 aes 是否已存在等）。我在重新发明轮子吗？

这样做的动机是 GGally 的ggpairs定制，请参阅这个问题。

编辑：

工作流程如下：获取现有的mapping作为参数，就地修改并进一步传递给另一个函数。我无法修改“最终”ggplot 调用。

GGally::ggpairs plots nice graphs like following one. Only thing I seek to refine it even more is to remove all gridlines in upper part of plot, where is correlation coefficient. An maybe also draw rectangle around each upper graph.

我尝试了一点GGally包。尤其是 ggpairs 函数。但是，当情节平滑时，我无法弄清楚如何使用 loess 而不是 lm。有任何想法吗？这是我的代码：

谢谢！

PS 与 plotmatrix 函数相比，ggpairs 要慢得多......结果，大多数时候，我只是使用 ggplot2 中的 plotmatrix。

我有这个情节太拥挤而无用：

我可以通过将以下内容包装在 mlply 中并传入可能的组对来为每对组绘制一个图。但这意味着我不能同时看到所有的情节。

我想做的是创建一个图像，其中成对的组图像对角图一样排列，mapped因子作为对角线。

数据如下所示：

我想我应该使用GGally包，但我不知道如何使用因子的水平作为对角线。想法？