r - 使用 ggpairs 创建此图

Question

我在一个 Shiny 应用程序中有一些代码可以生成下面的第一个图。如您所见，字体大小随相关系数的大小而变化。我想用 ggpairs (GGally) 或 ggplot2 制作类似的东西。下面的第二张图片是使用以下代码生成的：

library(GGally)
ggpairs(df, 
  upper = list(params = c(size = 10)),
  lower = list(continuous = "smooth", params = c(method = "loess", fill = "blue"))
)

如您所见，相关字体的大小可以使用 size 进行调整，但是当我设置大小向量时，仅使用第一个值。我还想删除“Corr：”并添加一个重要指标。使用颜色作为相关系数的符号也很好。在较低的，method并fill没有链接到smooth。任何关于如何获得第二个情节以捕捉第一个情节的更多功能的建议都会很棒。

Anscombe的数据：

df <- structure(list(y1 = c(8.04, 6.95, 7.58, 8.81, 8.33, 9.96, 7.24, 
4.26, 10.84, 4.82, 5.68), x1 = c(10L, 8L, 13L, 9L, 11L, 14L, 
6L, 4L, 12L, 7L, 5L), y2 = c(9.14, 8.14, 8.74, 8.77, 9.26, 8.1, 
6.13, 3.1, 9.13, 7.26, 4.74), x2 = c(10L, 8L, 13L, 9L, 11L, 14L, 
6L, 4L, 12L, 7L, 5L), y3 = c(7.46, 6.77, 12.74, 7.11, 7.81, 8.84, 
6.08, 5.39, 8.15, 6.42, 5.73), x3 = c(10L, 8L, 13L, 9L, 11L, 
14L, 6L, 4L, 12L, 7L, 5L)), .Names = c("y1", "x1", "y2", "x2", 
"y3", "x3"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -11L))

# based mostly on http://gallery.r-enthusiasts.com/RGraphGallery.php?graph=137
panel.plot <- function(x, y) {
    usr <- par("usr"); on.exit(par(usr))
    par(usr = c(0, 1, 0, 1))
    ct <- cor.test(x,y)
    sig <- symnum(ct$p.value, corr = FALSE, na = FALSE,
                  cutpoints = c(0, 0.001, 0.01, 0.05, 0.1, 1),
                  symbols = c("***", "**", "*", ".", " "))
    r <- ct$estimate
    rt <- format(r, digits=2)[1]
    cex <- 0.5/strwidth(rt)

    text(.5, .5, rt, cex=cex * abs(r))
    text(.8, .8, sig, cex=cex, col='blue')
}
panel.smooth <- function (x, y) {
      points(x, y)
      abline(lm(y~x), col="red")
      lines(stats::lowess(y~x), col="blue")
}
pairs(df, lower.panel=panel.smooth, upper.panel=panel.plot)

Answer 1

编辑 GGally 1.0.1

由于params现在已弃用，请wrap像这样使用：

ggpairs(df[, 1:2], 
        upper = list(continuous = wrap("cor", size = 10)), 
        lower = list(continuous = "smooth"))

原始答案

复杂绘图的定制并不总是可以通过参数列表获得。这很自然：要记住的参数太多了。所以唯一可靠的选择是修改源。当项目托管在 github 上时，这尤其令人愉快。

这是一个简单的修改开始，在一个分叉的 repo中进行。更新代码并生成下图的最简单方法是将函数复制并粘贴ggally_cor到全局环境中，然后在命名空间中覆盖相同的函数GGally：

# ggally_cor <- <...>
assignInNamespace("ggally_cor", ggally_cor, "GGally")
ggpairs(df[, 1:2], 
        upper = list(params = c(size = 10)), 
        lower = list(continuous = "smooth"))

我删除了文本标签并添加了显着性指标。但是，修改颜色和大小并不是那么容易，因为它们是较早映射的。我仍在考虑它，但你明白了，可能会继续进行进一步的定制。

编辑：我已经更新了代码，请参阅我的最新提交。它现在将标签的大小映射到相关性的绝对值。如果你想要不同的颜色，你可以做类似的事情，尽管我认为这可能不是一个好主意。