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我想获得 BLAST 结果的前 10 个序列（只是序列，没有比对或分数或 e 值等）。我正在输入一个包含 5 个 fasta 文件的文本文件。所以我的输出应该是每个 fasta 文件的前 10 个爆炸命中。因此我的输出文件将有 50 个序列。

我正在通过 Bio.SeqIO 读取每个输入的 fasta 文件，将其写入 temp.faa，然后通过子进程将其传递给命令行 BLAST

输出有很多其他信息。我现在应该解析这个输出还是有更好的方法。

谢谢

PS XML 可能是一种方法，但我没有找到相关的 NCBIXML 解析器语法。

我在使用 biopython 时遇到问题，因为我的“import bio”不起作用。

我有安装了 Piston、Django 和 NumPy 站点包的 Window 7 64 位系统和 Python 2.7.1，它们都可以很好地与导入功能配合使用。

有任何想法吗？

我正在尝试从 Clustalw 多序列比对生成 Biopython 中的位置加权矩阵（PWM）。每次使用间隙对齐时，我都会收到“错误的字母”错误。通过阅读文档，我认为我需要利用 Gapped Alphabet 来处理间隙对齐中的“-”字符。但是当我这样做时，它仍然无法解决错误。有没有人看到这段代码的问题，或者有更好的方法从有间隙的 Clustal 对齐中生成 PWM？

在 Biopython 安装说明中，它说如果 Biopython 不起作用，我应该这样做：

导出 PYTHONPATH = $PYTHONPATH':/directory/where/you/put/Biopython'

我尝试在 Cygwin 中使用 Biopython 目录的名称（或它通过 ~ 目录的所有内容）从 ~ 目录中执行此操作，但是当我通过进入 Python 解释器并输入来测试它时

从 Bio.Seq 导入 Seq

它说该模块不存在。

我如何做到这一点，以便我不必在 Biopython 目录中就可以导入 Seq？

我正在尝试对我之前的问题做类似的事情。
我的目的是加入所有相等的序列。但这一次我没有字母，而是数字。

对齐文件可以在这里找到 - phylip 文件

问题是当我尝试这样做时：

我收到此错误：

我不明白为什么，因为这是我正在创建的第二个文件，而第一个文件运行良好..

以下是用于构建对齐文件的代码：

所以它不应该将 1001000000100000100000001000000000000000 解释为一个数字，因为它是一个字符串。

有任何想法吗？

谢谢！

我正在尝试运行 python 脚本，出现的错误是：

任何人都可以帮助我吗？

我有兴趣从 FASTA 格式的 BLAST 输出中获取无间隙序列。我以为我可以使用hsps_no_gap，但它不起作用。有什么方法可以用来完成这项工作吗？

我有一个带有长描述的 fasta 文件（下面提到了第一个序列）。我需要选择特定的描述字段。当我使用以下代码时；整个描述进入字符串。

是否有任何简单的方法可以将描述字段（使用 biopython 库）放入数组并选择特定字段，而无需将描述放入字符串并吐出字符串？

代码输出

fasta 文件中的序列之一。

我希望能够加入存储在“indata”和“pairdata”中的两个“字典”，但是这段代码，

产生以下错误：

我试过使用，

这确实有效，但是生成的字典占用了太多内存，对于我拥有的 infile 和 pairfile 的大小来说不实用。

我探索的最后一个选项是：

效果很好，但是速度很慢。有谁知道我如何/是否可以成功加入上面第一个示例中的两个索引？

I am trying to parse a fasta file in Biopython using the following code.How can I solve this error?

I am getting the above error. But my file is already there. I am using windows7 OS , python 2.7 and Biopython 1.57. Any suggestions please.