问题标签 [biopython]

Biopython noob 在这里，我正在尝试创建一个程序，该程序使用 Biopython 包 Alphabet 和字母模块 IUPAC 将列出的类的字母写到一个名为 alphabetSoupOuput.txt 的文件中。

1. 三字母蛋白质
2. IUPAC蛋白质
3. 明确的_dna
4. ambiguous_dna
5. 扩展IUPAC蛋白质
6. 扩展的IUPACDNA

每组字母应写入输出文件中的单行，字母应以逗号分隔。每组字母之前的行应该包含一个描述字母的标签，并在该行的第一个位置有一个#，例如

三字母蛋白质

Ala、Asx、Cys、...、Glx

蛋白质字母 A、C、D、E、...、Y

我怎样才能做到这一点？

我有一个缩写列表

字母 = ['Ala', 'Asx', 'Cys', ... 'Glx']

我想将它输出到一个看起来像这样的文本文件：

#Letters
Ala, Asx, Cys, ..... Glx

菜鸟程序员来了！我总是忘记最简单的事情！啊

请帮忙，谢谢！

嗨，我在 Biopython 中收到以下错误：'return' outside function (filename.. line 26) 下面是 myfile 的代码，请帮助

收到此错误： 回溯（最近一次调用最后一次）：文件“C:\Users\Hemant\Desktop\RandonProteinSequences.py”，第 10 行，导入 Bio.writers.SeqRecord.fasta ImportError: No module named writers.SeqRecord.fasta

我使用的是 mac 10.6.7，以及安装了 gcc 4.2 的 xcode 4。但是当我在命令上使用 python setup.py install 安装 biopython 时，它会在 gcc 上给出错误：

我需要解析一个初步的 GenBank 平面文件。该序列尚未发布，因此我无法通过加入来查找它并下载FASTA文件。我是生物信息学的新手，所以有人可以告诉我在哪里可以找到一个 BioPerl 或 BioPython 脚本来自己做这个吗？谢谢！

我有一个 PDB 结构。该结构有 13 个残基。我必须使用 for 循环找到两个原子之间的距离（只有 C、O、N、S）。首先，我必须找到第一个和第二个残基之间的距离。在第一个和第三个残留物之后。直到第一个和第 13 个残留物，依此类推。如何使用 for 循环编写 python 脚本？

我使用的是 Windows 7。我已经安装了 python 2.7 和 Biopython 1.57。我创建了以下脚本：

但我收到一条错误消息。

我正在使用Enthought Python Distribution v7.0-2（32 位），但在导入 biopython 时遇到问题。有人知道如何在 EPD 中导入 biopython 吗？我可以毫无问题地导入其他库，如 numpy、matplotlib 等，但import biopython无法识别。这是怎么回事？

在此先感谢您的帮助。

我有一个包含以下内容的文件“abc.txt”..

我想创建三个字符串..第一个字符串“a”应该包含在 EMBOSS_001 （两行）之后写的所有字符，即

第二个字符串应该在 EMBOSS_002 （两行）减去数字之后写下所有内容，即

第三个字符串 C 应该是两行中 EMBOSS_1 和 EMBOSS_2（字母数字字符或 -）之间的任何内容

C 开头、结尾（如果有）和中间的原始空格应该是完整的。在这种情况下，5 个空格在开头，因为 C 从 A 的“F”和 B 的“-”开始

谢谢